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- PDB-7uma: Crystal structure of Tlde1a from Salmonella Typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uma
タイトルCrystal structure of Tlde1a from Salmonella Typhimurium
要素
  • HIS-HIS-HIS-HIS
  • Tlde1a
キーワードTOXIN / Type VI secretion system / Salmonella Typhimurium / L / D-carboxypeptidase / D-transpeptidase / peptidoglycan
機能・相同性DUF2778 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lorente Cobo, N. / Prehna, G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of the type VI secretion system effector Tlde1a reveals a structurally altered LD-transpeptidase fold.
著者: Lorente Cobo, N. / Sibinelli-Sousa, S. / Biboy, J. / Vollmer, W. / Bayer-Santos, E. / Prehna, G.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tlde1a
C: HIS-HIS-HIS-HIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8997
ポリマ－20,4192
非ポリマー4805
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.381, 59.381, 105.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-468-

HOH

21A-518-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tlde1a / Murein L / D-transpeptidase / SciV protein


分子量: 19442.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct has a His-tag at the carboxy-terminus, but the tag interacts with the active site of a symmetry-related copy of the protein.
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sciV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: H9L4J5
#2: タンパク質・ペプチド HIS-HIS-HIS-HIS


分子量: 976.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: His-tag from a symmetry-related copy of the Tlde1a construct
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12mg/ml Tlde1a, 15% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41.99 Å / Num. obs: 25343 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 17.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1118 / CC1/2: 0.525 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: NaI derivative solved using SAD

解像度: 1.6→29.69 Å / SU ML: 0.1508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.0814
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1873 1227 4.85 %
Rwork0.165 24048 -
obs0.1661 25275 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1391 0 25 232 1648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93381984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0646195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5863525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.670.27871230.24072546X-RAY DIFFRACTION97.73
1.67-1.740.24211250.1852653X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.840.18021520.17192589X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.950.19821250.16612664X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.10.19331430.15582642X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.310.16021410.14952646X-RAY DIFFRACTION99.96
2.31-2.650.1811270.15912709X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.340.19151280.16262729X-RAY DIFFRACTION100
3.34-29.690.17981630.16522870X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.385670561393.628748711082.481661172747.365145114142.063398492495.734092247510.0591423863667-0.2915665787840.1590639230.0800056807193-0.05716341161310.129925237255-0.150566265892-0.06633182621670.00749879103660.08360482168960.01825956822240.02206938060630.129132544369-0.02507916167860.074808604219611.606926945724.401021662444.5610013578
22.195843910471.657692260371.12178181836.631874213912.468374144563.37975405741-0.0988765305189-0.0007797511618990.13810397776-0.2064804228260.03138648874750.328133259379-0.135442310313-0.1645924107330.07360793924720.05536034717820.0233677438313-0.0006348402157960.1228004872090.007181395564710.07119246866676.0973852529720.963639526537.7350866142
37.668764309120.805747820792-1.408970260428.140967471092.200716457372.164006399310.114651399112-0.0964690801861-0.6071189369510.0252850440215-0.0627328695507-0.03673315461090.145751778249-0.307425267303-0.09067490876150.105576066485-0.00941861998947-0.02314317447220.1030735498330.02604246051020.1587674787849.569595441829.2821061782236.8680372434
41.697204519940.875287799260.09502347263368.49810482017-5.981334294946.25759705109-0.0564810174860.2548944972970.01287696650010.141163721398-0.0711825656365-0.419476918764-0.3160910657820.4568706123120.1377975439820.101343376056-0.0431538747396-0.0008131237250610.18324265057-0.01215438765640.13180880955723.650679661424.014497341436.9796717471
59.47658011696.517205490866.028954026365.281831877695.076942310764.919805111130.1408819901551.26765272235-0.63218827704-0.5846507269840.281650691268-0.5898246320190.1540739282391.32358728378-0.2763016360190.5108469379390.003881894622370.02013770827540.65435993772-0.02784438029680.20338933460622.528407261721.181515084817.3136094509
63.238160152240.1267293226232.347820194711.79515079245-1.265287814385.48850582002-0.12377199960.7982772374840.0566611018917-0.3193329326830.142271312886-0.01974220016510.06100137780080.68193360180.03578929230810.173153298283-0.06141947247150.01759014793150.3146621099620.01659297288090.13042962615919.98256105824.818315962222.396325245
72.131717053410.7611711054551.55169302731.811823962922.540503076746.37425215032-0.171518770330.6581198199810.194366569041-0.5410445924170.113724157545-0.0739559215704-0.4782849634340.2650894652920.01672855275510.220151727508-0.06371948611280.00224130162570.2831742332130.05253829040190.1239798279811.762102173523.323597683618.9580062998
82.983378917260.01113852624871.119416761393.53876245816-1.365667568583.744380334610.08913481266410.0480148099177-0.502490874479-0.03324418333990.0631286209057-0.07762048934240.3268253080170.218950760821-0.1168331203020.09711861540160.0246905031665-0.002140860776230.114883091638-0.01172498454390.17227069130419.904163668914.290117210136.2594047229
95.270203208334.267463010962.852896141326.8354109523.349711979994.99319358466-0.1741872228160.09399954986810.309417576456-0.1873876777130.03221698094960.0175172430592-0.40177554280.05869898598420.1365660249490.108184494943-0.002723499245460.0009632937593440.1204734362310.02589300174630.099661532354512.025127722228.392334546933.3239508007
105.380944120982.523544540490.3404755389936.85034460385-0.6563777160222.601060486290.062071526796-0.1911627435360.441765622420.467675229621-0.122172119397-0.726527944873-0.6433121324670.479448174045-0.003305306411720.219541055008-0.0924922052856-0.02919538280150.241138277916-0.03109431552910.23769420744423.914654394631.164606942542.6029779094
117.8751859794-1.714455113522.513820017162.69744526232-2.908082073547.38223411395-0.0306215617002-0.4486159258890.2155147723530.1873598325840.04353213193630.118196480362-0.145200801743-0.341648579044-0.07019887283910.0990191901637-0.0119389413348-0.002635663136560.159789073728-0.04904628373860.1122004615632.6792323216719.610895197638.8103418479
124.89308932911-4.836504153982.899956332648.40284355399-5.582313410893.751775263620.746621404852.12566028701-0.00987343595999-1.64309316213-0.490560892486-0.0637158128661.440488615190.626106957509-0.207343751381.20080868222-0.09290580113330.01904304405860.731893774846-0.07129306517720.44699740598416.792235157613.582993532923.9465912387
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 15 )AA3 - 151 - 13
22chain 'A' and (resid 16 through 32 )AA16 - 3214 - 30
33chain 'A' and (resid 33 through 45 )AA33 - 4531 - 43
44chain 'A' and (resid 46 through 55 )AA46 - 5544 - 53
55chain 'A' and (resid 56 through 65 )AA56 - 6554 - 63
66chain 'A' and (resid 66 through 83 )AA66 - 8364 - 81
77chain 'A' and (resid 84 through 95 )AA84 - 9582 - 93
88chain 'A' and (resid 96 through 121 )AA96 - 12194 - 119
99chain 'A' and (resid 122 through 146 )AA122 - 146120 - 144
1010chain 'A' and (resid 147 through 159 )AA147 - 159145 - 157
1111chain 'A' and (resid 160 through 174 )AA160 - 174158 - 172
1212chain 'C' and (resid 301 through 304 )CG301 - 3041 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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