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- PDB-7ux7: Crystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ux7
タイトルCrystal structure of MfnG, an L- and D-tyrosine O-methyltransferase from the marformycin biosynthesis pathway of Streptomyces drozdowiczii, with SAH bound at 1.2 A resolution (P212121 - form II)
要素MfnG
キーワードTRANSFERASE / O-methyltransferase / O-methyl-tyrosine / Marformycin synthesis / SAM-dependent methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Unknown ligand / MfnG
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces drozdowiczii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Miller, M.D. / Wu, K.-L. / Xu, W. / Xiao, H. / Philips Jr., G.N.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM115261 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA217255 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM133706 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R21-CA255894 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI165079 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR170014 米国
Robert A. Welch FoundationC-1970 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-21-1-0789 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC 1231306 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Expanding the eukaryotic genetic code with a biosynthesized 21st amino acid.
著者: Wu, K.L. / Moore, J.A. / Miller, M.D. / Chen, Y. / Lee, C. / Xu, W. / Peng, Z. / Duan, Q. / Phillips Jr., G.N. / Uribe, R.A. / Xiao, H.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MfnG
B: MfnG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8536
ポリマ－84,0842
非ポリマー7694
水15,511861
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography (SEC) supports the assignment of a dimer as the assembly in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10270 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.694, 86.334, 134.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MfnG


分子量: 42042.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces drozdowiczii (バクテリア)
プラスミド: pET22b-T5-MfnG-TEV-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D4WTP2
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) ...The construct was cloned into the EcoRI and HindIII sites of pET22b with an N-terminal Met (0) added and the native GUG-start codon being expressed as V. A C-terminal expression and 6-His tag ASENLYFQ/GGGHHHHHHG leaving a C-terminal ASENLYFQ after removal of the 6-His tag with TEV protease.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8, 30% Polyethylene glycol monomethyl ether (PEG MME) 2000, Additive: 0.002 M S-Adenosyl methionine (SAM/AdoMet)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Crystal treatment: flash cooled by immersion in liquid nitrogen
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.139→72.655 Å / Num. obs: 214260 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 32.75 % / Biso Wilson estimate: 11.85 Å2
詳細: merged and scaled data post-processed by STARANISO for conversion from intensities to structure factor amplitudes
CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.0248 / Rrim(I) all: 0.1452 / Net I/σ(I): 15.13 / Num. measured all: 7017400
反射 シェル解像度: 1.139→1.204 Å / 冗長度: 23.24 % / Rmerge(I) obs: 1.5681 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. measured all: 247895 / Num. measured obs: 247895 / Num. unique all: 10668 / Num. unique obs: 10668 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.3222 / Rrim(I) all: 1.6026 / % possible all: 42.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
autoPROC1.0.5 20201211data processing
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.54データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UX6

7ux6


解像度: 1.14→35.18 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.04 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN INCLUDED AT THEIR RIDING POSITIONS USING THE ELECTRON CLOUD DISTANCES. 2. THE STRUCTURE CONTAINS AND UNKNOWN LIGAND UNL BOUND IN THE ACTIVE SITE. THE COMPOUND IS A ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN INCLUDED AT THEIR RIDING POSITIONS USING THE ELECTRON CLOUD DISTANCES. 2. THE STRUCTURE CONTAINS AND UNKNOWN LIGAND UNL BOUND IN THE ACTIVE SITE. THE COMPOUND IS A METABOLITE THAT CO-PURIFIED WITH THE PROTEIN. THE STRUCTURE LOOKS SIMILAR TO NIACIN, NICOTINAMIDE, BENZOATE, NITORBENZENE ETC. SINCE THE PRECIENSE SPECIES IS NOT KNOW, IT WAS MODELED AS AN UNL. 3. THE C-TERMINUS OF CHAIN A PACKS AGAINST CHAIN B FROM A SYMMETRY MATE IN THE UNIT CELL. THIS SHIFTS THE POSITION OF SEVERAL RESIDUES IN CHAIN B TO ACCOMMODATE THE C-TERMINAL TAG REGION. HOWEVER, THE INTERACTION IS NOT COMPLETE. AFTER MODELING THIS MAJOR SHIFTED PORTION, THERE IS RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY FOR A CONFORMATION THAT IS SIMILAR TO THE WHAT IS SEEN IN CHAIN A AND OTHER CRYSTAL FORMS. OCCUPANCY REFINEMENT SUGGESTED ABOUT 60:40 SPLIT. SINCE ONLY THE MAJOR PORTION OF THE CHAIN A C-TERMINUS (367-383)COULD BE MODELED, THIS WAS FIXED AT 0.6 OCCUPANCY TO MATCH THE CHAIN B PORTION THAT IT INTERACTS WITH, WHILE THE OTHER 0.4 OCCUPANCY PORTION COULD NOT BE MODELED DUE TO DISORDER. 4. EVEN THOUGH THE CRYSTALLIZATION DROPS WERE SETUP WITH S-ADENOSYLMETHIONINE (SAM/ ADOMET), ELECTRON DENSITY CLEARLY SHOWS THAT THE COFACTOR HAS BROKEN DOWN TO S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE (SAH/ADOHCY). 5. THE DATA WERE PROCESSED WITH STARTANISO DUE TO THE ANISOTROPIC RESOLUTION EXTENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.142 10679 4.98 %
Rwork0.119 --
obs0.121 214231 83.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5690 0 70 861 6621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.358927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9682387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.14-1.150.2688640.22341198X-RAY DIFFRACTION15
1.15-1.170.2286790.22191606X-RAY DIFFRACTION20
1.17-1.180.21681160.21222269X-RAY DIFFRACTION28
1.18-1.20.19361760.20133029X-RAY DIFFRACTION38
1.2-1.210.20922060.19783855X-RAY DIFFRACTION48
1.21-1.230.19132540.18284522X-RAY DIFFRACTION56
1.23-1.240.19882630.17265273X-RAY DIFFRACTION65
1.24-1.260.19383630.16716457X-RAY DIFFRACTION80
1.26-1.280.18683880.1537374X-RAY DIFFRACTION91
1.28-1.30.1633880.13657687X-RAY DIFFRACTION95
1.3-1.330.17044060.1297769X-RAY DIFFRACTION96
1.33-1.350.16884260.12367780X-RAY DIFFRACTION96
1.35-1.380.1654050.11867818X-RAY DIFFRACTION97
1.38-1.410.13984000.11077829X-RAY DIFFRACTION97
1.41-1.440.13184100.10697825X-RAY DIFFRACTION97
1.44-1.470.12814260.10447868X-RAY DIFFRACTION97
1.47-1.510.12794160.09687914X-RAY DIFFRACTION97
1.51-1.550.12914220.09447883X-RAY DIFFRACTION97
1.55-1.590.12014290.08857929X-RAY DIFFRACTION98
1.59-1.640.13454240.09187970X-RAY DIFFRACTION98
1.64-1.70.11824330.09227968X-RAY DIFFRACTION98
1.7-1.770.11893950.09277984X-RAY DIFFRACTION98
1.77-1.850.13364220.09688067X-RAY DIFFRACTION99
1.85-1.950.13254400.09958056X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.070.12753970.10238109X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.230.12084350.1018124X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.450.13154410.10458172X-RAY DIFFRACTION99
2.45-2.810.13274210.11928229X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.540.15454300.13358343X-RAY DIFFRACTION100
3.54-35.180.15174040.14558645X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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