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- PDB-7ulg: recombinant alpha cobra toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ulg
タイトルrecombinant alpha cobra toxin
要素Alpha-cobratoxin
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / recombinant / alpha neurotoxin / refolded
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Alpha-cobratoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Naja kaouthia (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM064642 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of recombinant alpha cobra toxin at 1.57 Angstroms
著者: Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-cobratoxin
B: Alpha-cobratoxin
C: Alpha-cobratoxin
D: Alpha-cobratoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1916
ポリマ－31,8934
非ポリマー2972
水7,458414
1
A: Alpha-cobratoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9731
ポリマ－7,9731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-cobratoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2122
ポリマ－7,9731
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha-cobratoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0322
ポリマ－7,9731
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha-cobratoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9731
ポリマ－7,9731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.969, 73.969, 110.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-268-

HOH

21B-294-

HOH

31B-297-

HOH

41C-271-

HOH

51C-300-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILELYSA2 - 13
d_12ens_1CYSLYSA15 - 50
d_13ens_1GLYTHRA52 - 68
d_21ens_1ILELYSB2 - 13
d_22ens_1CYSLYSB15 - 50
d_23ens_1GLYTHRB52 - 68
d_31ens_1ILELYSD2 - 13
d_32ens_1CYSLYSD15 - 50
d_33ens_1GLYTHRD52 - 68
d_41ens_1ILELYSF2 - 13
d_42ens_1CYSLYSF15 - 50
d_43ens_1GLYTHRF52 - 68

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.30498743346, 0.199776260879, -0.931167069339), (0.768389697127, 0.629257976894, -0.116669069868), (0.562636595664, -0.751081782567, -0.345421795947)67.5286489132, -17.516426776, 30.2020013094
2given(-0.0143579295649, -0.325332551403, -0.945490656144), (-0.938402406625, 0.330878413385, -0.0996011987648), (0.345245960293, 0.885820640171, -0.310043578144)68.2851863432, 51.5996465851, 1.11094787862
3given(-0.00574683401775, -0.939112549556, 0.343561629356), (-0.351386655288, 0.323553885109, 0.878544422278), (-0.936212792256, -0.115674122853, -0.331851028201)48.8630106735, 5.50827592641, 71.2615921554

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-cobratoxin / Alpha-CT / Alpha-CbT / Alpha-Cbtx / Alpha-Ctx / Alpha-elapitoxin-Nk2a / Alpha-EPTX-Nk2a / Long ...Alpha-CT / Alpha-CbT / Alpha-Cbtx / Alpha-Ctx / Alpha-elapitoxin-Nk2a / Alpha-EPTX-Nk2a / Long neurotoxin 1 / Siamensis 3


分子量: 7973.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja kaouthia (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01391
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC
Temp details: 18 degree centigrade

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00007 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→64.06 Å / Num. obs: 94685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 20.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.943 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.945 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NTN,4LFT, 6ZFM, 1HC9

1ntn

4lft

6zfm

1hc9


解像度: 1.57→41.91 Å / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 4799 5.07 %
Rwork0.1691 89873 -
obs0.1697 94672 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→41.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 19 414 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25922859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0136365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.623763
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.456157008963
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.298667814429
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.318846655331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.26391560.23612940X-RAY DIFFRACTION99.77
1.59-1.610.26061440.23983102X-RAY DIFFRACTION99.88
1.61-1.630.241400.22752955X-RAY DIFFRACTION99.97
1.63-1.650.23811280.22373063X-RAY DIFFRACTION99.84
1.65-1.670.21681500.20472932X-RAY DIFFRACTION99.9
1.67-1.690.21191600.1983031X-RAY DIFFRACTION99.91
1.69-1.720.20761800.19422978X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.740.19961300.1933007X-RAY DIFFRACTION99.97
1.74-1.770.2342060.20742960X-RAY DIFFRACTION99.97
1.77-1.80.21941480.19553013X-RAY DIFFRACTION99.91
1.8-1.830.20721440.18693052X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.860.16121470.18682989X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.19191760.17612994X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.17331760.17262975X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.980.181580.16452986X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.16061580.16442991X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.070.16011820.15672954X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.130.16371660.16243041X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.190.18851260.163014X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.260.16141680.1522959X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.350.19231580.1643031X-RAY DIFFRACTION99.97
2.35-2.440.17971300.16783017X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.550.17611610.16983036X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.680.18911790.16522965X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.850.20461660.17853024X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.070.17281670.15622993X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.380.15361620.15622974X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.870.18551730.16122999X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.880.16471590.14652989X-RAY DIFFRACTION99.9
4.88-41.910.18252010.18722909X-RAY DIFFRACTION97.55

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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