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- PDB-7uw1: A. baumannii 70S ribosome-Streptothricin-D complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uw1
タイトルA. baumannii 70S ribosome-Streptothricin-D complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16s Ribosomal RNA
  • 23s ribosomal RNA
  • 5s ribosomal RNA
キーワードRibosome/RNA / Streptothricin / Nourseothricin / Antibiotic / Ribosome / Ribosome-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / : / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Streptothricin D / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein bS21 ...Streptothricin D / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL20
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Morgan, C.E. / Yu, E.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023
タイトル: Streptothricin F is a bactericidal antibiotic effective against highly drug-resistant gram-negative bacteria that interacts with the 30S subunit of the 70S ribosome.
著者: Christopher E Morgan / Yoon-Suk Kang / Alex B Green / Kenneth P Smith / Matthew G Dowgiallo / Brandon C Miller / Lucius Chiaraviglio / Katherine A Truelson / Katelyn E Zulauf / Shade ...著者: Christopher E Morgan / Yoon-Suk Kang / Alex B Green / Kenneth P Smith / Matthew G Dowgiallo / Brandon C Miller / Lucius Chiaraviglio / Katherine A Truelson / Katelyn E Zulauf / Shade Rodriguez / Anthony D Kang / Roman Manetsch / Edward W Yu / James E Kirby /
要旨: The streptothricin natural product mixture (also known as nourseothricin) was discovered in the early 1940s, generating intense initial interest because of excellent gram-negative activity. Here, we ...The streptothricin natural product mixture (also known as nourseothricin) was discovered in the early 1940s, generating intense initial interest because of excellent gram-negative activity. Here, we establish the activity spectrum of nourseothricin and its main components, streptothricin F (S-F, 1 lysine) and streptothricin D (S-D, 3 lysines), purified to homogeneity, against highly drug-resistant, carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) and Acinetobacter baumannii. For CRE, the MIC50 and MIC90 for S-F and S-D were 2 and 4 μM, and 0.25 and 0.5 μM, respectively. S-F and nourseothricin showed rapid, bactericidal activity. S-F and S-D both showed approximately 40-fold greater selectivity for prokaryotic than eukaryotic ribosomes in in vitro translation assays. In vivo, delayed renal toxicity occurred at >10-fold higher doses of S-F compared with S-D. Substantial treatment effect of S-F in the murine thigh model was observed against the otherwise pandrug-resistant, NDM-1-expressing Klebsiella pneumoniae Nevada strain with minimal or no toxicity. Cryo-EM characterization of S-F bound to the A. baumannii 70S ribosome defines extensive hydrogen bonding of the S-F steptolidine moiety, as a guanine mimetic, to the 16S rRNA C1054 nucleobase (Escherichia coli numbering) in helix 34, and the carbamoylated gulosamine moiety of S-F with A1196, explaining the high-level resistance conferred by corresponding mutations at the residues identified in single rrn operon E. coli. Structural analysis suggests that S-F probes the A-decoding site, which potentially may account for its miscoding activity. Based on unique and promising activity, we suggest that the streptothricin scaffold deserves further preclinical exploration as a potential therapeutic for drug-resistant, gram-negative pathogens.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年3月19日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L35
3: 50S ribosomal protein L36
A: 23s ribosomal RNA
B: 5s ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L13
J: 50S ribosomal protein L14
K: 50S ribosomal protein L15
L: 50S ribosomal protein L16
M: 50S ribosomal protein L17
N: 50S ribosomal protein L18
O: 50S ribosomal protein L19
P: 50S ribosomal protein L20
Q: 50S ribosomal protein L21
R: 50S ribosomal protein L22
S: 50S ribosomal protein L23
T: 50S ribosomal protein L24
U: 50S ribosomal protein L25
V: 50S ribosomal protein L27
W: 50S ribosomal protein L28
X: 50S ribosomal protein L29
Y: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
a: 16s Ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,144,29565
ポリマ－2,135,09951
非ポリマー9,19614
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 0123CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6105.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A7U4DFF9
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5192.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J6Y3G0
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7424.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I693
#4: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4276.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA18
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30346.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA36
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22512.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA39
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21583.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA38
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20051.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA27
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19126.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA24
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15800.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15981.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I9B0
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: N8SHC6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15509.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA20
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15498.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA32
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14022.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA13
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12443.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA23
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13619.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IAS9
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13468.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: V5VGC9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11496.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I6V9
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 11828.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A009I821
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11607.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA37
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11187.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA28
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10942.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7B6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9072.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I6V8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9125.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: N9N7A0
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7449.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA31
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6654.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA21
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 7096.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7A4

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa

#5: RNA鎖 23s ribosomal RNA


分子量: 945315.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
#6: RNA鎖 5s ribosomal RNA


分子量: 36996.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: GenBank: 1577037162
#31: RNA鎖 16s Ribosomal RNA


分子量: 500297.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: GenBank: 1211343212

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: V5VBC2
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 27972.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: V5V9N0
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA15
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA22
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC1
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17733.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7S0
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA25
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14287.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: V5VBA5
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11718.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A009L7S8
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A4R0F9S8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7R9
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13295.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA17
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11438.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA26
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I3U0
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 11223.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1V3DIZ9
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA30
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A372MP10
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10206.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA35
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I5N9
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0Q7FMS9

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非ポリマー , 4種, 19分子

#52: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 化合物
ChemComp-OIY / Streptothricin D


分子量: 758.867 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H58N12O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#54: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SD-70S Ribosome Complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4080: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 420107 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003149003
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.562222811
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.15158554
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03728523
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511981

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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