PDB-7ux6: Crystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ux6

タイトル

Crystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransferase from the marformycin biosynthesis pathway of Streptomyces drozdowiczii, with SAH bound at 1.35 A resolution (P212121 - form I)

要素

MfnG

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase / O-methyl-tyrosine / Marformycin synthesis / SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces drozdowiczii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Miller, M.D. / Wu, K.-L. / Xu, W. / Xiao, H. / Philips Jr., G.N.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM115261	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01-CA217255	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM133706	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R21-CA255894	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI165079	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RR170014	米国
Robert A. Welch Foundation	C-1970	米国
Department of Defense (DOD, United States)	W81XWH-21-1-0789	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	STC 1231306	米国

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Expanding the eukaryotic genetic code with a biosynthesized 21st amino acid.
著者: Wu, K.L. / Moore, J.A. / Miller, M.D. / Chen, Y. / Lee, C. / Xu, W. / Peng, Z. / Duan, Q. / Phillips Jr., G.N. / Uribe, R.A. / Xiao, H.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ux6.cif.gz	426.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ux6.ent.gz	353.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ux6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ux6_validation.pdf.gz	965.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ux6_full_validation.pdf.gz	970 KB	表示
XML形式データ	7ux6_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	7ux6_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7ux6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ux7C 7ux8C 2r3sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MfnG

B: MfnG

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography (SEC) supports the assignment of a dimer as the assembly in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.059, 78.229, 131.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESID 8 THROUGH 61 OR RESID 63...
2	1	1	(CHAIN B AND (RESID 8 THROUGH 61 OR RESID 63...

#1: タンパク質	MfnG 分子量: 42042.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces drozdowiczii (バクテリア) プラスミド: pET22b-T5-MfnG-TEV-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D4WTP2
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) ...The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) added and the native GUG-start codon being expressed as V. A C-terminal expression and 6-His tag ASENLYFQ/GGGHHHHHHG leaving a C-terminal ASENLYFQ after removal of the 6-His tag with TEV protease.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350, Additive: 0.002 M S-Adenosyl methionine (SAM/AdoMet)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K
Crystal treatment: flash cooled by immersion in liquid nitrogen
Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.311→67.256 Å / Num. obs: 101542 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 12.43 % / 詳細: Staraniso processed data / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0506 / R_pim(I) all: 0.0146 / R_rim(I) all: 0.0527 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 1262670

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.864-1.926	13.85	0.1614	10.52	70294	70294	5074	5074	0.997	0.0447	0.1675	99.2
1.804-1.864	14.11	0.1905	9.31	71645	71645	5078	5078	0.995	0.0524	0.1976	95.4
1.747-1.804	14.29	0.2155	8.43	72569	72569	5079	5079	0.995	0.0588	0.2234	95.3
1.692-1.747	14.46	0.2589	7.29	73393	73393	5076	5076	0.994	0.0703	0.2684	95.3
1.641-1.692	14.63	0.3105	6.33	74314	74314	5078	5078	0.992	0.0838	0.3217	95.8
1.592-1.641	14.3	0.359	5.52	72575	72575	5075	5075	0.988	0.0978	0.3722	97.2
1.542-1.592	10.13	0.4009	4.15	51444	51444	5077	5077	0.974	0.1297	0.4222	94.6
1.49-1.542	7.77	0.4573	3.16	39480	39480	5081	5081	0.951	0.1702	0.4898	90.2
1.429-1.49	6.4	0.5608	2.37	32472	32472	5072	5072	0.905	0.2332	0.6102	78.6
1.311-1.429	5.2	0.7081	1.71	26440	26440	5080	5080	0.806	0.3382	0.7878	62.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
autoPROC	1.0.5 20201211	data processing
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
STARANISO	2.3.54	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2r3s

2r3s

解像度: 1.35→33.63 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN INCLUDED AT THEIR RIDING POSITIONS USING THE ELECTRON CLOUD DISTANCES. 2. THE STRUCTURE CONTAINS AND UNKNOWN LIGAND UNL BOUND IN THE ACTIVE SITE. THE COMPOUND IS A ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	4933	4.91 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.167	100565	69.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5458	0	70	551	6079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	8062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.17	2136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1097

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	3130	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3130	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.303	30	0.2759	550	X-RAY DIFFRACTION	12
1.37-1.38	0.2575	35	0.2652	675	X-RAY DIFFRACTION	15
1.38-1.4	0.3109	43	0.269	822	X-RAY DIFFRACTION	18
1.4-1.42	0.3673	53	0.2769	1013	X-RAY DIFFRACTION	22
1.42-1.43	0.3015	63	0.2863	1231	X-RAY DIFFRACTION	27
1.43-1.45	0.2868	77	0.2654	1449	X-RAY DIFFRACTION	32
1.45-1.48	0.2798	69	0.2591	1665	X-RAY DIFFRACTION	36
1.48-1.5	0.2456	99	0.2481	1960	X-RAY DIFFRACTION	43
1.5-1.52	0.3255	109	0.2589	2186	X-RAY DIFFRACTION	48
1.52-1.55	0.2422	112	0.2438	2411	X-RAY DIFFRACTION	52
1.55-1.57	0.2565	148	0.2242	2558	X-RAY DIFFRACTION	56
1.57-1.6	0.2234	167	0.2161	2813	X-RAY DIFFRACTION	61
1.6-1.63	0.2423	164	0.1995	3012	X-RAY DIFFRACTION	66
1.63-1.66	0.2351	173	0.2047	3162	X-RAY DIFFRACTION	69
1.66-1.7	0.2271	148	0.1982	3323	X-RAY DIFFRACTION	72
1.7-1.74	0.2333	177	0.1937	3536	X-RAY DIFFRACTION	77
1.74-1.78	0.2035	187	0.1984	3750	X-RAY DIFFRACTION	81
1.78-1.83	0.2163	215	0.1854	3961	X-RAY DIFFRACTION	86
1.83-1.89	0.2335	224	0.1946	4223	X-RAY DIFFRACTION	92
1.89-1.95	0.2398	241	0.1866	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2148	248	0.1659	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.1835	247	0.1548	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.164	232	0.1439	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.1918	239	0.14	4620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.182	265	0.1488	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.1761	251	0.1469	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.1678	223	0.1545	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.171	240	0.1505	4699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1576	219	0.1417	4750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-33.63	0.1798	235	0.1753	4938	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6081	0.2984	-0.2108	0.5409	-0.1288	1.1053	0.0118	-0.0854	0.1728	0.0352	-0.0166	0.0351	-0.0607	-0.0981	-0.0366	0.113	0.0322	0.0017	0.0873	0.0124	0.0773	21.2083	26.7144	43.895
2	1.3462	0.0512	0.1684	0.4176	-0.1479	1.3995	0.0003	0.0534	-0.1469	-0.1074	0.0352	0.028	0.0772	-0.0084	-0.015	0.1375	-0.0006	-0.0009	0.073	-0.0051	0.1091	16.8556	19.8074	22.9653
3	2.4261	0.1449	-0.024	0.8831	-0.1598	2.4828	-0.0384	0.2991	-0.1307	-0.0445	-0.0299	0.0522	0.0691	-0.3522	-0.0441	0.0887	0.009	-0.0031	0.2099	-0.0065	0.0901	2.3212	22.9633	9.7186
4	1.459	-0.0696	0.1462	0.5674	0.2499	1.9706	-0.0273	0.4019	0.0417	-0.0628	-0.0059	-0.0567	-0.1691	0.2295	0.0493	0.1423	-0.0152	0.0051	0.2237	0.0503	0.1325	20.5718	26.9869	5.9192
5	1.5686	-0.5186	-0.3433	4.2928	1.6269	1.9051	0.1228	0.1057	-0.2125	0.0245	-0.1836	-0.1174	0.1501	-0.2125	0.0506	0.1919	0.0374	0.0084	0.2014	-0.0296	0.1698	13.0967	16.4989	12.3512
6	1.7756	0.1532	0.1713	0.3411	0.0313	1.1929	-0.0155	0.2487	0.1716	-0.0512	0.0193	-0.0685	-0.097	0.2759	-0.0652	0.1168	-0.0092	0.0069	0.1626	0.0244	0.082	34.1206	26.7258	21.954
7	1.8784	-0.0097	0.3987	0.5176	0.3243	1.0018	0.0382	0.1557	-0.1587	0.0746	0.062	-0.0263	0.0693	0.0665	-0.0072	0.1448	0.0369	-0.0012	0.07	0.0159	0.1063	38.5211	19.459	43.3288
8	2.5145	-0.1831	0.051	1.3924	-0.0741	2.6156	-0.041	-0.0784	0.0599	-0.0081	-0.0052	-0.0405	-0.0625	0.3263	-0.0303	0.0752	0.0287	-0.003	0.0705	0.0025	0.094	52.9785	22.4285	56.1978
9	1.9467	-0.1099	0.1981	0.6372	-0.2257	1.5364	-0.0302	-0.2262	0.0634	0.0503	0.0291	0.0266	-0.0961	-0.1507	0.0011	0.1244	0.0273	0.0123	0.0844	-0.0155	0.1041	34.8204	26.9823	60.0818
10	1.3954	-0.0504	0.3044	2.0002	-5.363	3.7661	0.0781	0.138	-0.133	-0.164	0.1497	0.2058	0.079	-0.0524	-0.2322	0.1665	0.0135	0.0066	0.0748	0.0015	0.1554	42.2906	16.4866	53.4931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 8 THROUGH 104 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 105 THROUGH 186 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 187 THROUGH 254 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 255 THROUGH 366 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 401 THROUGH 401 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 8 THROUGH 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 105 THROUGH 186 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 187 THROUGH 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 255 THROUGH 366 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 401 THROUGH 401 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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