+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uja | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / RSV / RSVF / pre-fusion | ||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Lees, J.A. / Ammirati, M. / Han, S. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rational design of a highly immunogenic prefusion-stabilized F glycoprotein antigen for a respiratory syncytial virus vaccine. 著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / ...著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / Joshua A Lees / Wei Chen / Lyndsey Martinez / Vidia Roopchand / Seungil Han / Xiayang Qiu / John P DeVincenzo / Kathrin U Jansen / Philip R Dormitzer / Kena A Swanson / ![]() 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently available. The RSV fusion (F) glycoprotein is a key antigen for vaccine development, and its prefusion conformation is the target of the most potent neutralizing antibodies. Here, we describe a computational and experimental strategy for designing immunogens that enhance the conformational stability and immunogenicity of RSV prefusion F. We obtained an optimized vaccine antigen after screening nearly 400 engineered F constructs. Through in vitro and in vivo characterization studies, we identified F constructs that are more stable in the prefusion conformation and elicit ~10-fold higher serum-neutralizing titers in cotton rats than DS-Cav1. The stabilizing mutations of the lead construct (847) were introduced onto F glycoprotein backbones of strains representing the dominant circulating genotypes of the two major RSV subgroups, A and B. Immunization of cotton rats with a bivalent vaccine formulation of these antigens conferred complete protection against RSV challenge, with no evidence of disease enhancement. The resulting bivalent RSV prefusion F investigational vaccine has recently been shown to be efficacious against RSV disease in two pivotal phase 3 efficacy trials, one for passive protection of infants by immunization of pregnant women and the second for active protection of older adults by direct immunization. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 383.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 123.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26562MC ![]() 7uj3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RSV variant (construct pXCS847A) ... , 2種, 6分子 ACKPQR
#1: タンパク質 | 分子量: 45025.391 Da / 分子数: 3 / 変異: I145S, S187I, D483S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0A7D5GVC1 #6: タンパク質 | 分子量: 12109.954 Da / 分子数: 3 / 変異: A100C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0A7D5GVC1 |
---|
-抗体 , 4種, 12分子 BGLDHMEINFJO
#2: 抗体 | 分子量: 26231.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23972.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 25989.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 抗体 | 分子量: 23273.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|
-糖 , 1種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#7: 糖 |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 20 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 420325 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183713 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|