PDB-7uxt: Crystal structure of ligand-free SeThsA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uxt

タイトル

Crystal structure of ligand-free SeThsA

要素

USG protein

キーワード

HYDROLASE / cADPR isomer / bacterial TIR / Thoeris defense system / ThsA / ThsB / antiphage defense / NAD+

機能・相同性

TRIETHYLENE GLYCOL / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus equi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Shi, Y. / Masic, V. / Mosaiab, T. / Nanson, J.D. / Kobe, B. / Ve, T.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Cyclic ADP ribose isomers: Production, chemical structures, and immune signaling.
著者: Mohammad K Manik / Yun Shi / Sulin Li / Mark A Zaydman / Neha Damaraju / Samuel Eastman / Thomas G Smith / Weixi Gu / Veronika Masic / Tamim Mosaiab / James S Weagley / Steven J Hancock / ...
要旨: Cyclic adenosine diphosphate (ADP)-ribose (cADPR) isomers are signaling molecules produced by bacterial and plant Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains via nicotinamide adenine dinucleotide ...

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uxt.cif.gz	587.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uxt.ent.gz	479.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	26862C 7uwgC 7uxrC 7uxsC 7uxuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: USG protein

A: USG protein

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: USG protein

A: USG protein

ヘテロ分子

B: USG protein

A: USG protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
229 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.808, 274.359, 89.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.579149119619, 0.00649009903794, -0.815195789893), (0.00147367386647, -0.999975010468, -0.00691424072709), (-0.815220292639, 0.00280304369831, -0.579144211243) ...

#1: タンパク質	USG protein / SeThsA 分子量: 57120.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus equi (バクテリア) / 遺伝子: GBL60_08830 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I2F269
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 28-30% PEG smear low

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→92.96 Å / Num. obs: 17169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 126.21 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3473 / CC_1/2: 0.396 / R_pim(I) all: 0.555 / R_rim(I) all: 1.422 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold model of SeThsA

解像度: 3.4→74.98 Å / SU ML: 0.5268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.2005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2912	848	4.94 %
R_work	0.2351	16301	-
obs	0.238	17149	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 145.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→74.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7559	0	16	0	7575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	7708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6409	10366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	1133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0004	2927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.61	0.3777	128	0.3551	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.61-3.89	0.3747	130	0.3165	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.89-4.28	0.3531	154	0.2738	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.28-4.9	0.268	138	0.2373	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.9-6.18	0.3133	155	0.2526	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.62
6.18-74.98	0.2467	143	0.1828	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.528232994502	1.28405946435	-0.726257555742	5.86294117344	0.87211815583	2.57259207627	0.549560587374	0.416329697505	0.550648773087	-1.70892538793	-0.106115597938	-0.00789963408522	-0.480402419837	-0.33021369072	4.47113078234E-6	1.59812369035	-0.053495021858	0.204338431362	1.42499805937	0.174147166288	1.35573676898	11.324	73.511	0.823
2	0.494723997193	-0.478112023423	0.445149381432	0.131730462921	-0.197695917357	0.0983646235927	-0.83439096883	-0.179307528665	-0.28642797099	1.04615701508	-0.478515402835	-0.506439476249	-0.239418395676	1.91617214023	-0.000638301658727	1.7219151707	-0.430353099616	0.086192758995	2.3382561902	0.47416370339	1.83307943938	32.847	65.472	16.255
3	0.272580773557	-0.372129296334	0.132206181948	0.329608830229	-0.106629259007	-0.00318251051236	0.339630658903	-0.742340317926	0.784341968755	-1.1361677596	-1.68903986541	-2.39494407718	1.29919302776	-0.526203336319	0.00010392059893	1.27203123268	0.047477410343	0.317618960191	2.28718020565	-0.117856624393	2.04399253554	38.847	52.62	17.518
4	2.00441263789	-0.488351411072	-1.42895726308	0.70672909636	0.163981582863	0.880211689127	-0.348930389908	0.313045671023	0.182693008911	2.3742329275	-0.13610025234	-0.665516743567	-0.013161827865	0.765278520521	0.00641156672195	1.21178222937	-0.0992098546484	-0.256146242577	1.49517432163	0.0767105988064	1.39801157892	30.178	52.41	24.567
5	1.39533191035	1.95534691363	-0.460656458122	1.42527997103	-1.08086939626	0.00524966331729	0.0521848462225	-0.330536794454	0.0890747268596	2.56789689155	0.490841325979	-0.778938187199	-1.80601737146	0.345044855311	-0.00205609812223	1.79357322643	-0.0972537104735	-0.0321333829506	1.46732257892	0.0121921249869	1.62918613244	28.577	72.991	21.614
6	2.54011822503	-0.793851741218	1.42064989323	1.00682122687	1.61374046329	3.60604532432	-0.136045031805	0.604009320625	0.0161369801268	-0.227182602277	-0.600370487745	-0.840814182525	-1.05661809592	0.00341506702386	-2.64230276363	1.26523407913	-0.0845473385459	-0.104824433482	1.29279174135	0.13239748572	1.0967731668	16.174	75.081	16.158
7	1.53099859338	-0.5804158818	0.754874716466	0.750445048281	0.752399790011	1.40043131008	0.760208112496	-0.434079111631	1.38771051161	2.61661749525	-0.130243255824	-0.0939201653483	-2.30997551314	0.254773634805	9.82169664335E-5	1.48715541815	-0.186427731562	-0.0315547080427	1.63747301274	-0.0394048109155	1.41963784398	14.593	79.115	23.033
8	1.42612769253	-0.627855080025	0.0335252282885	0.763535090286	0.0633902077728	-0.0291361199947	0.0543354316103	-3.20464080006	-2.47177955158	1.06420698763	-0.351283292437	0.660808246793	-2.09414004423	1.80666328314	0.00298430237683	1.49889200443	-0.129302891618	0.110972106499	2.00778224911	0.214090213698	0.992972176937	6.342	64.312	29.399
9	1.0607561745	1.47698908335	-0.249145928961	1.67445393998	-0.374811923357	1.20308837432	-0.318145460345	-1.35156169194	0.30039211266	1.41795205936	0.580694529343	2.96284440153	-1.445869817	0.0562489081291	0.000400281774622	1.69261155483	-0.0248376354324	0.177898231717	1.1798167066	0.0389948366148	1.65550904309	6.441	74.714	23.829
10	1.05513616533	-0.905047477728	-0.0390416603096	1.08914148116	1.02725886416	0.738187408814	0.429973115828	0.376146837812	0.516686123371	1.53543988527	0.0576393202113	-1.22226304233	0.350477126877	0.135794399147	0.000283338179933	0.787744452948	0.0737512737001	-0.0786287130316	1.65843184084	0.0215733886373	1.44351512505	18.877	57.331	24.701
11	1.39047022568	-1.7102884229	-1.20088145563	1.43126707004	1.23755970262	3.42687737958	-0.0622519133067	-0.422929089531	0.451447802305	-0.0737000155632	0.0628627338327	0.0838637440898	0.790142226786	-0.458087352149	-8.10771503203E-6	0.913027242471	-0.145905373907	0.163732612929	1.25206932411	0.123578869924	1.32930888947	8.126	63.86	15.477
12	0.545210084779	-1.05216493306	-0.0598171754597	2.72435838811	-1.63463620584	2.14696475978	-0.813749756348	0.544338878085	-0.419239931096	1.20206986548	-0.367560374633	0.0298384340814	0.970881788541	1.94080235914	2.67571574237E-5	0.941468149363	-0.0792944186989	0.322306427906	1.5279873885	-0.0375277282055	1.46623504352	16.739	57.854	9.108
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36	-0.114218479185	0.140013590098	0.00954639602497	0.0762295852975	-0.399079269988	1.10014411609	0.155422207887	1.7316941913	1.3803849655	-0.482036226395	0.0958151911443	-2.01547704495	2.53022180252	-0.446144500929	-0.00709689171047	1.99653843178	0.25701007213	-0.158550030272	1.43732112089	0.0976318400477	2.36560467586	19.513	7.233	23.468
37	0.631696151342	-0.386795201725	-0.236463409515	0.152642726132	0.441249902416	-0.210662626492	-1.35907752752	-0.518434748327	-0.765541241263	1.28429777744	0.732624083904	-1.13095196021	0.968181005209	1.27215276937	0.00674813828093	3.21459528987	0.511432964674	-0.0704615915509	1.57451493343	0.381354677617	1.82923549895	10.194	-13.139	31.119
38	3.03565237305	1.2046771093	-1.08615494669	0.255954504961	0.0580529707367	2.33296456646	0.375626524389	-0.956311386769	-1.28420585091	0.78274824083	0.453999542833	-0.029791776405	0.837106264663	-0.844861757387	0.000673474294884	3.02358851003	0.332803475419	-0.371106058578	1.50598223161	0.199221540625	1.86206481567	5.361	-1.011	27.726
39	1.90277181235	-2.30547844067	0.458418864292	2.42168937068	-1.59022059977	-0.0544078011883	-0.380772117407	0.292302916287	-0.438405200803	-0.303296549672	0.233899366505	-0.668888048048	0.458616945853	0.399871158014	0.000243821279576	2.33263934165	0.298231042416	0.0149809045679	1.65317856574	-0.161579001136	1.72436838343	14.502	-6.272	13.996
40	1.58458375929	1.07504157423	2.24442889428	0.571606325227	1.20023289319	1.62022529678	0.493776732182	-0.236105538451	-0.953238022705	-1.02242125117	-0.45792817286	0.0610267969827	1.02051531847	-0.187520631871	3.06844460149E-5	2.32284165477	0.541846013298	-0.00651019673679	1.8716879886	0.282128136921	2.59673192118	25.077	-7.19	30.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:34 )	A	2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 35:48 )	A	35 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 49:62 )	A	49 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 63:81 )	A	63 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 82:98 )	A	82 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 99:117 )	A	99 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 118:133 )	A	118 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 134:140 )	A	134 - 140
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 141:151 )	A	141 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 152:175 )	A	152 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 176:197 )	A	176 - 197
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 198:216 )	A	198 - 216
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 217:226 )	A	217 - 226
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 227:240 )	A	227 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 241:275 )	A	241 - 275
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 276:306 )	A	276 - 306
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 307:352 )	A	307 - 352
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN A AND RESID 353:415 )	A	353 - 415
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 416:454 )	A	416 - 454
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN A AND RESID 455:470 )	A	455 - 470
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 4:22 )	B	4 - 22
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 23:35 )	B	23 - 35
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 36:55 )	B	36 - 55
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 56:87 )	B	56 - 87
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 88:113 )	B	88 - 113
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 114:126 )	B	114 - 126
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 127:140 )	B	127 - 140
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 141:151 )	B	141 - 151
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 152:174 )	B	152 - 174
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN B AND RESID 175:183 )	B	175 - 183
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN B AND RESID 184:195 )	B	184 - 195
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN B AND RESID 196:227 )	B	196 - 227
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN B AND RESID 228:239 )	B	228 - 239
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN B AND RESID 240:256 )	B	240 - 256
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN B AND RESID 257:274 )	B	257 - 274
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN B AND RESID 275:286 )	B	275 - 286
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN B AND RESID 287:312 )	B	287 - 312
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN B AND RESID 313:355 )	B	313 - 355
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN B AND RESID 356:415 )	B	356 - 415
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN B AND RESID 416:470 )	B	416 - 470

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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