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- PDB-7ukw: EGFR(T790M/V948R) in complex with Lazertinib (YH25448) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ukw
タイトルEGFR(T790M/V948R) in complex with Lazertinib (YH25448)
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / Cancer / Drug Design / EGFR / Signal Transduction / Targeted Therapy
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZRT / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pham, C.D. / Heppner, D.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Mutant EGFR with Lazertinib (YH25448).
著者: Heppner, D.E. / Wittlinger, F. / Beyett, T.S. / Shaurova, T. / Urul, D.A. / Buckley, B. / Pham, C.D. / Schaeffner, I.K. / Yang, B. / Ogboo, B.C. / May, E.W. / Schaefer, E.M. / Eck, M.J. / ...著者: Heppner, D.E. / Wittlinger, F. / Beyett, T.S. / Shaurova, T. / Urul, D.A. / Buckley, B. / Pham, C.D. / Schaeffner, I.K. / Yang, B. / Ogboo, B.C. / May, E.W. / Schaefer, E.M. / Eck, M.J. / Laufer, S.A. / Hershberger, P.A.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Epidermal growth factor receptor
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,0316
ポリマ－149,9174
非ポリマー1,1132
水2,378132
1
D: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5153
ポリマ－74,9592
非ポリマー5571
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
2
A: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5153
ポリマ－74,9592
非ポリマー5571
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.048, 101.796, 87.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37479.367 Da / 分子数: 4 / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZRT / N-[5-{[(4P)-4-{4-[(dimethylamino)methyl]-3-phenyl-1H-pyrazol-1-yl}pyrimidin-2-yl]amino}-4-methoxy-2-(morpholin-4-yl)phenyl]propanamide / lazertinib, bound form


分子量: 556.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H36N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→65.35 Å / Num. obs: 37527 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 41.47 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 141225 / Scaling rejects: 326
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.59-2.70.7051626343210.8180.4010.8141.893.8
8.97-65.350.10536319540.9850.0590.1218.799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WXN

6wxn


解像度: 2.6→65.35 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1992 5.33 %
Rwork0.1947 35381 -
obs0.1977 37373 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.76 Å2 / Biso mean: 44.6777 Å2 / Biso min: 14.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→65.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9504 0 82 132 9718
Biso mean--43.68 43.08 -
残基数----1185
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.670.31321390.238247499
2.67-2.740.31081430.23462554100
2.74-2.820.28691430.23412508100
2.82-2.910.30821410.22972513100
2.91-3.010.32431400.23242495100
3.01-3.130.34161400.23232510100
3.13-3.280.26751430.20542537100
3.28-3.450.27351420.21322526100
3.45-3.660.25611430.19962531100
3.66-3.950.23041420.16552536100
3.95-4.340.21251420.15852523100
4.34-4.970.20431440.15982540100
4.97-6.260.23791440.18822557100
6.27-65.350.2021460.1956257799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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