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万見
- PDB-7uig: Mediator-PIC Early (Mediator A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uig
タイトルMediator-PIC Early (Mediator A)
要素
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 16
  • DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
キーワードTRANSCRIPTION / Divergent transcription / Mediator / RNA Polymerase II / PIC / Pre-Initiation / Activation / Transcription Factor / Gal4 / Gal4VP16
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / mediator complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex ...meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / mediator complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / TFIID-class transcription factor complex binding / Estrogen-dependent gene expression / TFIIB-class transcription factor binding / Dual incision in TC-NER / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / translesion synthesis / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription corepressor activity / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 ...Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / : / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med20 / Mediator complex, subunit Med14 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gorbea Colon, J.J. / Chen, S.-F. / Tsai, K.L. / Murakami, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233-01 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter.
著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
d: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
f: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
g: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
h: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
i: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
j: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
k: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
n: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
r: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
s: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
t: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
u: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
v: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
w: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
z: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)749,71217
ポリマ－749,71217
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 16種, 16分子 adfghijknqrstuvw

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator complex subunit 1


分子量: 64314.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12321
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator complex subunit 4


分子量: 32244.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12343
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6


分子量: 32844.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38782
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator complex subunit 7


分子量: 25616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08278
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8


分子量: 25297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38304
#6: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / Chromosome segregation protein 2 / Mediator complex subunit 9


分子量: 17400.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33308
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator complex subunit 10 / Negative regulator of URS2 protein 2


分子量: 17927.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06213
#8: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 13324.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99278
#9: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Glucose repression regulatory protein 1 / Mediator complex subunit 14


分子量: 123500.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19263
#10: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4


分子量: 78582.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32569
#11: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18 / Suppressor of RNA polymerase B 5


分子量: 34316.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32585
#12: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Hypoxic gene repressor protein 3 / Mediator complex subunit 19 / Negative regulator of URS2 protein ...Hypoxic gene repressor protein 3 / Mediator complex subunit 19 / Negative regulator of URS2 protein 3 / SNF1 suppressor protein 7


分子量: 24885.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25046
#13: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hyper-recombination suppressor protein 2 / Mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2


分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34162
#14: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator complex subunit 21 / RNAPII complex component SRB7 / Suppressor of RNA polymerase B 7


分子量: 16093.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47822
#15: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6


分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32570
#16: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Hpr1 suppressor protein 1 / Mediator complex subunit 31


分子量: 14747.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38633

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タンパク質 , 1種, 1分子 z

#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Core Mediator-PICearly (Copy A) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
180 mMPotassium acetateKOAc1
220 mMHEPESHEPES1
35 mMDithiothreitolDTT1
42 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 倍率（補正後）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 40900

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 341314 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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