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万見
- PDB-7uzo: Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uzo
タイトルParathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing one beta-amino acid
要素
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • Peptide from Parathyroid hormone-related protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / cell-cell signaling / regulation of gene expression / G alpha (s) signalling events / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Yu, Z. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056414 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Altered signaling at the PTH receptor via modified agonist contacts with the extracellular domain provides a path to prolonged agonism in vivo.
著者: Liu, S. / Yu, Z. / Daley, E.J. / Bingman, C.A. / Bruchs, A.T. / Gardella, T.J. / Gellman, S.H.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
B: Peptide from Parathyroid hormone-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6703
ポリマ－14,6052
非ポリマー651
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.023, 56.023, 100.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

ZN

21B-212-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor


分子量: 11823.531 Da / 分子数: 1 / 断片: amino-terminal extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Parathyroid hormone-related protein / PTHrP[1-36] 31 XCP


分子量: 2781.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12272
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 0.4 mM ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.01 Å / Num. obs: 29018 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.059 % / Biso Wilson estimate: 18.01 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 22.57 / Num. measured all: 291893
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.335.0940.9041.710545218820700.6451.00894.6
1.33-1.376.7180.6912.7213845208320610.8340.74998.9
1.37-1.418.850.583.9617938202720270.9110.616100
1.41-1.4510.4160.4345.7920779199519950.9620.457100
1.45-1.511.2290.3128.4221392190519050.9790.327100
1.5-1.5511.2780.22311.6121225188218820.9890.234100
1.55-1.6111.3060.17714.2620452180918090.9920.186100
1.61-1.6811.290.13917.8919250170517050.9950.146100
1.68-1.7511.2580.1122.0418688166016600.9960.115100
1.75-1.8411.1490.08626.917716158915890.9970.09100
1.84-1.9410.9650.07132.116568151115110.9980.075100
1.94-2.0510.8180.05637.1415340141814180.9990.059100
2.05-2.1910.6280.0541.8114358135113510.9990.052100
2.19-2.3710.5460.04644.4412940122712270.9990.049100
2.37-2.610.4760.04346.8312194116411640.9990.046100
2.6-2.910.5710.044911036104410440.9990.042100
2.9-3.3510.5520.03850.7594868998990.9990.04100
3.35-4.110.6930.03452.3382767747740.9990.036100
4.1-5.8110.890.03253.4466106076070.9990.034100
5.81-28.0110.1720.03551.0932553253200.9980.03798.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXPHENIX 1.20.1_4487精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fj3

6fj3


解像度: 1.3→28.01 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 1414 4.87 %
Rwork0.1573 27612 -
obs0.1585 29018 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.74 Å2 / Biso mean: 27.9406 Å2 / Biso min: 12.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 1 143 1165
Biso mean--15.72 34.41 -
残基数----124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.340.34181070.27942633274095
1.34-1.40.2551480.224727832931100
1.4-1.460.2321290.218327972926100
1.46-1.540.24141490.183927422891100
1.54-1.630.2241440.200827732917100
1.63-1.760.21841500.172927912941100
1.76-1.940.2011530.193927612914100
1.94-2.220.15471380.156627942932100
2.22-2.790.16491480.15327722920100
2.79-28.010.16441480.129727662914100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6525-3.58264.23443.5277-3.05824.5718-0.2802-0.44660.12040.23160.2520.1124-0.2713-0.36790.050.14710.01520.0380.1529-0.0150.113-12.563119.5276-7.7031
25.0922-0.51332.17581.8172-0.61053.5966-0.07990.1153-0.01010.01190.01570.0015-0.10790.05780.08080.11940.00220.02750.099-0.00040.0853-7.413818.7059-19.699
37.2808-0.51834.03923.36-0.33126.4483-0.2139-0.35250.0680.48930.1549-0.629-0.18280.38390.02050.16880.0162-0.03070.1646-0.0030.20963.00727.0568-7.8051
47.27523.11870.14284.5876-3.73598.5507-0.03520.3514-0.8606-0.8383-0.2056-0.76080.79740.30340.37810.24580.05990.01220.2067-0.010.2931-6.11669.2062-20.6993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 72 )A30 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 130 )A73 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 15 through 29 )B15 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 30 through 36 )B30 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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