PDB-7v0z: Factor XIa in Complex with Compound 2a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v0z

タイトル

Factor XIa in Complex with Compound 2a

要素

Coagulation factor XIa light chain

キーワード

Blood Clotting / Hydrolase / SERINE PROTEASE / COAGULATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Spurlino, J. / Milligan, C.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Potent and Orally Bioavailable Pyridine N-Oxide-Based Factor XIa Inhibitors through Exploiting Nonclassical Interactions.
著者: Xu, G. / Liu, Z. / Wang, X. / Lu, T. / DesJarlais, R.L. / Thieu, T. / Zhang, J. / Devine, Z.H. / Du, F. / Li, Q. / Milligan, C.M. / Shaffer, P. / Cedervall, P.E. / Spurlino, J.C. / Stratton, ...

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v0z.cif.gz	114 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v0z.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v10C 7v11C 7v12C 7v13C 7v14C 7v15C 7v16C 7v17C 7v18C 3sosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIa light chain

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.825, 59.690, 67.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coagulation factor XIa light chain / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA 分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物	ChemComp-OQ6 / methyl ~{N}-[4-[1-[(1~{R})-1-[5-[5-chloranyl-2-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]-1-oxidanyl-pyridin-2-yl]-2-cyclopropyl-ethyl]pyrazol-4-yl]phenyl]carbamate 分子量: 557.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅ClN₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 24% PEG 4000, 100mM Na Citrate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23034 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.322 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 143942

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	5	0.707	1122	0.7	0.351	0.792	0.58	99.8
1.83-1.86	5.8	0.613	1126	0.814	0.276	0.674	0.608	100
1.86-1.9	6.4	0.527	1111	0.865	0.225	0.574	0.695	100
1.9-1.94	6.4	0.45	1163	0.885	0.192	0.49	0.757	100
1.94-1.98	6.4	0.402	1108	0.897	0.171	0.438	0.88	100
1.98-2.03	6.3	0.336	1129	0.924	0.144	0.366	0.929	100
2.03-2.08	6.1	0.295	1157	0.933	0.131	0.323	1.037	100
2.08-2.13	6.3	0.262	1142	0.944	0.113	0.285	1.186	100
2.13-2.2	6.4	0.221	1141	0.962	0.094	0.241	1.273	100
2.2-2.27	6.6	0.197	1122	0.967	0.083	0.214	1.322	100
2.27-2.35	6.5	0.163	1142	0.978	0.069	0.178	1.381	100
2.35-2.44	6.3	0.157	1139	0.983	0.067	0.171	1.416	99.9
2.44-2.55	6.2	0.141	1145	0.979	0.062	0.154	1.571	99.9
2.55-2.69	6.3	0.122	1148	0.986	0.053	0.133	1.686	100
2.69-2.86	6.6	0.108	1164	0.987	0.046	0.117	1.689	100
2.86-3.08	6.5	0.093	1151	0.992	0.039	0.101	1.847	100
3.08-3.39	6.2	0.076	1176	0.992	0.033	0.083	1.951	100
3.39-3.88	6.5	0.067	1173	0.995	0.028	0.073	2.031	100
3.88-4.88	6.1	0.057	1196	0.996	0.025	0.063	1.847	100
4.88-50	5.8	0.047	1279	0.997	0.021	0.051	1.38	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.19.2.4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SOS

3sos

解像度: 1.8→44.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	1991	8.66 %
R_work	0.1761	20989	-
obs	0.1784	22980	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.9 Å² / B_iso mean: 27.6547 Å² / B_iso min: 11.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→44.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1880	0	40	69	1989
B_iso mean	-	-	28.5	29.56	-
残基数	-	-	-	-	237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3308	132	0.2759	1386	1518	93
1.84-1.89	0.2817	141	0.2184	1473	1614	100
1.89-1.95	0.205	139	0.1887	1469	1608	100
1.95-2.01	0.2065	142	0.1715	1489	1631	100
2.01-2.08	0.2039	141	0.1734	1485	1626	100
2.08-2.16	0.2309	142	0.1892	1495	1637	100
2.16-2.26	0.2339	141	0.2027	1491	1632	100
2.26-2.38	0.2122	141	0.1793	1488	1629	100
2.38-2.53	0.2079	144	0.1867	1499	1643	100
2.53-2.73	0.2053	143	0.1834	1521	1664	100
2.73-3	0.2667	141	0.198	1519	1660	100
3-3.43	0.1941	141	0.1702	1505	1646	100
3.44-4.33	0.176	148	0.151	1550	1698	100
4.33-44.7	0.1568	155	0.1583	1619	1774	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.2428 Å / Origin y: -1.9126 Å / Origin z: -3.8433 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1337 Å²	-0.0065 Å²	0.0063 Å²	-	0.1394 Å²	-0.0101 Å²	-	-	0.1059 Å²
L	1.6362 °²	-0.3076 °²	-0.1582 °²	-	2.0625 °²	-0.3844 °²	-	-	1.0639 °²
S	0.0233 Å °	-0.143 Å °	0.0321 Å °	0.1078 Å °	0.0245 Å °	-0.0033 Å °	-0.0713 Å °	0.0143 Å °	-0.0303 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain 'A' and resid 388 through 624)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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