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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7un9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SfSTING with c-di-GMP double fiber | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | CD-NTase-associated protein 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / STING / bacterial / filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ glycohydrolase / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / defense response to virus / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Morehouse, B.R. / Yip, M.C.J. / Keszei, A.F.A. / McNamara-Bordewick, N.K. / Shao, S. / Kranzusch, P.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of an active bacterial TIR-STING filament complex. 著者: Benjamin R Morehouse / Matthew C J Yip / Alexander F A Keszei / Nora K McNamara-Bordewick / Sichen Shao / Philip J Kranzusch / ![]() 要旨: Stimulator of interferon genes (STING) is an antiviral signalling protein that is broadly conserved in both innate immunity in animals and phage defence in prokaryotes. Activation of STING requires ...Stimulator of interferon genes (STING) is an antiviral signalling protein that is broadly conserved in both innate immunity in animals and phage defence in prokaryotes. Activation of STING requires its assembly into an oligomeric filament structure through binding of a cyclic dinucleotide, but the molecular basis of STING filament assembly and extension remains unknown. Here we use cryogenic electron microscopy to determine the structure of the active Toll/interleukin-1 receptor (TIR)-STING filament complex from a Sphingobacterium faecium cyclic-oligonucleotide-based antiphage signalling system (CBASS) defence operon. Bacterial TIR-STING filament formation is driven by STING interfaces that become exposed on high-affinity recognition of the cognate cyclic dinucleotide signal c-di-GMP. Repeating dimeric STING units stack laterally head-to-head through surface interfaces, which are also essential for human STING tetramer formation and downstream immune signalling in mammals. The active bacterial TIR-STING structure reveals further cross-filament contacts that brace the assembly and coordinate packing of the associated TIR NADase effector domains at the base of the filament to drive NAD hydrolysis. STING interface and cross-filament contacts are essential for cell growth arrest in vivo and reveal a stepwise mechanism of activation whereby STING filament assembly is required for subsequent effector activation. Our results define the structural basis of STING filament formation in prokaryotic antiviral signalling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 405.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 325.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26617MC ![]() 7un8C ![]() 7unaC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34302.570 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cap12, C8N37_104320, SF1_08920 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-C2E / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | The authors state that sections of the sequence are unknown. Ligand code UNK was used to indicate ...The authors state that sections of the sequence are unknown. Ligand code UNK was used to indicate that the identities are unknown. The full sequence is MKKRIFIGSS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SfSTING with c-di-GMP double fiber / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2593147 / 対称性のタイプ: POINT |