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- PDB-7u60: Integrin alpha IIB beta3 complex with cRGDfV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u60
タイトルIntegrin alpha IIB beta3 complex with cRGDfV
要素
  • ARG-GLY-ASP-DPN-VAL
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Integrin alpha-IIb
  • Integrin beta-3
キーワードCELL ADHESION/INHIBITOR / Complex / Inhibitor / BLOOD CLOTTING / CELL ADHESION / CELL ADHESION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / glycinergic synapse / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / : / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / angiogenesis involved in wound healing / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of bone resorption / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / Syndecan interactions / microvillus membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of smooth muscle cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of osteoblast proliferation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / lamellipodium membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / embryo implantation / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cell-cell adhesion / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / platelet aggregation / ruffle membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhu, J. / Lin, F.Y. / Zhu, J. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL-103526 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: A general chemical principle for creating closure-stabilizing integrin inhibitors.
著者: Lin, F.Y. / Li, J. / Xie, Y. / Zhu, J. / Huong Nguyen, T.T. / Zhang, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
C: Integrin alpha-IIb
D: Integrin beta-3
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
M: ARG-GLY-ASP-DPN-VAL
N: ARG-GLY-ASP-DPN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,38449
ポリマ－297,16410
非ポリマー5,22039
水20,7891154
1
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
M: ARG-GLY-ASP-DPN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,61529
ポリマ－148,5825
非ポリマー3,03324
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Integrin alpha-IIb
D: Integrin beta-3
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain
N: ARG-GLY-ASP-DPN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,77020
ポリマ－148,5825
非ポリマー2,18815
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)260.890, 145.770, 105.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin alpha-IIb / GPalpha IIb / GPIIb / Platelet membrane glycoprotein IIb


分子量: 49357.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-486 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B, GP2B, ITGAB
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 51958.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 MN

#5: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-ASP-DPN-VAL


分子量: 593.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23339.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab light chain


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 3種, 6分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1187分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11-13% PEG 8000, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 129549 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 18165 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NIG

3nig


解像度: 2.55→48.6 Å / SU ML: 0.3305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.904
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1023 0.79 %
Rwork0.1884 128501 -
obs0.1887 129524 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20713 0 386 1154 22253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002521666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.593529484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04433284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00423822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.82967867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.680.28541420.251518165X-RAY DIFFRACTION98.67
2.68-2.850.30221430.236718162X-RAY DIFFRACTION98.72
2.85-3.070.24081590.221718183X-RAY DIFFRACTION98.81
3.07-3.380.26061320.201918196X-RAY DIFFRACTION98.44
3.38-3.870.21791610.185618251X-RAY DIFFRACTION98.52
3.87-4.880.20631290.159218470X-RAY DIFFRACTION98.79
4.88-48.60.18741570.16519074X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.764072424513-0.0323760670491-0.2575111863441.184084588320.5921315797571.19035207053-0.00690870961268-0.0302241872634-0.022040193120.116948699085-0.04237339715440.1037221673140.133131258938-0.1366965656160.0120319169120.2798499686790.006477628867530.07204947992480.1050800045090.06217978070490.19417555941251.41590.9254.408
21.898757349820.159573421193-0.3665071867310.822521012481-0.340438869541.91981683515-0.107131342248-0.0374681703396-0.17997347069-0.139300224026-0.00865400335328-0.1911777639840.2930757623440.4786811003940.1021642882220.3360829853580.05950271295080.1114458266620.362187099201-0.003245563416250.26128682019185.00686.845118.402
34.39564284642-2.61731922856-1.378563492632.57772956551-0.2523123375621.55578911692-0.3249330696770.243460755559-0.7396425423830.06717080921310.173672344288-0.9576364957650.6305477958771.233458152190.461814338230.8134582437530.3564241321910.006419098776842.09580469907-0.3372389787321.36736268284124.15289.01135.104
44.98254338832-0.994068459089-2.567541949722.947065038442.631502749116.18004448631-0.013671014814-0.05217686710680.4156825807180.1315517740190.374873925986-0.2377241712310.3254818969681.0227279337-0.3437243542070.3856923244790.0933682719258-0.06780311904270.838188232501-0.1578414074540.784472821788101.877108.15852.958
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68.43829733326-0.968658843656-2.013136995283.91035659615-0.2155482563545.258864944510.5137571672860.2314937946780.246467998968-0.754602459544-0.0570349591454-0.833336201588-0.2322197826440.248471963371-0.5111537958330.7938454517050.29688421160.1064772664281.85530526603-0.07172850763440.980147823622116.63689.23719.391
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203.574678992191.13750557784-1.185800300973.361502947810.9099766605744.0589089734-0.06200273536960.3760757181480.130641633486-0.993837565019-0.0281340623348-0.71261702533-0.1045602325091.2642431120.01153585724661.012728983920.2836904482110.4097266659841.804207062170.4385482197761.37597678527155.39999.18280.848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:454 OR RESID 501:504 ) )A1 - 454
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:454 OR RESID 501:504 ) )A501 - 504
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 1:453 OR RESID 501:504 ) )C1 - 453
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 1:453 OR RESID 501:504 ) )C501 - 504
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 3:57 )B3 - 57
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 58:107 OR RESID 354:432 ) )B58 - 107
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 58:107 OR RESID 354:432 ) )B354 - 432
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 109:352 OR RESID 2001:2003 ) )B109 - 352
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 109:352 OR RESID 2001:2003 ) )B2001 - 2003
10X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 433:466 )B433 - 466
11X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN M AND RESID 1:5 )M1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 3:57 )D3 - 57
13X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND ( RESID 58:107 OR RESID 354:432 ) )D58 - 107
14X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND ( RESID 58:107 OR RESID 354:432 ) )D354 - 432
15X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND ( RESID 109:352 OR RESID 2001:2003 ) )D109 - 352
16X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND ( RESID 109:352 OR RESID 2001:2003 ) )D2001 - 2003
17X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN D AND RESID 433:471 )D433 - 471
18X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN N AND RESID 1:5 )N1 - 5
19X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 1:119 )H1 - 119
20X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 120:219 )H120 - 219
21X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
22X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 109:214 )L109 - 214
23X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 1:119 )E1 - 119
24X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 120:219 )E120 - 219
25X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN F AND RESID 1:108 )F1 - 108
26X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 109:214 )F109 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る