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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwg | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the TIR domain-containing protein from Acinetobacter baumannii (AbTir) | ||||||
![]() | Molecular chaperone Tir | ||||||
![]() | HYDROLASE / 2' cADPR / NADase / Bacterial TIR | ||||||
機能・相同性 | NAD catabolic process / TIR domain / NAD+ nucleosidase activity / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / signal transduction / Molecular chaperone Tir![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manik, M.K. / Nanson, J.D. / Ve, T. / Kobe, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cyclic ADP ribose isomers: Production, chemical structures, and immune signaling. 著者: Mohammad K Manik / Yun Shi / Sulin Li / Mark A Zaydman / Neha Damaraju / Samuel Eastman / Thomas G Smith / Weixi Gu / Veronika Masic / Tamim Mosaiab / James S Weagley / Steven J Hancock / ...著者: Mohammad K Manik / Yun Shi / Sulin Li / Mark A Zaydman / Neha Damaraju / Samuel Eastman / Thomas G Smith / Weixi Gu / Veronika Masic / Tamim Mosaiab / James S Weagley / Steven J Hancock / Eduardo Vasquez / Lauren Hartley-Tassell / Nestoras Kargios / Natsumi Maruta / Bryan Y J Lim / Hayden Burdett / Michael J Landsberg / Mark A Schembri / Ivan Prokes / Lijiang Song / Murray Grant / Aaron DiAntonio / Jeffrey D Nanson / Ming Guo / Jeffrey Milbrandt / Thomas Ve / Bostjan Kobe / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cyclic adenosine diphosphate (ADP)-ribose (cADPR) isomers are signaling molecules produced by bacterial and plant Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains via nicotinamide adenine dinucleotide ...Cyclic adenosine diphosphate (ADP)-ribose (cADPR) isomers are signaling molecules produced by bacterial and plant Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains via nicotinamide adenine dinucleotide (oxidized form) (NAD) hydrolysis. We show that v-cADPR (2'cADPR) and v2-cADPR (3'cADPR) isomers are cyclized by O-glycosidic bond formation between the ribose moieties in ADPR. Structures of 2'cADPR-producing TIR domains reveal conformational changes that lead to an active assembly that resembles those of Toll-like receptor adaptor TIR domains. Mutagenesis reveals a conserved tryptophan that is essential for cyclization. We show that 3'cADPR is an activator of ThsA effector proteins from the bacterial antiphage defense system termed Thoeris and a suppressor of plant immunity when produced by the effector HopAM1. Collectively, our results reveal the molecular basis of cADPR isomer production and establish 3'cADPR in bacteria as an antiviral and plant immunity-suppressing signaling molecule. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15614.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: APD31_10100, H0529_09530 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-P6G / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M LiSO4, and 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→47.86 Å / Num. obs: 25989 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.33 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 2180 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.52 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4lqc 解像度: 2.16→47.86 Å / SU ML: 0.2665 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.1275 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→47.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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