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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ukt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Integrin alpha IIB beta3 complex with BMS4.2 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION/INHIBITOR / Complex / Inhibitor / BLOOD CLOTTING / CELL ADHESION / CELL ADHESION-INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / positive regulation of smooth muscle cell migration / heterotypic cell-cell adhesion / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / negative chemotaxis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / Syndecan interactions / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / protein disulfide isomerase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / embryo implantation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cell-cell adhesion / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / cellular response to xenobiotic stimulus / integrin binding / positive regulation of fibroblast proliferation Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.36994437552 Å | ||||||
Authors | Lin, F.-Y. / Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2022Title: A general chemical principle for creating closure-stabilizing integrin inhibitors. Authors: Lin, F.Y. / Li, J. / Xie, Y. / Zhu, J. / Huong Nguyen, T.T. / Zhang, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 7ukt.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ukt.ent.gz | 918.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ukt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ukt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ukt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 7ukt_validation.xml.gz | 115.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ukt_validation.cif.gz | 155.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7l8pC ![]() 7tctC ![]() 7td8C ![]() 7thoC ![]() 7tmzC ![]() 7tpdC ![]() 7u60C ![]() 7u9fC ![]() 7u9vC ![]() 7ubrC ![]() 7ucyC ![]() 7udgC ![]() 7udhC ![]() 7ue0C ![]() 7ufhC ![]() 7uh8C ![]() 7ujeC ![]() 7ujkC ![]() 7uk9C ![]() 7ukoC ![]() 7ukpC ![]() 3t3pS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 49515.965 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 32-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ITGA2B, GP2B, ITGAB / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 52087.902 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP Residues 27-498 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ITGB3, GP3A / Production host: ![]() |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules EHFL
| #3: Antibody | Mass: 23766.473 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Antibody | Mass: 23332.686 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Sugars , 4 types, 6 molecules 
| #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| #6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Sugar | |
-Non-polymers , 6 types, 1089 molecules 










| #8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Chemical | ChemComp-CA / #10: Chemical | ChemComp-MN / #12: Chemical | #13: Chemical | #14: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 62.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.9 Details: 11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.36994437552→50 Å / Num. obs: 303038 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 66.5804951144 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.04 |
| Reflection shell | Resolution: 2.37→2.43 Å / Num. unique obs: 11727 / CC1/2: 0.115 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3T3P Resolution: 2.36994437552→49.036799364 Å / SU ML: 0.464094466934 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.913266545429 / Phase error: 30.336600776 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 103.904154425 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36994437552→49.036799364 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi




Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation





















PDBj















