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- PDB-7uoi: Crystallographic structure of DapE from Enterococcus faecium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uoi
タイトルCrystallographic structure of DapE from Enterococcus faecium
要素succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / DapE / desuccinylase / Metalloenzymes
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecium 1
231
410
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Vilchis, A. / Terrazas-Lopez, M. / Diaz-Sanchez, A.G.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)PN-2015-587 メキシコ
Facultad de QuimicaUNAM 5000-9129 メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN227920 メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: The three-dimensional structure of DapE from Enterococcus faecium reveals new insights into DapE/ArgE subfamily ligand specificity.
著者: Terrazas-Lopez, M. / Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Vilchis, A. / Aguirre-Mendez, K.A. / Lobo-Galo, N. / Martinez-Martinez, A. / Diaz-Sanchez, A.G.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2314
ポリマ－43,9811
非ポリマー2503
水9,062503
1
A: succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子

A: succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4628
ポリマ－87,9632
非ポリマー4996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.486, 45.378, 78.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

HOH

21A-971-

HOH

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要素

#1: タンパク質 succinyl-diaminopimelate desuccinylase


分子量: 43981.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium 1,231,410 (バクテリア)
遺伝子: EFTG_01132 / Variant: Enterococcus faecium / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21-DE3
参照: UniProt: A0A7U8IMK7, succinyl-diaminopimelate desuccinylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate, 8% PEG4000, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.37 Å / Num. obs: 58807 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 20.18 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7861 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 0 / 解像度: 1.6→38.263 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1807 2945 5.03 %
Rwork0.1528 55553 -
obs0.1542 58498 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.88 Å2 / Biso mean: 25 Å2 / Biso min: 9.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→38.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 13 505 3466
Biso mean--46.91 39.38 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0352621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6004-1.62670.2881340.2331226383
1.6267-1.65470.23031300.2014240390
1.6547-1.68480.20291300.1745261195
1.6848-1.71720.21671390.1698265499
1.7172-1.75230.21881270.1631254693
1.7523-1.79040.20591520.1634264098
1.7904-1.8320.19121260.169265399
1.832-1.87780.19461390.1668269899
1.8778-1.92860.24071530.2141259797
1.9286-1.98530.19221410.1766269999
1.9853-2.04940.20061380.1545268799
2.0494-2.12270.17921310.1547272099
2.1227-2.20760.17961570.1551264498
2.2076-2.30810.21971380.1771265898
2.3081-2.42980.1871620.154265198
2.4298-2.5820.1841390.1514275099
2.582-2.78130.19191370.1555271099
2.7813-3.06110.18121450.1562268298
3.0611-3.50370.16521470.13942751100
3.5037-4.41330.1451520.125269598
4.4133-5.420.15661280.1401284199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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