PDB-7v16: Factor XIa in Complex with Compound 2j

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v16

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 2j

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.505 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v16.cif.gz	118.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v16.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v16_validation.pdf.gz	795 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v16_full_validation.pdf.gz	797.8 KB	表示
XML形式データ	7v16_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7v16_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v0zC 7v10C 7v11C 7v12C 7v13C 7v14C 7v15C 7v17C 7v18C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.230, 59.880, 67.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-OT7 / 5-[3-chloranyl-2-fluoranyl-6-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-2-[(1~{R})-2-cyclopropyl-1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)pyrazol-1-yl]ethyl]-1-oxidanyl-pyridine 分子量: 505.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₁ClFN₉O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.505→35.653 Å / Num. obs: 38036 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.91 Å² / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.505→1.559 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3729 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.391 / R_rim(I) all: 0.995 / % possible all: 98.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC	1.1.7	データ削減
autoPROC	1.1.7	データスケーリング
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.505→35.653 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	1961	5.16 %
R_work	0.1658	36072	-
obs	0.1672	38033	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.36 Å² / B_iso mean: 30.1471 Å² / B_iso min: 15.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.505→35.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1869	0	49	152	2070
B_iso mean	-	-	30.03	38.04	-
残基数	-	-	-	-	236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	2751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.418	1179

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.505-1.5427	0.2553	143	0.2462	2501	98
1.5427-1.5844	0.2407	144	0.2188	2500	98
1.5844-1.631	0.2291	143	0.2024	2540	98
1.631-1.6837	0.2001	124	0.1893	2545	99
1.6837-1.7438	0.2016	146	0.1793	2527	99
1.7438-1.8136	0.2085	164	0.1788	2503	98
1.8136-1.8962	0.2023	113	0.1658	2580	99
1.8962-1.9961	0.1687	160	0.1599	2539	99
1.9961-2.1212	0.1723	162	0.1599	2551	99
2.1212-2.2849	0.1887	136	0.1679	2598	99
2.2849-2.5148	0.2246	112	0.1707	2610	99
2.5148-2.8786	0.1924	137	0.1732	2641	100
2.8786-3.6262	0.1729	136	0.1591	2651	99
3.6262-35.653	0.2012	141	0.1529	2786	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4277	-4.007	0.9589	5.6746	0.9809	5.6564	-0.0874	-0.6829	0.1659	0.5447	0.1026	-0.0053	0.0797	0.0772	0.0396	0.254	-0.0251	0.0062	0.2579	-0.0172	0.1337	-16.8913	-7.6647	25.6122
2	1.805	-0.0182	0.056	3.8546	0.1633	1.3332	0.009	-0.0611	-0.2186	0.2033	-0.0036	0.1055	0.1248	0.052	-0.0066	0.1656	-0.0025	0.0135	0.1648	0.014	0.1921	-23.7578	-17.9697	13.8791
3	4.5705	2.0881	-2.3128	3.4396	-2.5323	3.6528	-0.126	0.2216	-0.1213	-0.0279	0.2015	0.2059	0.1619	-0.2813	-0.0646	0.1756	0.0209	0.0143	0.1166	-0.03	0.2037	-25.7903	-17.1276	9.4839
4	7.1847	0.5853	-2.4447	3.3744	0.0523	4.4194	-0.0688	0.1707	0.0987	0.0478	0.0157	0.2659	0.1147	-0.1514	0.0135	0.1377	0.0091	-0.0148	0.093	-0.0125	0.1111	-24.6134	-11.342	6.9818
5	7.3297	0.0385	1.3385	3.5849	-0.0668	1.5663	-0.0458	0.0599	0.8285	-0.1123	0.0657	0.0349	-0.2972	0.1973	-0.0518	0.2792	-0.0137	0.0385	0.1845	-0.0388	0.2237	-20.0811	1.6377	15.7643
6	2.3952	1.4816	-0.8291	4.114	-0.7799	3.5603	0.0219	-0.4744	-0.3357	0.2847	-0.0642	-0.5882	0.4316	0.3965	0.0402	0.2531	0.0522	-0.0685	0.345	0.0109	0.2577	-9.2424	-12.5563	21.2445
7	2.2839	-2.9417	-0.152	4.2523	-1.7014	8.6165	0.1592	-0.0068	0.3167	0.0449	0.0375	-0.2802	-0.3189	0.5471	-0.0917	0.1795	-0.0578	0.0245	0.2243	-0.0509	0.2574	-0.9502	-3.7055	2.2373
8	5.4171	0.313	1.6501	2.4699	-1.2984	4.6	0.0607	-0.3781	-0.0261	0.1515	-0.1556	-0.4014	-0.1221	0.5953	0.083	0.1939	0.0191	-0.0167	0.2878	-0.0632	0.2064	-4.7861	-7.51	15.303
9	4.8287	-4.33	-1.7322	8.2048	3.2767	4.594	0.0047	-0.2598	0.4693	0.0713	0.2221	-0.2783	-0.3403	0.1707	-0.2242	0.1561	-0.0285	0.0202	0.1594	-0.0281	0.2052	-16.1236	0.0419	15.0399
10	2.7826	4.1134	-1.7904	6.6068	-2.1469	6.1045	-0.0246	-0.5629	-0.5435	0.3226	-0.2806	-0.9428	0.1537	0.8216	0.2174	0.1802	0.0361	-0.0426	0.3873	-0.0018	0.3751	1.9835	-10.124	12.6442
11	8.0808	-3.1563	5.3738	5.8528	-2.4929	7.7585	0.0694	0.0625	0.2597	-0.2759	-0.0284	0.1573	-0.1293	-0.2406	0.029	0.151	-0.0052	0.0317	0.1295	0.0011	0.1147	-20.8624	-2.7711	3.1812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 388 through 401 )	A	388 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 402 through 453 )	A	402 - 453
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 454 through 474 )	A	454 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 475 through 491 )	A	475 - 491
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 492 through 518 )	A	492 - 518
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 519 through 541 )	A	519 - 541
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 542 through 557 )	A	542 - 557
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 558 through 577 )	A	558 - 577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 578 through 595 )	A	578 - 595
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 596 through 605 )	A	596 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 606 through 623 )	A	606 - 623

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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