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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ukp | ||||||
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タイトル | Integrin alpha IIB beta3 complex with a gantofiban analog | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION/INHIBITOR / Complex / Inhibitor / BLOOD CLOTTING / CELL ADHESION / CELL ADHESION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / glycinergic synapse / angiogenesis involved in wound healing / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / cell-substrate junction assembly / filopodium membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of bone resorption / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / Molecules associated with elastic fibres / smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / cell adhesion mediated by integrin / microvillus membrane / negative chemotaxis / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / activation of protein kinase activity / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / protein disulfide isomerase activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / lamellipodium membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / fibronectin binding / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / ruffle membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80112979054 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, F.-Y. / Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: A general chemical principle for creating closure-stabilizing integrin inhibitors. 著者: Lin, F.Y. / Li, J. / Xie, Y. / Zhu, J. / Huong Nguyen, T.T. / Zhang, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ukp.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ukp.ent.gz | 899 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ukp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ukp_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ukp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ukp_validation.xml.gz | 105.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ukp_validation.cif.gz | 137.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7l8pC 7tctC 7td8C 7thoC 7tmzC 7tpdC 7u60C 7u9fC 7u9vC 7ubrC 7ucyC 7udgC 7udhC 7ue0C 7ufhC 7uh8C 7ujeC 7ujkC 7uk9C 7ukoC 7uktC 3t3pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B, GP2B, ITGAB 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08514 #2: タンパク質 | 分子量: 52087.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 27-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P05106 |
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-抗体 , 2種, 4分子 EHFL
#3: 抗体 | 分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 抗体 | 分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-糖 , 4種, 6分子
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#6: 多糖 | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | |
-非ポリマー , 6種, 349分子
#8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | ChemComp-CA / #10: 化合物 | ChemComp-MN / #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-CL / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 96001 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 86.0179738794 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 14555 / CC1/2: 0.112 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3T3P 解像度: 2.80112979054→48.2519232278 Å / SU ML: 0.472994803202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32632618099 / 位相誤差: 29.7782149905 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 111.471628379 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.80112979054→48.2519232278 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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