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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v0q | ||||||
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タイトル | Local refinement of protein 4.2, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex | ||||||
![]() | Protein 4.2 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Membrane Protein / ankyrin complex / Erythrocyte | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin metabolic process / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / ankyrin-1 complex / cortical cytoskeleton / erythrocyte maturation / spleen development / cell morphogenesis / structural constituent of cytoskeleton / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / regulation of cell shape ...hemoglobin metabolic process / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / ankyrin-1 complex / cortical cytoskeleton / erythrocyte maturation / spleen development / cell morphogenesis / structural constituent of cytoskeleton / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / regulation of cell shape / cytoskeleton / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
![]() | Vallese, F. / Kim, K. / Yen, L.Y. / Johnston, J.D. / Noble, A.J. / Cali, T. / Clarke, O.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex. 著者: Francesca Vallese / Kookjoo Kim / Laura Y Yen / Jake D Johnston / Alex J Noble / Tito Calì / Oliver Biggs Clarke / ![]() ![]() 要旨: The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association ...The stability and shape of the erythrocyte membrane is provided by the ankyrin-1 complex, but how it tethers the spectrin-actin cytoskeleton to the lipid bilayer and the nature of its association with the band 3 anion exchanger and the Rhesus glycoproteins remains unknown. Here we present structures of ankyrin-1 complexes purified from human erythrocytes. We reveal the architecture of a core complex of ankyrin-1, the Rhesus proteins RhAG and RhCE, the band 3 anion exchanger, protein 4.2, glycophorin A and glycophorin B. The distinct T-shaped conformation of membrane-bound ankyrin-1 facilitates recognition of RhCE and, unexpectedly, the water channel aquaporin-1. Together, our results uncover the molecular details of ankyrin-1 association with the erythrocyte membrane, and illustrate the mechanism of ankyrin-mediated membrane protein clustering. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26948MC ![]() 7uz3C ![]() 7uzeC ![]() 7uzqC ![]() 7uzsC ![]() 7uzuC ![]() 7uzvC ![]() 7v07C ![]() 7v0kC ![]() 7v0mC ![]() 7v0sC ![]() 7v0tC ![]() 7v0uC ![]() 7v0xC ![]() 7v0yC ![]() 7v19C ![]() 8crqC ![]() 8crrC ![]() 8crtC ![]() 8cs9C ![]() 8cslC ![]() 8csvC ![]() 8cswC ![]() 8csxC ![]() 8csyC ![]() 8ct2C ![]() 8ct3C ![]() 8cteC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77096.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Erythrocyte ankyrin-1 complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Purified by density gradient centrifugation and size exclusion chromatography from digitonin-solubilized erythrocyte membranes. Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v ...詳細: Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. |
試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Ankyrin complex mixture purified from digitonin-solubilized erythrocyte ghost membranes |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4-6 seconds, wait time 30 seconds. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14464 / 詳細: Two grids were imaged in a single session. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF (cryoSPARC v3) followed by per particle defocus refinement and refinement of higher order aberrations (cryoSPARC v3) タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126197 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YZF PDB chain-ID: A / Accession code: 4YZF / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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