[日本語] English
万見
- PDB-7udx: Designed pentameric proton channel QLQL -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udx
タイトルDesigned pentameric proton channel QLQL
要素De novo designed pentameric proton channel QLQL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proton transport / de novo designed / pentameric
機能・相同性(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Kratochvil, H.T. / Thomaston, J.L. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138753 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122603 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1709506 米国
Air Force Office of Scientific ResearchFA9550-19-1-0331 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Transient water wires mediate selective proton transport in designed channel proteins.
著者: Kratochvil, H.T. / Watkins, L.C. / Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Nicoludis, J.M. / Somberg, N.H. / Liu, L. / Hong, M. / Voth, G.A. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: De novo designed pentameric proton channel QLQL
B: De novo designed pentameric proton channel QLQL
C: De novo designed pentameric proton channel QLQL
D: De novo designed pentameric proton channel QLQL
E: De novo designed pentameric proton channel QLQL
F: De novo designed pentameric proton channel QLQL
G: De novo designed pentameric proton channel QLQL
H: De novo designed pentameric proton channel QLQL
I: De novo designed pentameric proton channel QLQL
J: De novo designed pentameric proton channel QLQL
K: De novo designed pentameric proton channel QLQL
L: De novo designed pentameric proton channel QLQL
M: De novo designed pentameric proton channel QLQL
N: De novo designed pentameric proton channel QLQL
O: De novo designed pentameric proton channel QLQL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26916
ポリマ－45,91215
非ポリマー3571
水1086
1
A: De novo designed pentameric proton channel QLQL
B: De novo designed pentameric proton channel QLQL
C: De novo designed pentameric proton channel QLQL
D: De novo designed pentameric proton channel QLQL
E: De novo designed pentameric proton channel QLQL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6616
ポリマ－15,3045
非ポリマー3571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
2
F: De novo designed pentameric proton channel QLQL
G: De novo designed pentameric proton channel QLQL
H: De novo designed pentameric proton channel QLQL
I: De novo designed pentameric proton channel QLQL
J: De novo designed pentameric proton channel QLQL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
3
K: De novo designed pentameric proton channel QLQL
L: De novo designed pentameric proton channel QLQL
M: De novo designed pentameric proton channel QLQL
N: De novo designed pentameric proton channel QLQL
O: De novo designed pentameric proton channel QLQL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3045
ポリマ－15,3045
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.720, 83.680, 147.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
De novo designed pentameric proton channel QLQL


分子量: 3060.801 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 6.0, 20% w/v PEG2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115832 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115832 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→73.51 Å / Num. obs: 7234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 64.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.99→3.04 Å / Num. unique obs: 348 / CC1/2: 0.921

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCT

6mct


解像度: 2.99→73.51 Å / SU ML: 0.3719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1179
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 723 9.99 %
Rwork0.2311 6511 -
obs0.2353 7234 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→73.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 0 14 6 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49024313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.70551053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.220.30451420.26591279X-RAY DIFFRACTION99.79
3.22-3.540.3281410.26021275X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.060.31191450.24221290X-RAY DIFFRACTION99.72
4.06-5.110.2381450.20091303X-RAY DIFFRACTION99.79
5.11-73.510.24991500.23131364X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.0003748753 Å / Origin y: -19.9591525395 Å / Origin z: 15.7630886382 Å
111213212223313233
T0.530404616609 Å20.0149911753246 Å20.0114580187153 Å2-0.360155892026 Å2-0.00115660193772 Å2--0.569932136997 Å2
L1.09943290131 °20.172884337277 °20.00848413877759 °2-0.0531121427929 °2-0.00824327851259 °2--1.66724933902 °2
S0.039658463518 Å °-0.0205613263611 Å °-0.0154938093129 Å °0.0392750564138 Å °0.00348568536453 Å °0.0043600075 Å °-0.0254577210218 Å °0.0859417251689 Å °-0.021205212318 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A or chain B or chain C or chain D or chain E or chain F or chain G or chain H or chain I or chain J or chain K or chain L or chain M or chain N or chain O

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る