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Yorodumi- PDB-7uo3: Co-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uo3 | ||||||
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Title | Co-crystal structure of Salmonella Typhimurium Tlde1a in complex with D-alanine | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / Type VI secretion system / Salmonella Typhimurium / L / D-carboxypeptidase / D-transpeptidase / peptidoglycan | ||||||
Function / homology | D-ALANINE / DUF2778 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Lorente Cobo, N. / Prehna, G. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Molecular characterization of the type VI secretion system effector Tlde1a reveals a structurally altered LD-transpeptidase fold. Authors: Lorente Cobo, N. / Sibinelli-Sousa, S. / Biboy, J. / Vollmer, W. / Bayer-Santos, E. / Prehna, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uo3.cif.gz | 121.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7uo3.ent.gz | 95.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uo3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uo3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7umaSC 7uo8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19442.916 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The construct has a His-tag at the carboxy-terminus, but the tag interacts with the active site of a symmetry-related copy of the protein Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: sciV / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Gold / References: UniProt: H9L4J5 | ||||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 976.010 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His-tag from a symmetry-related copy of the Tlde1a construct Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Gold | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 12mg/ml Tlde1a, 15% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulphate, Soaked with 300mM D-alanine for 2 mins |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 1.1806 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1806 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→42.53 Å / Num. obs: 18721 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.693 / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.343 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7UMA Resolution: 1.8→39.7 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 21.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.09 Å2 / Biso mean: 41.5694 Å2 / Biso min: 19.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→39.7 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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