PDB-7u9w: Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-88

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u9w

タイトル

Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-88

要素

230AS-88
Gametocyte surface protein P230

キーワード

CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking

機能・相同性

機能・相同性情報

cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Tang, W.K. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2022年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7u9w.ent.gz	196.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	7u9w_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u9eC 7ua2C 7ua8C 7ubsC 7uc8C 7ucqC 7ufwC 7ui1C 7jumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gametocyte surface protein P230

H: 230AS-88

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.800, 129.820, 73.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-303- HOH

#1: タンパク質	Gametocyte surface protein P230 分子量: 21468.346 Da / 分子数: 1 / 変異: N585Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体	230AS-88 分子量: 27223.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 1.0 M lithium chloride, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→19.56 Å / Num. obs: 13052 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 70.98 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.08
反射シェル	解像度: 2.79→2.87 Å / Num. unique obs: 936 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum

解像度: 2.79→19.56 Å / SU ML: 0.3707 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1174
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	653	5.01 %
R_work	0.224	12377	-
obs	0.2256	13030	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→19.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3121	0	0	9	3130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5393	4315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6954	1176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-3.01	0.362	127	0.2953	2413	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.01-3.31	0.2873	129	0.2759	2447	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.31-3.79	0.312	130	0.2566	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.79-4.76	0.2233	130	0.2072	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.76-19.56	0.2294	137	0.1968	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.45563198179	0.897733028784	1.4271173552	7.30143490659	4.41905446725	2.90870514704	-0.312690632342	-2.11463136169	-1.24828138809	1.66442580567	0.258398858509	1.60629128637	1.10966350502	-1.68520717526	0.0235447780426	1.255057178	-0.184482903893	0.232814666149	2.06731427369	-0.055435975382	1.58952003112	4.47436524391	17.9502044751	40.1299543595
2	4.20944695775	-3.07452071992	1.71263848878	2.71734993143	-2.14932179918	3.10200735857	-0.309116688824	-1.24457011484	1.14758604321	1.10297855935	0.291638398899	-1.05900245818	-0.298073254285	-0.0139557168437	-0.0167705642026	0.616217305603	0.0612337952918	-0.00489259030744	1.19972218165	-0.263555327626	1.09825234061	12.1602704977	30.6237570424	37.6589243031
3	8.74082592518	-5.44992097977	1.22495071774	6.0598005451	-0.398740593055	3.68486749074	-0.0789893164061	-0.178867030063	0.00459629228575	0.0125546411924	0.0866509488881	0.146443772498	0.169662196583	0.0833171527715	-0.0730477606797	0.297843977092	-0.0111174917444	0.0614506106291	0.813064519579	-0.104767768343	0.895019199393	8.52821269167	24.1421112556	28.9185545007
4	6.91719890815	-3.66577373694	-0.508380336675	3.75507569416	0.00301176283505	4.00151436573	-0.191170290129	-0.669274153443	-0.485670000371	0.648392027496	0.281430589741	1.63184282766	-0.462657587303	-0.419088955435	-0.177794549003	0.316090982314	0.209540349689	0.0973812200404	1.28674805584	-0.213851633053	1.16477054629	0.326090766867	33.120252328	35.9897296425
5	1.06978302652	-0.748620060217	0.195139172769	4.12435283585	-0.0861983359737	2.51293896295	-0.371686664938	-1.09718041916	0.0600960199815	-0.347882217853	0.884784709724	0.0927273216985	-0.157297462248	-0.230819879653	-0.475695192671	0.350184830854	-0.0771290428875	-0.271586426118	0.991289798256	-0.0359713651993	1.35940130542	50.2234571819	18.1508211794	23.3239161412
6	4.24957221427	0.138792822995	0.709736410351	1.34424090891	-0.57317101117	2.52479637385	-0.0534349756283	-0.897746113071	0.702497675529	0.234403622113	0.150372912899	-0.337392700936	-0.60338765983	0.0162874119851	0.107174769464	0.231193112873	0.00657408866866	-0.110413441763	0.975601670457	-0.189734256493	1.1089476401	39.0419431187	18.9542142532	27.5361524389
7	4.68081544347	0.573632417246	0.04632715015	2.26442901587	-0.381398259449	1.15160308365	0.130730032019	-0.50892060057	0.119330705431	0.113850507541	-0.0744675707849	-0.146176422791	-0.00542854388154	0.0186688161659	0.207233088524	0.231834486023	-0.0697937488321	-0.239734388235	1.01543078086	-0.146269250929	1.30056399191	43.5732191259	18.188113801	32.632365099
8	5.93295869039	-0.751193366007	0.810099718089	3.82934125831	-0.119556244087	3.4843685836	0.0970468698489	-0.372331902299	0.234526515783	0.551884195588	-0.338505611802	-0.388707267383	-0.0309702616033	0.143199458172	-0.0837313757434	0.298812467541	-0.0814366623401	-0.129161887351	0.870072206298	-0.157846855274	1.02960187248	46.0431034685	10.9578921431	25.2872396975
9	4.50700959388	0.0860005141175	-0.137062814145	1.63753299501	0.361134384948	2.11556286488	-0.051207348156	-0.37933630781	0.301205479408	0.27739165367	-0.0377057687329	0.169606139958	0.0225584524791	-0.101470815017	0.111919185988	0.103195277938	0.00953921390864	0.014220194557	0.806344155435	-0.101920872193	1.04798970485	35.2870655377	12.4624452249	19.5908745528
10	1.22809122485	0.679013576816	-0.332339123271	0.412675993639	-0.333634398398	0.814555733881	-0.0254376594006	0.230303654659	-0.478338686794	-0.0969874797171	0.0112902691643	-0.0723713440009	0.214703461944	-0.0758123239256	0.0735839847401	0.119368117958	0.045416938712	-0.0197820767514	0.947278024981	-0.157877304667	1.22931749099	27.7818697656	6.87503151837	8.74414310559
11	3.72769506973	-0.952442375819	1.9924246206	0.451879547753	0.159027445284	3.22797835914	0.315014810532	0.215764038318	0.263595471067	-0.204261533514	0.00892384573296	0.0697333880161	-0.241251008563	-0.0857383703602	-0.102465426876	0.267695852938	-0.0408547681833	-0.0214859330833	0.887463956846	-0.160739265088	1.12704889089	26.7454590932	13.9856766947	8.15398727511
12	2.50013700952	-2.38806749264	-1.25768722428	2.27567839005	1.18252310194	2.31591708526	0.317660753931	0.843901100588	-0.0683956790118	-0.525540976588	-0.00761519845449	-0.660082188837	-0.50605792649	0.234231426438	0.104207762788	0.302657431555	-0.17788261978	-0.0957833271169	0.765209226995	-0.100164888733	0.930419280469	32.8036191535	11.6943726736	4.32540374687
13	0.169728728458	0.0194886933293	-0.691239263344	0.247689112655	-0.032085030961	2.7858294448	-0.172440851787	0.139273459266	-0.520868710622	-0.0592450559987	-0.122619812106	-0.231543090143	0.241333805736	0.822294447035	0.32770833178	0.164595528847	0.0694020881837	-0.0381836920251	0.77961492598	-0.173056915388	0.895821636865	33.178310063	7.22294892629	13.6633602245

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 562 through 583 )	A	A	562 - 583	1 - 22
2	2	chain 'A' and (resid 584 through 625 )	A	A	584 - 625	23 - 64
3	3	chain 'A' and (resid 626 through 719 )	A	A	626 - 719	65 - 158
4	4	chain 'A' and (resid 720 through 732 )	A	A	720 - 732	159 - 171
5	5	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	B	1 - 17	1 - 17
6	6	chain 'H' and (resid 18 through 60 )	H	B	18 - 60	18 - 60
7	7	chain 'H' and (resid 61 through 83 )	H	B	61 - 83	61 - 83
8	8	chain 'H' and (resid 84 through 98 )	H	B	84 - 98	84 - 98
9	9	chain 'H' and (resid 99 through 151 )	H	B	99 - 151	99 - 133
10	10	chain 'H' and (resid 152 through 180 )	H	B	152 - 180	134 - 162
11	11	chain 'H' and (resid 181 through 217 )	H	B	181 - 217	163 - 199
12	12	chain 'H' and (resid 218 through 232 )	H	B	218 - 232	200 - 214
13	13	chain 'H' and (resid 233 through 249 )	H	B	233 - 249	215 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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