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- PDB-7uvh: Pfs230 domain 1 bound by RUPA-32 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uvh
タイトルPfs230 domain 1 bound by RUPA-32 Fab
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • RUPA-32 Fab Heavy Chain
  • RUPA-32 Fab Light Chain
キーワードCELL INVASION/IMMUNE SYSTEM / Antibody-fragment / malaria transmission / CELL INVASION / CELL INVASION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Gametocyte surface protein P230
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ivanochko, D. / Newton, J. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)428410 カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Potent transmission-blocking monoclonal antibodies from naturally exposed individuals target a conserved epitope on Plasmodium falciparum Pfs230.
著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / ...著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / Kraft, L. / Duncan, S. / Lee, S.M. / Kamya, M.R. / Feeney, M.E. / Jagannathan, P. / Greenhouse, B. / Sauerwein, R.W. / Richter King, C. / MacGill, R.S. / Bousema, T. / Jore, M.M. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RUPA-32 Fab Heavy Chain
B: RUPA-32 Fab Light Chain
C: Gametocyte surface protein P230
D: RUPA-32 Fab Heavy Chain
E: RUPA-32 Fab Light Chain
F: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,81623
ポリマ－139,9956
非ポリマー82117
水1,58588
1
A: RUPA-32 Fab Heavy Chain
B: RUPA-32 Fab Light Chain
C: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,51014
ポリマ－69,9983
非ポリマー51211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RUPA-32 Fab Heavy Chain
E: RUPA-32 Fab Light Chain
F: Gametocyte surface protein P230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3069
ポリマ－69,9983
非ポリマー3096
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.870, 80.470, 124.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.811, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-302-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALGLYGLY(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA2 - 92 - 9
121VALVALLEULEU(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA12 - 2012 - 20
131CYSCYSVALVAL(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA22 - 6322 - 64
141GLYGLYASNASN(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA65 - 7366 - 74
151LYSLYSTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA76 - 11677 - 125
161GLYGLYSERSER(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA118 - 128127 - 137
171GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA133 - 147142 - 156
181PROPROASNASN(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA149 - 155158 - 164
191LEULEUTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA159 - 160168 - 169
1101GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA162 - 191171 - 200
1111TYRTYRSERSER(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA194 - 203203 - 212
1121VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 2 through 10 or resid 12...AA207 - 213216 - 222
211VALVALGLYGLY(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD2 - 92 - 9
221VALVALLEULEU(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD12 - 2012 - 20
231CYSCYSVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD22 - 6322 - 64
241GLYGLYASNASN(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD65 - 7366 - 74
251LYSLYSTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD76 - 11677 - 125
261GLYGLYSERSER(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD118 - 128127 - 137
271GLYGLYPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD133 - 147142 - 156
281PROPROASNASN(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD149 - 155158 - 164
291LEULEUTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD159 - 160168 - 169
2101GLYGLYTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD162 - 191171 - 200
2111TYRTYRSERSER(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD194 - 203203 - 212
2121VALVALPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 10 or resid 12...DD207 - 213216 - 222
112GLUGLUGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB1 - 171 - 17
122ALAALACYSCYS(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB19 - 2319 - 23
132THRTHRSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB25 - 4925 - 49
142ARGARGTRPTRP(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB54 - 14854 - 149
152VALVALASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB150 - 152151 - 153
162GLNGLNTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB155 - 164156 - 165
172GLNGLNSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB166 - 168167 - 169
182ASPASPTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB170 - 206171 - 207
192SERSERASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 17 or resid 19...BB208 - 210209 - 211
212GLUGLUGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE1 - 171 - 17
222ALAALACYSCYS(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE19 - 2319 - 23
232THRTHRSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE25 - 4925 - 49
242ARGARGTRPTRP(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE54 - 14854 - 149
252VALVALASNASN(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE150 - 152151 - 153
262GLNGLNTHRTHR(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE155 - 164156 - 165
272GLNGLNSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE166 - 168167 - 169
282ASPASPTHRTHR(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE170 - 206171 - 207
292SERSERASNASN(chain 'E' and (resid 1 through 17 or resid 19...EE208 - 210209 - 211
113TYRTYRGLUGLU(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC579 - 63328 - 82
123LEULEUPROPRO(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC635 - 64384 - 92
133LYSLYSGLUGLU(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC645 - 65494 - 103
143THRTHRASNASN(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC656 - 677105 - 126
153LYSLYSPHEPHE(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC679 - 683128 - 132
163GLUGLULYSLYS(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC685 - 716134 - 165
173GLYGLYTYRTYR(chain 'C' and (resid 579 through 633 or resid 635...CC718 - 730167 - 179
213TYRTYRGLUGLU(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF579 - 63328 - 82
223LEULEUPROPRO(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF635 - 64384 - 92
233LYSLYSGLUGLU(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF645 - 65494 - 103
243THRTHRASNASN(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF656 - 677105 - 126
253LYSLYSPHEPHE(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF679 - 683128 - 132
263GLUGLULYSLYS(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF685 - 716134 - 165
273GLYGLYTYRTYR(chain 'F' and (resid 579 through 633 or resid 635...FF718 - 730167 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 22694.705 Da / 分子数: 2 / Fragment: domain 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68874

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 RUPA-32 Fab Heavy Chain


分子量: 23767.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RUPA-32 Fab Light Chain


分子量: 23535.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 105分子

#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 30 % (w/v) PEG 8000, 15% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→29.43 Å / Num. obs: 44577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 61.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4638 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.523 / Rrim(I) all: 1.833 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OHG

6ohg


解像度: 2.59→29.43 Å / SU ML: 0.3194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3652
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 1999 4.49 %
Rwork0.1959 42561 -
obs0.1975 44560 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9254 0 40 88 9382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01089480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.386512867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07251459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01111641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1223486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.650.33611420.29213021X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.730.32471410.27453007X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.810.26561430.26293042X-RAY DIFFRACTION99.94
2.81-2.90.28671410.26213007X-RAY DIFFRACTION100
2.9-30.2741430.25383031X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.3181420.24973028X-RAY DIFFRACTION99.94
3.12-3.260.30321410.23473002X-RAY DIFFRACTION99.87
3.26-3.430.26591420.21783027X-RAY DIFFRACTION99.94
3.43-3.650.25731440.20383066X-RAY DIFFRACTION99.94
3.65-3.930.24361410.19313023X-RAY DIFFRACTION99.97
3.93-4.320.2021430.16663042X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.950.18271440.14813057X-RAY DIFFRACTION99.94
4.95-6.220.18881450.17443077X-RAY DIFFRACTION99.85
6.22-29.430.20561470.18063131X-RAY DIFFRACTION99.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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