PDB-7umo: Structure of Unc119-inhibitor complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7umo

タイトル

Structure of Unc119-inhibitor complex.

要素

Protein unc-119 homolog A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Unc119 / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / lipoprotein transport / intercellular bridge / phototransduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitotic cytokinesis / spindle midzone / visual perception / spindle pole ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Srivastava, D. / Sebag, J.A. / Artemyev, N.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Insulin sensitization by small molecules enhancing GLUT4 translocation.
著者: Yin, T.C. / Van Vranken, J.G. / Srivastava, D. / Mittal, A. / Buscaglia, P. / Moore, A.E. / Verdinez, J.A. / Graham, A.E. / Walsh, S.A. / Acevedo, M.A. / Kerns, R.J. / Artemyev, N.O. / Gygi, S.P. / Sebag, J.A.

履歴

登録	2022年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7umo.cif.gz	516.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7umo.ent.gz	355.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7umo_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7umo_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7umo_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	7umo_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rbqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein unc-119 homolog A

B: Protein unc-119 homolog A

C: Protein unc-119 homolog A

D: Protein unc-119 homolog A

E: Protein unc-119 homolog A

F: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Protein unc-119 homolog A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.820, 78.130, 187.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Protein unc-119 homolog A / Retinal protein 4 / hRG4 分子量: 23025.021 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC119, RG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13432
#2: 化合物	ChemComp-NT6 / (3s,5s,7s)-N-(4,5-dichloropyridin-2-yl)adamantane-1-carboxamide 分子量: 325.233 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈Cl₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Cacodylate, Sodium acetate, PEG4000 / PH範囲: 6.5-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.16 Å / Num. obs: 50240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.82 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 4543 / CC_1/2: 0.947 / R_pim(I) all: 0.191 / R_rim(I) all: 0.719 / Χ²: 0.86 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RBQ

3rbq

解像度: 2.3→48.16 Å / SU ML: 0.2831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	2544	5.07 %
R_work	0.1966	47607	-
obs	0.1989	50151	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8266	0	144	225	8635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	8681
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8084	11742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	1209
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4957	3327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.263	112	0.2317	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.39	0.3257	117	0.2277	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.3022	118	0.2276	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.44-2.5	0.3565	140	0.2418	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.5-2.56	0.3083	143	0.2386	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2802	133	0.2263	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.63-2.71	0.2549	147	0.2161	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.8	0.2784	145	0.2245	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.8-2.9	0.3079	152	0.2436	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.9-3.01	0.2956	150	0.2328	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.01-3.15	0.2857	138	0.2306	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.15-3.32	0.2568	147	0.2178	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.52	0.2874	126	0.191	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.8	0.2119	148	0.1803	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.8-4.18	0.1972	183	0.1621	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.18-4.78	0.1733	152	0.148	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-6.02	0.219	135	0.1694	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.02-48.16	0.2403	158	0.2122	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.14947715905	0.589172615026	0.0200779366016	1.37933310389	0.275524857201	1.22502362469	-0.0135946519448	-0.0873811956931	-0.0124746280984	-0.101974134037	0.0712328475495	-0.0224793710614	-0.0989390980301	0.123910367693	1.41257046402E-5	0.272076371292	0.0104125993256	0.0373683636686	0.275360175533	-0.0104149431197	0.271731596593	4.28432563308	-20.905266579	21.3373213189
2	0.4803504855	-0.457150021245	-0.27750892499	1.24969004722	-0.698498648547	1.84731055722	0.0833738981695	0.0416271313627	-0.0700044694039	0.314418715229	-0.00772195446321	0.116568182313	-0.276530128857	-0.0219236079896	0.0371292099655	0.296441324195	0.0370385707352	0.0551789519681	0.284563862026	0.0212311094641	0.273765561658	9.41084881324	-15.3067552579	-10.0672131597
3	1.60722309155	0.625512715912	0.569381990228	0.938609488196	-0.758375541084	2.70181554204	0.184344302134	-0.258179221016	-0.156900752499	-0.312316507108	-0.0530219228547	0.00830846774148	1.04104585012	0.232555167468	0.55106686341	0.536449055641	0.117346792391	-0.0362017982419	0.282980909862	0.0409310963274	0.291389723163	8.07248571626	-53.163352185	9.58056941398
4	1.46486737974	-0.353933469112	0.179250753472	0.679277376702	-0.117295930571	1.35284842211	0.0159112971555	-0.166527953367	-0.1338105868	-0.0779840174286	0.0314808922582	-0.0205998201641	0.275171573121	-0.376836577915	0.0162953577189	0.283274496969	-0.106166032098	-0.0361983313743	0.376417963409	0.0416487297422	0.291972205994	44.0130581696	-34.6015570762	40.7275371913
5	2.19984349322	-0.704462925181	-0.328503268987	1.130136543	0.36428623083	2.09806711057	-0.0141382203024	0.105241921675	0.339607600092	-0.252794823996	0.0920511737361	-0.036847909007	0.0655284289225	-0.152946951053	0.0367100518955	0.144578925583	0.0238822619716	-0.0285984880464	0.253229055479	0.0550209935052	0.314048118356	2.69462090449	-58.1440248346	40.8576242031
6	0.748464289873	0.565488142437	0.222671361743	1.6397374071	0.917027668544	2.46879179123	-0.102591934735	-0.0742110059017	-0.0632809635185	-0.33789291512	0.058573942988	0.0931813381312	-0.470353169436	-0.101642442314	-0.0142811475989	0.504716434435	0.0107914803046	-0.0107889796869	0.327612562201	0.00964750185019	0.333304806293	38.2081665917	-70.4875886626	21.3817944425

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	chain A	A	A - D	59 - 402
2	2	chain B	B	E - F	60 - 301
3	3	chain C	C	G - H	60 - 301
4	4	chain D	D	I - J	58 - 301
5	5	chain E	E	K - M	59 - 401
6	6	chain F	F	N - O	59 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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