PDB-7udz: Designed pentameric proton channel LQLL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7udz

タイトル

Designed pentameric proton channel LQLL

要素

De novo designed pentameric proton channel LQLL

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Proton transport / de novo designed / pentameric

機能・相同性

(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Kratochvil, H.T. / Thomaston, J.L. / Mravic, M. / Nicoludis, J.M. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	K99GM138753	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM122603	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE1709506	米国
Air Force Office of Scientific Research	FA9550-19-1-0331	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Transient water wires mediate selective proton transport in designed channel proteins.
著者: Kratochvil, H.T. / Watkins, L.C. / Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Nicoludis, J.M. / Somberg, N.H. / Liu, L. / Hong, M. / Voth, G.A. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2022年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7udz.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7udz.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7udz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7udz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7udz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7udvC 7udwC 7udxC 7udyC 6mctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo designed pentameric proton channel LQLL

B: De novo designed pentameric proton channel LQLL

C: De novo designed pentameric proton channel LQLL

D: De novo designed pentameric proton channel LQLL

E: De novo designed pentameric proton channel LQLL

F: De novo designed pentameric proton channel LQLL

G: De novo designed pentameric proton channel LQLL

H: De novo designed pentameric proton channel LQLL

I: De novo designed pentameric proton channel LQLL

J: De novo designed pentameric proton channel LQLL

ヘテロ分子

31.5 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: De novo designed pentameric proton channel LQLL

B: De novo designed pentameric proton channel LQLL

C: De novo designed pentameric proton channel LQLL

D: De novo designed pentameric proton channel LQLL

E: De novo designed pentameric proton channel LQLL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SDS PAGE gel electrophoresis
15.6 kDa, 5 ポリマー
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2

F: De novo designed pentameric proton channel LQLL

G: De novo designed pentameric proton channel LQLL

H: De novo designed pentameric proton channel LQLL

I: De novo designed pentameric proton channel LQLL

J: De novo designed pentameric proton channel LQLL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.772, 46.658, 66.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.955, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質・ペプチド	De novo designed pentameric proton channel LQLL 分子量: 3045.830 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.1 M calcium chloride, 0.1 M MES, 29% v/v PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→41.03 Å / Num. obs: 8896 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.68 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.47→2.61 Å / R_merge(I) obs: 0.708 / Num. unique obs: 1248 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCT

6mct

解像度: 2.48→36.87 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.9364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	466	5.24 %
R_work	0.2477	8430	-
obs	0.2488	8896	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→36.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2024	0	21	4	2049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2099
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4141	2855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0305	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0017	298
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8777	693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.84	0.3517	146	0.2793	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.84-3.58	0.321	166	0.257	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.58-36.87	0.2237	154	0.2344	2811	X-RAY DIFFRACTION	96.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9166669103	0.426207732666	2.19175104492	2.39171274958	0.178227277404	3.49497811631	-0.362302972306	-0.060218834372	0.180823044447	0.144746769386	-0.0704619427307	-0.278854523944	-0.472940867307	0.32938735315	0.0169334770082	0.212365108618	0.0448708346956	-0.137519969624	0.407925594552	0.0293076350147	0.483190869151	15.4169069145	-26.6971507767	27.0700697699
2	7.03560253796	0.136628971759	1.36570876342	2.62977931746	-0.456608512358	3.2239645471	0.30448597093	-0.447854173767	-0.424272086133	0.264461095248	0.511861149827	-0.338243565973	0.0306146476845	0.20567580505	0.154874765875	0.0642169140717	0.010540152262	-0.0607260587802	0.319972758421	-0.136165340536	0.41537806866	17.6884513596	-22.1459026298	18.0482122268
3	5.4536725918	0.381058677454	2.16183442071	2.96563405821	0.252312581895	4.51654437023	-0.56244244804	0.592439883137	1.85558043022	-0.330515485139	0.604474100287	0.431402703092	-0.443669731949	-0.317508463994	0.131041190668	0.36226910944	-0.00777607619726	-0.0544260105922	0.352630610964	0.0790052691937	0.500288736052	17.4969865279	-12.5753454502	19.1344271738
4	0.270073471829	-0.681237127748	0.565845845621	2.72822654974	-1.58112813109	2.17461908026	0.766371885954	-0.63968107216	0.182509409021	-0.0152946498706	-0.797952501129	0.109811063436	0.309443439958	-0.223019412622	-0.132216772456	0.250371208997	-0.0347350333127	-0.063015791612	0.466017943514	-0.229747038488	0.587378549358	13.0493960961	-10.819023043	28.2733238891
5	2.39978346662	0.549604057989	1.06902960992	4.6225462684	0.0256875088578	3.7381072006	-0.121981821059	0.789221304302	0.504485607448	0.0363908764049	0.213018254366	0.108954633729	-0.100028702703	0.477793599538	0.0990794209979	0.186210055548	0.0518636008089	-0.00186599757181	0.401032794309	-0.0276736561494	0.320077573282	12.2736033263	-19.4456030282	32.7299337065
6	9.70231013874	-0.425737992933	2.9255528779	5.25545898482	0.408848478219	5.35776029204	0.242761697406	-0.640784538792	0.0402746930781	0.261583972868	-0.281064734797	-0.0232442405528	0.471937121963	-0.584423571252	-0.111281451859	0.298818421481	0.0381481703101	0.0645739634669	0.271062020535	0.0520994783554	0.502900063248	16.8580020197	-47.0879518275	3.92572586142
7	4.89684924221	0.147280329731	1.51734534418	2.32216586917	0.318862289397	6.50751172445	0.0899956896913	-1.19579992276	-0.644186749264	0.490842912397	-0.0189780269771	-0.586027047929	0.179736927523	-0.048759070551	0.0576127499321	0.335195975686	0.0123205960156	-0.0739950890858	0.356892666436	0.117242495011	0.409892194153	15.2315577229	-42.7678898358	13.4730352168
8	5.05144026002	-1.58917217919	-0.167338085325	4.30704448382	2.23470217186	4.834871197	0.0548242520508	-0.342402025982	0.291443177698	-0.0307758395469	-0.296263879116	0.424981723848	0.422425539384	-0.310283616144	0.0995196230809	0.285443785224	0.0457149265286	-0.0172924682453	0.295770620006	-0.0473545633599	0.258379199967	15.295284608	-33.254223278	12.2545717278
9	2.786897011	0.77731772986	0.200351979934	4.07332091246	1.34639240937	3.01906426061	0.325985329239	0.179754459714	0.260371552153	-0.0620683411451	-0.454990006265	0.0985991385706	0.193595374433	0.0100614520788	-0.0542447026458	0.344847685642	-0.0241229562442	-0.0495884730841	0.394591196113	9.83596763067E-5	0.494770919338	19.4074456484	-31.2157296773	3.17612846907
10	2.81573108926	-0.247767765955	1.62664875474	2.36474165851	-0.573748409167	3.37124618043	-0.108161192255	-0.275672337652	-0.83558250744	0.203672054278	0.298443834031	0.226376094087	0.0269923390016	0.0188081712157	0.176814035785	0.384717844241	-0.0743194195945	0.126837250655	0.335783314857	0.0165492353259	0.492535154866	20.9522281049	-39.9661563751	-1.44567405485

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A	A	A	1 - 24	1 - 24
2	2	chain B	B	B	1 - 25	1 - 25
3	3	chain C	C	C	1 - 25	1 - 25
4	4	chain D	D	D	2 - 25	1 - 24
5	5	chain E	E	E	1 - 25	1 - 25
6	6	chain F	F	F	1 - 24	1 - 24
7	7	chain G	G	G	1 - 25	1 - 25
8	8	chain H	H	H	1 - 25	1 - 25
9	9	chain I	I	I	2 - 25	1 - 24
10	10	chain J	J	J	1 - 25	1 - 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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