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万見
- PDB-7uee: Horse liver alcohol dehydrogenase with NAD and pentafluorobenzyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uee
タイトルHorse liver alcohol dehydrogenase with NAD and pentafluorobenzyl alcohol at 75 K
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / horse liver / NAD / pentafluorobenzyl alcohol / 75 K
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Plapp, B.V. / Gakhar, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AA00279 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM078446 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022
タイトル: Dependence of crystallographic atomic displacement factors on temperature (25-150 K) for complexes of horse liver alcohol dehydrogenases
著者: Plapp, B.V. / Gakhar, L. / Subramanian, R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes.
著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,16414
ポリマ－79,7072
非ポリマー2,45712
水14,952830
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.400, 51.230, 92.430
Angle α, β, γ (deg.)91.720, 103.110, 110.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: liver / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 842分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM)


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PFB / 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL / 2,3,4,5,6-ペンタフルオロベンジルアルコ-ル


分子量: 198.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H3F5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: block
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7
詳細: 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 10 MM 2,3,4,5,6-PENTAFLUOROBENZYL ALCOHOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 75 K / Ambient temp details: He cryostat / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日
詳細: ROSENBAUM ROCK VERTICAL FOCUSINGMIRROR WITH PT, GLASS, PD LANES
放射モノクロメーター: ROSENBAUM ROCK HIGH RESOLUTION DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, LN2 COOLED, SAGITTAL FOCUSSING 2ND MIRROR, SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→19.82 Å / Num. obs: 216677 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.92 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.16 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 20619 / Rpim(I) all: 0.194 / Rrim(I) all: 0.38 / Χ2: 1.77 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
d*TREK9.9.9.8Lデータ削減
d*TREK9.9.9.8Lデータスケーリング
Oモデル構築
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7udb

7udb


解像度: 1.2→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.168 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 2158 1 %RANDOM
Rwork0.1223 ---
obs0.1225 213383 93.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.11 Å2 / Biso mean: 15.465 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0.41 Å20.3 Å2
2--0.23 Å20.16 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 158 855 6583
Biso mean--17.08 27.49 -
残基数----748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0136277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0211.6868563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.571.59214391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6775819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44323.208240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.067151158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8971525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.327312436
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 160 -
Rwork0.238 14678 -
all-14838 -
obs--87.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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