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- PDB-7uo8: Co-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uo8 | ||||||
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Title | Co-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex with D-methionine | ||||||
![]() |
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![]() | TOXIN / Type VI secretion system / Salmonella Typhimurium / L / D-carboxypeptidase / D-transpeptidase / peptidoglycan | ||||||
Function / homology | D-METHIONINE / DUF2778 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lorente Cobo, N. / Prehna, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular characterization of the type VI secretion system effector Tlde1a reveals a structurally altered LD-transpeptidase fold. Authors: Lorente Cobo, N. / Sibinelli-Sousa, S. / Biboy, J. / Vollmer, W. / Bayer-Santos, E. / Prehna, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7umaSC ![]() 7uo3C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 19440.834 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The construct has a His-tag at the carboxy-terminus, but the tag interacts with the active site of a symmetry-related copy of the protein Source: (gene. exp.) ![]() Gene: sciV / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 846.896 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His-tag from a symmetry-related copy of the Tlde1a construct Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-MED / |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 12mg/ml Tlde1a, 15% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulphate, Soaked with 161mM D-methionine for 2 mins 30 secs |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 22, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1806 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→42.05 Å / Num. obs: 26027 / % possible obs: 99.25 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Num. unique obs: 2538 / CC1/2: 0.961 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7UMA Resolution: 1.6→42.05 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.47 Å2 / Biso mean: 26.5887 Å2 / Biso min: 8.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→42.05 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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