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万見
- PDB-7uv3: Pis v 3.0101 Vicilin Leader Sequence Residues 5-52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uv3
タイトルPis v 3.0101 Vicilin Leader Sequence Residues 5-52
要素Vicilin Pis v 3.0101
キーワードALLERGEN / Seed storage
機能・相同性Cupin / Cupin 1 / Cupin / nutrient reservoir activity / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Vicilin Pis v 3.0101
機能・相同性情報
生物種Pistacia vera (ピスターショ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mueller, G.A. / Foo, A.C.Y. / DeRose, E.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01-ES102906 米国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure and IgE Cross-Reactivity among Cashew, Pistachio, Walnut, and Peanut Vicilin-Buried Peptides.
著者: Foo, A.C.Y. / Nesbit, J.B. / Gipson, S.A.Y. / DeRose, E.F. / Cheng, H. / Hurlburt, B.K. / Kulis, M.D. / Kim, E.H. / Dreskin, S.C. / Mustafa, S. / Maleki, S.J. / Mueller, G.A.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vicilin Pis v 3.0101


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8491
ポリマ－5,8491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Vicilin Pis v 3.0101 / 7S globulin / 7S seed storage protein / 7S vicilin-like protein Pis v 3 / Vicilin Pis v 3


分子量: 5848.552 Da / 分子数: 1 / 変異: A26G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pistacia vera (ピスターショ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4X640

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY
121isotropic23D 1H-15N NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D CBCA(CO)NH
1104anisotropic12D 1H-15N HSQC
1111isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution150 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% PBS pH 7.4, 50 uM DSS reference standardPBS90% H2O/10% D2O
filamentous virus450 uM DSS, 20 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% PBS pH 7.4, 50 uM DSS reference standard 20 mg/mL filamentous virus. Aslao BiotechPhage90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 uMDSSnatural abundance1
50 uMDSSnatural abundance4
20 mg/mLPf1 phagenatural abundance4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Standard / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJJohnson, OneMoon Scientificpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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