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- PDB-7udw: Designed pentameric proton channel QQLL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udw
タイトルDesigned pentameric proton channel QQLL
要素De novo designed pentameric proton channel QQLL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proton transport / de novo designed / pentameric
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kratochvil, H.T. / Thomaston, J.L. / Mravic, M. / Nicoludis, J. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138753 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122603 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1709506 米国
Air Force Office of Scientific ResearchFA9550-19-1-0331 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Transient water wires mediate selective proton transport in designed channel proteins.
著者: Kratochvil, H.T. / Watkins, L.C. / Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Nicoludis, J.M. / Somberg, N.H. / Liu, L. / Hong, M. / Voth, G.A. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed pentameric proton channel QQLL
B: De novo designed pentameric proton channel QQLL
C: De novo designed pentameric proton channel QQLL
D: De novo designed pentameric proton channel QQLL
E: De novo designed pentameric proton channel QQLL
F: De novo designed pentameric proton channel QQLL
G: De novo designed pentameric proton channel QQLL
H: De novo designed pentameric proton channel QQLL
I: De novo designed pentameric proton channel QQLL
J: De novo designed pentameric proton channel QQLL
K: De novo designed pentameric proton channel QQLL
L: De novo designed pentameric proton channel QQLL
M: De novo designed pentameric proton channel QQLL
N: De novo designed pentameric proton channel QQLL
O: De novo designed pentameric proton channel QQLL
P: De novo designed pentameric proton channel QQLL
Q: De novo designed pentameric proton channel QQLL
R: De novo designed pentameric proton channel QQLL
S: De novo designed pentameric proton channel QQLL
T: De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,21620
ポリマ－61,21620
非ポリマー00
水1086
1
A: De novo designed pentameric proton channel QQLL
B: De novo designed pentameric proton channel QQLL
C: De novo designed pentameric proton channel QQLL
D: De novo designed pentameric proton channel QQLL
E: De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
2
F: De novo designed pentameric proton channel QQLL
G: De novo designed pentameric proton channel QQLL
H: De novo designed pentameric proton channel QQLL
I: De novo designed pentameric proton channel QQLL
J: De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
3
K: De novo designed pentameric proton channel QQLL
L: De novo designed pentameric proton channel QQLL
M: De novo designed pentameric proton channel QQLL
N: De novo designed pentameric proton channel QQLL
T: De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
4
O: De novo designed pentameric proton channel QQLL
P: De novo designed pentameric proton channel QQLL
Q: De novo designed pentameric proton channel QQLL
R: De novo designed pentameric proton channel QQLL
S: De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area7330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.246, 100.175, 50.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.506, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
De novo designed pentameric proton channel QQLL


分子量: 3060.802 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.22 M sodium citrate, 0.1 M Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115832 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115832 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42.76 Å / Num. obs: 8920 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 60.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 1419 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCT

6mct


解像度: 3→27.28 Å / SU ML: 0.4446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 834 9.98 %
Rwork0.2511 7521 -
obs0.2549 8355 92.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→27.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4093 0 0 6 4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00374172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5835689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.68381354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.32821050.3078906X-RAY DIFFRACTION67.94
3.19-3.440.35551300.31181241X-RAY DIFFRACTION91.71
3.44-3.780.35231550.32441335X-RAY DIFFRACTION99.33
3.78-4.320.27471540.23981358X-RAY DIFFRACTION99.93
4.33-5.440.29881470.21941342X-RAY DIFFRACTION98.87
5.44-27.280.21621430.21091339X-RAY DIFFRACTION96.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0150986321 Å / Origin y: -28.9974188109 Å / Origin z: 16.1292433391 Å
111213212223313233
T0.488329354293 Å2-0.000101613827638 Å2-0.00505011376561 Å2-0.398486489734 Å2-0.0237394434991 Å2--0.458206474199 Å2
L0.695470445706 °2-0.0113532372645 °20.902005497609 °2-1.11162548866 °20.0271437188026 °2--1.62908603444 °2
S0.000363508927016 Å °-0.0491726759317 Å °-0.0875031912374 Å °-0.182454054961 Å °0.049954442719 Å °0.00796342650447 Å °0.118463363795 Å °-0.11232120555 Å °-0.0297675275334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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