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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uef | |||||||||
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タイトル | Horse liver alcohol dehydrogenase with NAD and pentafluorobenzyl alcohol at 85 K | |||||||||
![]() | Alcohol dehydrogenase E chain | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / horse liver / NAD / pentafluorobenzyl alcohol / 85 K | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Plapp, B.V. / Gakhar, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dependence of crystallographic atomic displacement factors on temperature (25-150 K) for complexes of horse liver alcohol dehydrogenases 著者: Plapp, B.V. / Gakhar, L. / Subramanian, R. #1: ![]() タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes. 著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 281.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ua6C ![]() 7uc9C ![]() 7ucaC ![]() 7ucuC ![]() 7uddC ![]() 7udeC ![]() 7udrSC ![]() 7uecC ![]() 7ueeC ![]() 7ueiC ![]() 7uejC ![]() 7uhvC ![]() 7uhwC ![]() 7uhxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 842分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/PFB.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/PFB.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: block |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7 詳細: 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 10 MM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K / Ambient temp details: He cryostat / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日 詳細: ROSENBAUM ROCK VERTICAL FOCUSINGMIRROR WITH PT, GLASS, PD LANES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM ROCK HIGH RESOLUTION DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, LN2 COOLED, SAGITTAL FOCUSSING 2ND MIRROR, SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→19.98 Å / Num. obs: 218760 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7udr 解像度: 1.2→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.262 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.72 Å2 / Biso mean: 14.815 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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