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万見
- PDB-7uoa: MAGEA4-MTP1 linear peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uoa
タイトルMAGEA4-MTP1 linear peptide complex
要素
  • MTP-1
  • Melanoma antigen A 4
キーワードPROTEIN BINDING / Mage homology domain MHD
機能・相同性
機能・相同性情報


Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma antigen A 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Williams, R.S. / Tumbale, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Structural Basis of the Selectivity of Potent Cyclic Peptide Inhibitors of MAGE-A4.
著者: Fleming, M.C. / Chiou, L.F. / Tumbale, P.P. / Droby, G.N. / Lim, J. / Norris-Drouin, J.L. / Williams, J.G. / Pearce, K.H. / Williams, R.S. / Vaziri, C. / Bowers, A.A.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoma antigen A 4
B: MTP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5434
ポリマ－26,3592
非ポリマー1842
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.387, 79.387, 215.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Melanoma antigen A 4 / cDNA / FLJ94494 / Homo sapiens melanoma antigen / family A / 4 (MAGEA4) / mRNA


分子量: 24997.490 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 101-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGEA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RN33
#2: タンパク質・ペプチド MTP-1


分子量: 1361.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, magnesium chloride, ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 5488 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.65
反射 シェル解像度: 3.5→3.626 Å / Num. unique obs: 5248 / CC1/2: 0.967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2WA0

2wa0


解像度: 3.5→49.61 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 32.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 924 9.81 %
Rwork0.2472 8495 -
obs0.2496 5469 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.22 Å2 / Biso mean: 116.098 Å2 / Biso min: 70.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 12 0 1662
Biso mean--121.27 --
残基数----210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.690.36041320.33331220135298
3.69-3.920.30041320.2771228136099
3.92-4.220.31071280.25411214134299
4.22-4.640.23611340.2331200133497
4.64-5.310.26921390.2461207134698
5.32-6.690.31231300.26621219134999
6.7-49.610.22411290.2121207133698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.3398 Å / Origin y: 14.4404 Å / Origin z: -8.0221 Å
111213212223313233
T1.188 Å20.2735 Å2-0.2229 Å2-0.811 Å2-0.029 Å2--0.6308 Å2
L3.1321 °22.1537 °21.8133 °2-4.2593 °22.3571 °2--6.0603 °2
S-0.4082 Å °-0.289 Å °0.2673 Å °-0.403 Å °-0.3367 Å °0.2302 Å °-0.5871 Å °-0.425 Å °0.7758 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA100 - 312
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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