[日本語] English
万見
- PDB-7uuk: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uuk
タイトルCrystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with tobramycin
要素Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
キーワードTRANSFERASE / XAT / XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX / LBH / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性: / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / TOBRAMYCIN / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic plasticity in ApmA enables aminoglycoside promiscuity for resistance.
著者: Bordeleau, E. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Koteva, K. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Other ...Data collection / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_SG_project / pdbx_initial_refinement_model / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center ..._audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center / _pdbx_SG_project.initial_of_center / _struct_keywords.text
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4829
ポリマ－93,9733
非ポリマー1,5096
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12720 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area34790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.146, 107.405, 134.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Aminocyclitol acetyltransferase ApmA


分子量: 31324.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: apmA / プラスミド: PET19BTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D0AST6
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL


分子量: 467.514 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M calcium chloride, 20% PEG3350, 5 mM tobramycin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→30 Å / Num. obs: 21504 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.82→2.87 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 1002 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.389 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JM2

7jm2


解像度: 2.82→29.85 Å / SU ML: 0.3761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.7087
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 1072 5 %RANDOM
Rwork0.1965 20369 --
obs0.1994 21441 95.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6592 0 99 195 6886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66019357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04791030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.93732550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-2.950.33121230.2732352X-RAY DIFFRACTION90.63
2.95-3.10.31911370.26012573X-RAY DIFFRACTION97.94
3.1-3.30.34111340.24332549X-RAY DIFFRACTION97.49
3.3-3.550.28291340.21232560X-RAY DIFFRACTION97.5
3.55-3.910.2561370.18022583X-RAY DIFFRACTION97.42
3.91-4.470.2151340.16042573X-RAY DIFFRACTION96.68
4.47-5.630.19961360.15972575X-RAY DIFFRACTION95.59
5.63-29.850.22941370.19452604X-RAY DIFFRACTION92.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34349979536-0.376334292463-0.1844168397214.35539689060.01283403406822.10869343223-0.1738025740361.08435186080.283094313-0.229607598294-0.1321045311020.4120836913810.5240768728020.1010047271320.2418152443170.54804494945-0.0168778181971-0.03455017431850.46683449237-0.02642544996980.310107813855-3.06896534433-19.2717708938-30.4670132253
25.910821437732.48990094820.4164641864216.02381351457-1.379906963414.26470816593-0.1184412399180.463496144920.84817827291-0.5184685090790.1189741988691.13694460929-0.00952553093607-0.319472214712-0.01601663838710.3699137894880.0323136152659-0.08311188437150.378248164899-0.03114825939010.538255265308-10.7489668266-14.190905642-29.100757499
39.73481976571-3.20356125273-0.2512838489835.535790715511.780223735938.07025826606-0.0525016051454-0.620100781752-0.5640181338030.802647498240.4581757396910.1941232275730.5452095740860.074640365003-0.3247375392390.486649090373-0.1057020812550.03749920500120.386428886111-0.009143074483770.333946029632-7.13429809144-19.9040168684-18.7611068426
43.484419015342.4744498133-0.1613513902054.1783162137-0.1980681116870.859783607104-0.1091617861440.1660911121080.186965971327-0.04947078268730.3310286137120.209518466354-0.1839636258050.345946633752-0.2656215873990.5846861199460.0331624319254-0.04903744372840.4078762395520.03396860150330.2660843622118.29928571416-16.776908391-25.1086529534
53.309377865381.70263109466-1.029343428437.613024267280.9949851584053.28461433737-0.306093594577-0.0740124695820.230006790834-0.1185358590730.324836774810.233887302070.004448113669990.27440159257-0.02777009616720.3380576255110.0456523431948-0.06383928688030.2870513481740.001597348199780.29856195130216.3397721379-9.39005097223-22.5433122845
60.72540375097-0.08343920274620.8131809103887.51677113074-1.974896498791.89019363573-0.08147184344260.009854958181010.0970404442884-0.496403136937-0.0702650717169-0.4083166584790.04636109490180.1555811220310.1320376210830.321267272873-0.01556516597320.02421974994040.3299648527090.005374835878090.2680434828324.6193345071.12024349949-26.1814310284
73.91499362588-2.25939166371-0.9819908507545.45385877935.062574733645.130045075220.1657713541970.0127880373968-0.129702341987-0.08070918950410.262787847031-0.282030443315-0.3614596281810.95287588293-0.4224234818850.582333348064-0.0297614073230.004607351288340.2847551980470.08154348429540.52745149019929.9645028507-12.1891805361-13.9157549038
85.671433642491.079776084422.37499850885.115136345160.7841217945937.87467069141-0.273751333592-0.172483297808-0.5205525897970.226055198455-0.117220684242-0.6974163534160.6106004504920.6228374450390.2851757902160.4318150045940.0793432250854-0.002463080102510.3577014750620.2130408885260.46288643875532.2651678919-24.3702684119-14.7097979623
95.83374286076-0.9252654723681.223612796555.94344273428-1.090772387866.750647240090.0993900928030.17090218956-0.663005660181-0.101809882513-0.292461728398-1.165073861890.345531576075-0.2729342863040.1274353014750.4801070342260.0320503714684-0.057880568660.360402855244-0.01030429414150.52458246298722.6233294331-35.3550687784-18.4364740631
105.396853912350.07304601083651.541356419973.264627354070.005779255716264.68546536855-0.04719972076010.200972779020.852355048548-0.316415169286-0.0868040048413-0.1005006921980.0432191637695-0.6335233050180.1479168392420.4055635131240.04160171774410.08209971234140.4107373158210.09874401322410.465807096006-7.3898385121114.1726508078-28.5075203415
113.327345906021.26454216621-1.739521186553.961355655923.372959901355.59622534403-0.1231548229670.215159701393-0.0496673984156-0.224469982009-0.00403650580025-0.6014949502130.4783054778040.7728438548670.2062457767580.5654441406110.0423259082767-0.04757589950740.5181829917050.1075548715790.4415912486360.01817702591887.05824841327-34.2380560513
125.04051324602-0.4015303634392.102873959311.07863031831.121308959164.66797958256-0.209338088591-0.312858423370.475390386081-0.1297790707930.4519459594460.443945060923-0.45991222405-0.0944171588403-0.06320811789750.3651043748040.154584947191-0.02949420278680.4153620774270.1754898222880.3152638285684.5241384064915.1731308459-22.5095362862
132.750220671430.325116859856-2.931194381351.79255048711-0.4017227595238.66413539647-0.03287647447470.08183529512650.06832194720260.001432370507210.01479597067280.0537005627873-0.0899180052049-0.24598606408-0.02985996847810.1984526488860.0331939421346-0.004948679873390.2658630096040.0190200984560.37212488912711.588483586614.4015969785-14.0419913351
141.156797898140.477282194891-2.022414350731.41368238642-1.05158506164.533447076680.0685566574866-0.1340778240840.2279235668070.1491176651730.01545295537710.034122661599-0.3468865116080.20341555834-0.07898189471910.2803726370310.0091743059275-0.07157936551160.294837008627-0.05273133415190.36041437862718.371757405415.9292540583-5.74753205322
151.80926436362.700640814292.537564156525.144623822753.485184247725.17311795119-0.3391069012870.4847062173560.7392796362740.438796235379-0.1825947523250.4576694943170.03332880155841.27046721580.6862918891770.420587694338-0.01074753698120.05971404467340.4392567001910.177473488580.56845232670433.584484537124.1444501342-30.1751891273
162.62873289554-1.248820921350.5293556732580.9229520550291.047701290854.652383297090.0555883890521-0.0770655830246-0.633039095769-0.0844355087173-0.09540684553120.4920454261180.258367687615-0.2596762920910.04030265565720.395578555477-0.07316216897640.0108599452640.343002913793-0.01505874328320.581643429351-17.4885450581-2.67123472279-4.85880595541
173.4422466047-2.7587995872.493707421426.93153264391-3.128686476275.189705601290.16822696914-0.00728374520850.131861561388-0.190883069666-0.289756595399-0.001202603244140.09604914798530.1678575762240.09940542835040.262809579258-0.0459890858471-0.01196386479980.34301433925-0.01333438210770.269064665678-9.999520470053.8038532995-2.57856614683
181.54954404921-2.54287905221-1.946195982685.196953872973.976032517823.71323889554-0.24253940522-0.0979129850691-0.2580239368980.5423496260620.1417402182720.1728307535170.3494059814380.3002985014290.1172488858450.3762592321240.04403475486990.01460289734860.3245962700090.04195166502490.29438847154410.64252238-15.7638914543-0.911913960874
191.80894695051-0.1529617034730.8904362994021.7900856067-0.5333340963171.0404367826-0.234988593592-0.4998141720120.3736716938010.6417861873580.184880145071-0.1970487265630.2655001094340.2091433362450.05741557218070.5225961544590.0416551517763-0.07996510663280.472248150266-0.05765207639320.31492145301511.99417107381.194358070318.432068549
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 21 )AA2 - 211 - 20
22chain 'A' and (resid 22 through 47 )AA22 - 4721 - 46
33chain 'A' and (resid 48 through 75 )AA48 - 7547 - 74
44chain 'A' and (resid 76 through 104 )AA76 - 10475 - 103
55chain 'A' and (resid 105 through 132 )AA105 - 132104 - 131
66chain 'A' and (resid 133 through 212 )AA133 - 212132 - 211
77chain 'A' and (resid 213 through 226 )AA213 - 226212 - 225
88chain 'A' and (resid 227 through 244 )AA227 - 244226 - 243
99chain 'A' and (resid 245 through 274 )AA245 - 274244 - 273
1010chain 'B' and (resid 1 through 47 )BB1 - 471 - 47
1111chain 'B' and (resid 48 through 75 )BB48 - 7548 - 75
1212chain 'B' and (resid 76 through 93 )BB76 - 9376 - 93
1313chain 'B' and (resid 94 through 132 )BB94 - 13294 - 132
1414chain 'B' and (resid 133 through 256 )BB133 - 256133 - 256
1515chain 'B' and (resid 257 through 274 )BB257 - 274257 - 274
1616chain 'C' and (resid -1 through 47 )CC-1 - 471 - 49
1717chain 'C' and (resid 48 through 93 )CC48 - 9350 - 95
1818chain 'C' and (resid 94 through 207 )CC94 - 20796 - 209
1919chain 'C' and (resid 208 through 274 )CC208 - 274210 - 276

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る