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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u60 | ||||||
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Title | Integrin alaphIIBbeta3 complex with cRGDfV | ||||||
![]() |
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![]() | CELL ADHESION/INHIBITOR / Complex / Inhibitor / BLOOD CLOTTING / CELL ADHESION / CELL ADHESION-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J. / Lin, F.Y. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A general chemical principle for creating closure-stabilizing integrin inhibitors. Authors: Lin, F.Y. / Li, J. / Xie, Y. / Zhu, J. / Huong Nguyen, T.T. / Zhang, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 104.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 148.8 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7l8pC ![]() 7tctC ![]() 7td8C ![]() 7thoC ![]() 7tmzC ![]() 7tpdC ![]() 7u9fC ![]() 7u9vC ![]() 7ubrC ![]() 7ucyC ![]() 7udgC ![]() 7udhC ![]() 7ue0C ![]() 7ufhC ![]() 7uh8C ![]() 7ujeC ![]() 7ujkC ![]() 7uk9C ![]() 7ukoC ![]() 7ukpC ![]() 7uktC ![]() 3nigS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 49357.805 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 32-486 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 51958.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules MN
#5: Protein/peptide | Mass: 593.653 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules EHFL
#3: Antibody | Mass: 23339.062 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #4: Antibody | Mass: 23332.686 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #12: Sugar | |
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-Non-polymers , 5 types, 1187 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-GOL / #10: Chemical | ChemComp-SO4 / #11: Chemical | ChemComp-MN / #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 11-13% PEG 8000, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 129549 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 18165 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3NIG Resolution: 2.55→48.6 Å / SU ML: 0.3305 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 22.904 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→48.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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