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- PDB-7udy: Designed pentameric channel QLLL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udy
タイトルDesigned pentameric channel QLLL
要素Designed channel QLLL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proton transport / de novo designed / pentameric
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kratochvil, H.T. / Thomaston, J.L. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138753 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122603 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1709506 米国
Air Force Office of Scientific ResearchFA9550-19-1-0331 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Transient water wires mediate selective proton transport in designed channel proteins.
著者: Kratochvil, H.T. / Watkins, L.C. / Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Nicoludis, J.M. / Somberg, N.H. / Liu, L. / Hong, M. / Voth, G.A. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed channel QLLL
B: Designed channel QLLL
C: Designed channel QLLL
D: Designed channel QLLL
E: Designed channel QLLL
F: Designed channel QLLL
G: Designed channel QLLL
H: Designed channel QLLL
I: Designed channel QLLL
J: Designed channel QLLL
K: Designed channel QLLL
L: Designed channel QLLL
M: Designed channel QLLL
N: Designed channel QLLL
O: Designed channel QLLL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,60718
ポリマ－45,68715
非ポリマー9193
水00
1
A: Designed channel QLLL
B: Designed channel QLLL
C: Designed channel QLLL
D: Designed channel QLLL
E: Designed channel QLLL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8427
ポリマ－15,2295
非ポリマー6132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
2
F: Designed channel QLLL
G: Designed channel QLLL
H: Designed channel QLLL
I: Designed channel QLLL
J: Designed channel QLLL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5366
ポリマ－15,2295
非ポリマー3061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
3
K: Designed channel QLLL
L: Designed channel QLLL
M: Designed channel QLLL
N: Designed channel QLLL
O: Designed channel QLLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2295
ポリマ－15,2295
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.385, 84.837, 149.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Designed channel QLLL


分子量: 3045.830 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.22 M sodium citrate, 0.1 M Tris, pH 8.0, 35% v/v PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→74.78 Å / Num. obs: 14395 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 46.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.249 / Num. unique obs: 2034 / CC1/2: 0.831

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCT

6mct


解像度: 2.4→39.77 Å / SU ML: 0.3235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4173
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 688 4.81 %
Rwork0.2297 13619 -
obs0.2307 14307 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 63 0 3107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00133228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.32414400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0295610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0015461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.23711073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.34711460.28922640X-RAY DIFFRACTION98.62
2.59-2.850.321420.26292702X-RAY DIFFRACTION99.61
2.85-3.260.26691360.25072709X-RAY DIFFRACTION99.75
3.26-4.10.25031350.22472727X-RAY DIFFRACTION99.65
4.1-39.770.21331290.2092841X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.56572847376-1.10634855359-1.612980040626.654655444783.392234896552.584705168-0.3561295334280.351365514338-0.0509573640268-0.1316433928010.676897345847-0.596315563186-0.04303600390360.373632973807-0.3613267462880.631943142621-0.0551878471172-0.0250271270930.596394293108-0.006301820846590.777489726823-5.0438209567523.4322332527-19.9282165256
27.199960659430.164088538661.230227934850.533533097199-1.301057523823.56292262070.6023748654250.552765393029-0.485221447309-1.13936526428-0.33725667381-2.780813819890.08273952964310.416114716667-1.441090662090.4849732803930.0007387941330870.07816227490880.641262806859-0.04602511039990.686826938186-6.7758098660123.613372056-29.8025470743
38.917563124581.962962949191.777790229758.586513194741.852402640074.71482513496-0.6159763212020.8401046743410.553833831372-1.147089595781.192391381670.756813097355-0.3214316174690.179056616834-0.2993079532140.59186675273-0.0286858870167-0.0009654985544510.4778258949020.02281369305650.667150828154-16.192774268125.0393491084-31.0607150331
40.421702097627-0.1050493016620.3079731510970.7769280183760.5318836484730.700965583090.02704488240640.09052212844310.851342179155-1.051143305590.01163986562160.0922131549513-0.09034742851290.113662156913-0.2085307828970.400364711843-0.04317137405470.0897160802154-0.3808554199310.1056608117471.03497365072-20.81459860824.0762941117-21.8351566219
58.240223996720.1012176508511.298068091258.72053849558-2.189854734259.170694536740.267245448527-0.0241636525540.4495514918280.9214175502010.0302506513562-0.185300569855-0.6236521208950.0131598113091-0.5076939877860.569340001191-0.0007497022713550.02997723019440.5108223280040.03255640666560.621936138442-13.966322540724.7762125115-15.1193969622
60.2354141521810.3756512124860.8937692545962.356946280130.8495151739054.657410127780.273691050155-0.0222558970459-0.0149916150945-0.00600322330566-0.188616103387-0.9630074827460.7493914132030.836905462425-3.399497895670.32380333127-0.04741281979480.06108045522870.265690698813-0.1222585560010.7937457404339.3553045878122.0173970087-1.34818744373
77.469483454730.863810168209-0.7368592082082.883430077480.9909921668227.66122395439-0.4009023172120.5399902323210.626065468272-1.59130109841.17725982749-0.1378793523-0.6371545619420.464574214454-0.6005293181020.562201535896-0.02498272982230.02460817155590.498192875557-0.01960377085310.7720799128423.0552985082824.363636604-7.86223597592
80.804313893331-0.40777407053-1.094558124260.1865556805480.5356275296611.586755925220.04671993113390.4854232130590.780548514022-0.0844789926094-0.8277496239760.436312432855-0.973334076679-0.512433618959-2.054712996310.6468188499260.0495652015065-0.1942028940.3749665822220.01408478701550.904034299939-6.4332482348422.708268147-3.60985826751
91.563980997162.31171367870.1481869368883.77278207832-0.9456060069774.17353878205-0.09614670874370.3165419221580.5946740152860.989834707994-0.04652201568720.828688723821-0.277473379618-0.712120378527-0.221244665920.5135538869690.0143151274630.05204392584510.406007460882-0.01484798336750.865035023746-5.5694507864122.55491900355.68499813
100.153849561723-0.1829869335020.2099233031120.232326388192-0.2137635283260.2075703057410.2121784344130.06474907337390.499319484275-0.1373181378370.249864036356-0.420088074622-0.08000424809610.2564140636710.661575829340.342875308752-0.00743711214390.02558965398410.111889874613-0.2129190517760.776434630514.3455197194122.25792283517.95249286923
114.807633579561.918037325020.24548504642.00355892717-0.3873958576895.61872967152-0.1794303367330.143255657208-1.2008494233-2.076288024980.268615171057-0.5201277987180.846859027505-0.466955715912-0.01946503499510.515495215406-0.00837677175407-0.0522599477070.450815908740.0536009122770.6336625251813.034672751721.4159923072-31.862960623
126.74721338753-1.76507389253-1.611898769578.595135252171.374939647724.08784754748-0.0762269895957-0.452371212529-0.415822950751-0.0401924285141-0.249611792363-0.4135573772950.0866424916787-0.21313536734-0.07104671483050.5094853748130.0149300798690.04193173065240.4552517477960.08540162996470.62065094166222.529969421.4316813896-28.6912074075
136.4558627634-0.667531286477-1.125642774329.790674981622.155410611833.69166088697-0.0918205198478-0.487490685390.06067828953160.461058294222-0.01939831515340.510802097006-0.30698608334-0.06541163199250.02435394901250.3830930365140.0340387693135-0.05255535731420.3333185572650.0899351828170.5880419998122.031208397921.4740201658-18.5789912875
141.23538770658-2.529253584571.516325782049.17615946043-3.067828609421.90010697782-0.321192886930.495006408690.2749955825212.033458458770.3676633090870.991523683083-0.784376129014-0.09523963005180.2986451936970.393474762250.06912820898430.1204564856470.3978199601010.2078723562260.68770573771212.072939777521.6944412634-15.9596729847
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA2 - 251 - 24
22chain BBB1 - 261 - 26
33chain CCC1 - 251 - 25
44chain DDD1 - 261 - 26
55chain EEE1 - 251 - 25
66chain FFF1 - 251 - 25
77chain GGG1 - 251 - 25
88chain HHH1 - 251 - 25
99chain III1 - 251 - 25
1010chain JJJ1 - 251 - 25
1111chain KKK1 - 251 - 25
1212chain LLL1 - 261 - 26
1313chain MMM1 - 261 - 26
1414chain NNN1 - 261 - 26
1515chain OOO1 - 251 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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