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万見
- PDB-7uwt: Structure of Oxygen-Insensitive NAD(P)H-dependent Nitroreductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwt
タイトルStructure of Oxygen-Insensitive NAD(P)H-dependent Nitroreductase NfsB_Vv F70A/F108Y (NTR 2.0) in complex with FMN at 1.85 Angstroms resolution
要素Dihydropteridine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitroreductase / flavoenzyme / metronidazole reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dihydropteridine reductase / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / polyethylene glycol / Dihydropteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sharrock, A.V. / Arcus, V. / Mumm, J.S. / Ackerley, D.F.
資金援助 米国, ニュージーランド, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01OD020376 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH126731 米国
Health Research Council (HRC)19-750 ニュージーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: The Crystal Structure of Engineered Nitroreductase NTR 2.0 and Impact of F70A and F108Y Substitutions on Substrate Specificity.
著者: Sharrock, A.V. / Mumm, J.S. / Bagdziunas, G. / Cenas, N. / Arcus, V.L. / Ackerley, D.F.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteridine reductase
B: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3189
ポリマ－48,2992
非ポリマー3,0197
水3,297183
1
A: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子

A: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3296
ポリマ－48,2992
非ポリマー1,0314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area8770 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子

B: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,30612
ポリマ－48,2992
非ポリマー5,00810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area8730 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 137.360, 107.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Dihydropteridine reductase / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase


分子量: 24149.348 Da / 分子数: 2 / 変異: F70A,F108Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: FORC53_4366, JS85_12320 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A347SKZ6, 6,7-dihydropteridine reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate trihydrate pH 4.5, PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→68.68 Å / Num. obs: 43344 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2625 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DS7

1ds7


解像度: 1.85→68.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.457 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19625 2177 5 %RANDOM
Rwork0.16467 ---
obs0.16628 41147 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.27 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→68.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 108 183 3637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.6584750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4941.597463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9125432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.46922.442172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96215574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.021519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7121.751736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6591.7471733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2892.6112164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2892.6122165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9342.071784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9332.0711785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3432.962587
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.24520.6834118
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.24620.6914119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 174 -
Rwork0.201 2999 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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