PDB-7ui1: Pfs230 D1D2 domain in complex with 230AL-37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ui1

タイトル

Pfs230 D1D2 domain in complex with 230AL-37

要素

230AL-37
Gametocyte surface protein P230

キーワード

CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking

機能・相同性

6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Tang, W.K. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2022年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ui1_validation.pdf.gz	497.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ui1_full_validation.pdf.gz	527.3 KB	表示
XML形式データ	7ui1_validation.xml.gz	70.9 KB	表示
CIF形式データ	7ui1_validation.cif.gz	95.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u9eC 7u9wC 7ua2C 7ua8C 7ubsC 7uc8C 7ucqC 7ufwC 7jumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gametocyte surface protein P230

H: 230AL-37

B: Gametocyte surface protein P230

I: 230AL-37

C: Gametocyte surface protein P230

J: 230AL-37

D: Gametocyte surface protein P230

K: 230AL-37

ヘテロ分子

274 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Gametocyte surface protein P230

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.8 kDa, 1 ポリマー
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2

H: 230AL-37

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Gametocyte surface protein P230

I: 230AL-37

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Gametocyte surface protein P230

J: 230AL-37

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
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5

D: Gametocyte surface protein P230

K: 230AL-37

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.580, 155.140, 375.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	chain "C"
d_4	ens_1	chain "D"
d_1	ens_2	chain "H"
d_2	ens_2	chain "I"
d_3	ens_2	chain "J"
d_4	ens_2	chain "K"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	GLY	A	1 - 308
d_2	1	ens_1	ASP	GLY	C	1 - 308
d_3	1	ens_1	ASP	GLY	E	1 - 308
d_4	1	ens_1	ASP	GLY	G	1 - 308
d_1	1	ens_2	GLN	LYS	B	1 - 227
d_2	1	ens_2	GLN	LYS	D	1 - 227
d_3	1	ens_2	GLN	LYS	F	1 - 227
d_4	1	ens_2	GLN	LYS	H	1 - 227

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999603612699, 0.0230629594252, 0.0161467452205), (-0.0228687890103, -0.99966514551, 0.0121084821927), (0.0164205958438, 0.0117344260344, 0.999796312895)	3.37862202545, -158.901129554, 1.79766392546
2	given	(0.946641733384, -0.216576903133, -0.23867105741), (0.187741716872, 0.972499404618, -0.137833072093), (0.261958921134, 0.0856700241977, 0.961269041732)	25.2684313968, -71.4023138581, 9.96737462006
3	given	(-0.974637700808, 0.221592397848, -0.0312755715954), (-0.219830116586, -0.97417169827, -0.0516161034072), (-0.041905512817, -0.0434316877994, 0.998177146848)	-2.69726578108, -231.486434405, -2.90837866877
4	given	(-0.999894932678, 0.0144956223343, -2.32029131386E-5), (-0.0144862746509, -0.999190045034, 0.0375419998246), (0.000521010531309, 0.037538391511, 0.999295050378)	3.76099786983, -160.325462186, 2.85455417329
5	given	(0.967368930765, -0.172094973989, -0.185958790376), (0.150141453193, 0.980550817304, -0.126402684772), (0.204095310636, 0.0943579069927, 0.974392985178)	24.4862259956, -71.9104791701, 8.96174022712
6	given	(-0.976294459853, 0.182291528194, -0.11670015599), (-0.174146290983, -0.981733071, -0.0766371100806), (-0.128538698439, -0.054497486668, 0.990205951785)	0.583815854186, -229.959004478, -3.72821154891

#1: タンパク質	Gametocyte surface protein P230 分子量: 40738.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体	230AL-37 分子量: 27582.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→19.89 Å / Num. obs: 44493 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 65.24 Å² / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.54
反射シェル	解像度: 3.3→3.39 Å / Num. unique obs: 3161 / CC_1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum

解像度: 3.3→19.89 Å / SU ML: 0.4484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7258
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2995	1716	4.97 %
R_work	0.2639	32811	-
obs	0.2657	34527	77.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17060	0	25	0	17085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	17444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5883	23594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0473	2604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	2988
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.014	2316

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.22466359432
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.976399830654
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.04925273096
ens_2	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.671525493137
ens_2	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.820673939944
ens_2	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.787584624185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.4	0.3691	37	0.3467	630	X-RAY DIFFRACTION	18.58
3.4-3.51	0.3784	71	0.3245	1319	X-RAY DIFFRACTION	38.03
3.51-3.63	0.3288	78	0.3188	1717	X-RAY DIFFRACTION	49.25
3.63-3.78	0.361	114	0.3131	2177	X-RAY DIFFRACTION	61.59
3.78-3.95	0.308	136	0.3122	2548	X-RAY DIFFRACTION	73.92
3.95-4.15	0.2918	157	0.2973	3061	X-RAY DIFFRACTION	86.2
4.15-4.41	0.3056	181	0.2638	3446	X-RAY DIFFRACTION	98.35
4.41-4.75	0.2814	185	0.2327	3512	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.75-5.22	0.2679	183	0.23	3484	X-RAY DIFFRACTION	98.18
5.22-5.95	0.2815	189	0.2532	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.6
5.95-7.43	0.3094	189	0.2791	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.69
7.43-19.89	0.2986	196	0.2383	3726	X-RAY DIFFRACTION	98.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.96944279946	1.11238897041	0.814454646447	0.517002687056	0.811714973123	4.46608304868	0.214959575179	0.41615875455	-0.370804299166	-0.918609487637	-0.440123913754	0.75247924918	0.533838872965	-0.872398738561	0.250733353494	1.30865492042	-0.0477103476547	-0.366051870726	0.773645831911	-0.218390292916	0.650330753159	-16.7491297895	-59.0764448806	44.419236751
2	3.09738145905	0.27585053921	-0.531942733725	1.63507437629	1.49611269064	1.71863812185	-0.0357072538825	1.88896734084	-0.474642615921	-1.52698002706	-0.370854363207	1.01424258723	-0.270497758603	-1.82017663832	0.464886514403	2.4825621988	-0.258642554855	-0.466994412732	2.20676009483	-0.332797875047	1.19369087604	-25.5884255546	-62.3827499407	13.2777166318
3	7.85711544925	-2.6910135459	-2.11229998733	2.85080705396	0.988354090455	4.21211899408	0.566051364406	0.63691238772	0.693540817435	0.433939794039	-0.473202820215	0.0339671981111	0.649721429594	-3.01445667509	-0.0123597540426	2.12560851108	0.202972057593	-0.41033840399	2.35569999041	-0.303594558833	1.15021131838	-27.8746810465	-50.4985049367	13.6404383123
4	1.85925560996	0.357601134037	0.835343425899	0.44480150214	0.103829907258	2.13056605349	-0.129251809006	0.31487354242	0.162576578481	-0.117806270649	0.0263226947089	-0.235707382488	-0.0889537771357	0.47070773884	-0.249140229017	0.218392569097	-0.422699217558	0.0805172497322	1.18414951871	-0.418966140783	0.884438086052	10.8642124472	-44.2310554468	76.450455238
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精密化 TLSグループ

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24	24	chain 'J' and (resid 61 through 76 )	J	F	61 - 76	61 - 76
25	25	chain 'J' and (resid 77 through 91 )	J	F	77 - 91	77 - 91
26	26	chain 'J' and (resid 92 through 146 )	J	F	92 - 146	92 - 126
27	27	chain 'J' and (resid 147 through 164 )	J	F	147 - 164	127 - 144
28	28	chain 'J' and (resid 165 through 229 )	J	F	165 - 229	145 - 209
29	29	chain 'J' and (resid 230 through 247 )	J	F	230 - 247	210 - 227
30	30	chain 'D' and (resid 555 through 607 )	D	G	555 - 607	1 - 53
31	31	chain 'D' and (resid 608 through 761 )	D	G	608 - 761	54 - 188
32	32	chain 'D' and (resid 762 through 782 )	D	G	762 - 782	189 - 209
33	33	chain 'D' and (resid 783 through 819 )	D	G	783 - 819	210 - 246
34	34	chain 'D' and (resid 820 through 857 )	D	G	820 - 857	247 - 284
35	35	chain 'D' and (resid 858 through 887 )	D	G	858 - 887	285 - 308
36	36	chain 'K' and (resid 1 through 25 )	K	H	1 - 25	1 - 25
37	37	chain 'K' and (resid 26 through 44 )	K	H	26 - 44	26 - 44
38	38	chain 'K' and (resid 45 through 76 )	K	H	45 - 76	45 - 76
39	39	chain 'K' and (resid 77 through 91 )	K	H	77 - 91	77 - 91
40	40	chain 'K' and (resid 92 through 148 )	K	H	92 - 148	92 - 128
41	41	chain 'K' and (resid 149 through 177 )	K	H	149 - 177	129 - 157
42	42	chain 'K' and (resid 178 through 214 )	K	H	178 - 214	158 - 194
43	43	chain 'K' and (resid 215 through 247 )	K	H	215 - 247	195 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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