PDB-7udv: Designed pentameric proton channel LLQL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7udv

タイトル

Designed pentameric proton channel LLQL

要素

De novo designed proton channel LLQL

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Proton transport / de novo designed / pentameric

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kratochvil, H.T. / Thomaston, J.L. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	K99GM138753	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM122603	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE1709506	米国
Air Force Office of Scientific Research	FA9550-19-1-0331	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Transient water wires mediate selective proton transport in designed channel proteins.
著者: Kratochvil, H.T. / Watkins, L.C. / Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Nicoludis, J.M. / Somberg, N.H. / Liu, L. / Hong, M. / Voth, G.A. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2022年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7udv.cif.gz	133.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7udv.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7udv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7udv_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7udv_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	7udv_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7udv_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7udv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7udv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7udwC 7udxC 7udyC 7udzC 6mctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: De novo designed proton channel LLQL

B: De novo designed proton channel LLQL

C: De novo designed proton channel LLQL

D: De novo designed proton channel LLQL

E: De novo designed proton channel LLQL

F: De novo designed proton channel LLQL

G: De novo designed proton channel LLQL

H: De novo designed proton channel LLQL

I: De novo designed proton channel LLQL

J: De novo designed proton channel LLQL

30.5 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: De novo designed proton channel LLQL

B: De novo designed proton channel LLQL

C: De novo designed proton channel LLQL

D: De novo designed proton channel LLQL

E: De novo designed proton channel LLQL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SDS PAGE gel electrophoresis
15.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: De novo designed proton channel LLQL

G: De novo designed proton channel LLQL

H: De novo designed proton channel LLQL

I: De novo designed proton channel LLQL

J: De novo designed proton channel LLQL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.530, 55.360, 82.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質・ペプチド	De novo designed proton channel LLQL 分子量: 3045.830 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M potassium chloride, 0.03 M sodium citrate, pH 4, 33% v/v PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.01 Å / Num. obs: 8089 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 40.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.465 Å / R_merge(I) obs: 0.826 / Num. unique obs: 405 / CC_1/2: 0.591

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCT

6mct

解像度: 2.4→46.01 Å / SU ML: 0.2394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	428	5.32 %
R_work	0.2462	7620	-
obs	0.2474	8048	81.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	0	4	2039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	2073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.498	2827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0345	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0022	299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6408	675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.75	0.3176	109	0.2546	1971	X-RAY DIFFRACTION	64.38
2.75-3.46	0.2782	134	0.2578	2594	X-RAY DIFFRACTION	83.71
3.46-46.01	0.2557	185	0.2399	3055	X-RAY DIFFRACTION	95.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.91046636968	-0.368978516619	0.384530896153	4.245797311	-0.879103505183	3.39402800016	0.0776087384736	0.260989806671	-0.278435202274	-0.508278820651	-0.0300049525502	0.106048299485	0.453656686571	-0.700744975808	0.128436221542	0.260227034678	-0.0527136476423	0.0417261373274	0.42266203272	-0.0228187068235	0.210503923582	-6.5576199105	-1.5414153822	-17.7991195784
2	3.33594086032	-0.150598997896	-0.49018139293	2.14940600886	-0.573690353516	1.23654455737	0.370227901199	0.721510403805	0.346745523435	-0.384311938675	0.183813151279	-0.0174476477278	0.0955537476045	0.149798241291	0.580233190284	0.367477722023	0.0358176299282	0.00365799286205	0.242732496407	-0.00379542046584	0.148924541156	3.58988147541	-2.94112534938	-18.6814918178
3	3.47474671342	0.610143751849	-0.494634913768	3.136094847	1.84232830626	5.15070052331	-0.168062519555	-0.10679307238	-0.0769636136291	-0.185512080287	0.00246509672333	-0.137214469067	0.0396996402121	0.107354004292	0.13415297733	0.340974312955	-0.0264480145396	0.0124199997303	0.36719237511	-0.011320694064	0.299303382264	7.78851327233	5.65750565327	-17.8126309215
4	5.322407679	-1.45226997011	4.97332632731	3.69525133972	-2.8499531304	5.31334373516	0.355004837045	0.454535873716	-0.289062346243	-0.193180624402	0.1570941901	-0.468901360898	0.182822486691	0.743238890783	2.64959863306	0.4435747611	-0.0751147949205	0.0202219476962	0.20800969496	0.0852332445524	0.341999698574	0.604656913152	12.690548523	-18.5187931188
5	4.11412195334	-0.762585435927	-1.02818332518	2.15114222296	-0.755590607704	3.25088196068	0.366856852537	-0.121101187063	-0.00988558709488	-0.0301330615841	0.210454301561	0.203712163503	-0.182871469925	-0.743328444569	0.248001566465	0.262116748194	0.0794805791031	-0.0451072895414	0.295574399137	0.0129299291958	0.243881739439	-8.29472931168	7.5344382617	-19.6851365942
6	1.73043685781	-0.295631051725	1.12009268672	3.67386794851	-0.741119201344	2.98026513623	0.17761880926	0.203034439372	0.490669889921	-0.103342642515	0.251198796946	0.287399862126	1.2721912799	0.0589738736263	0.127945543609	0.465674281272	0.0484701363069	-0.0597549720021	0.519185170345	0.0439765743378	0.2594524567	-21.9870912538	-11.5158576477	-22.0121103367
7	3.0997624536	-0.71616005024	0.112847006167	1.55586798618	-0.0027493348971	0.00473081663708	-0.0291338324478	-0.12363334102	0.527404355068	0.227235594967	0.30609321596	-0.465678994156	2.69836050613	0.164277129528	1.33764011386	0.710355924142	-0.0658613180624	-0.0558531607855	0.575677962242	0.0336575419145	0.337159294321	-31.8018990398	-11.1099082619	-21.4789437831
8	2.03077963249	-0.714870439124	2.27658847223	1.93652074579	-1.05269824732	6.51014548903	0.121668193122	-0.712629866021	-0.121896904051	-0.0601917462947	0.123157578849	0.325949897519	-0.985022275527	-1.01848771544	0.198097522239	0.289711975853	-0.0867959669157	-0.00260352478613	0.369879938249	0.0134722052344	0.307810959392	-34.6461248464	-2.13077429464	-22.5264261296
9	2.16135635474	-1.50469238506	-1.04430222987	6.16365812288	-0.404727828662	5.1906416698	0.418586342739	-0.0661756014686	-0.189140151822	-0.0722575240499	0.206054073643	0.244894029962	0.0484430705577	-0.998236913181	0.0309221777197	0.472744320497	-0.0193773755779	-0.0383252733912	0.445353336335	0.0122381847517	0.378635064146	-26.5587581071	3.65198844698	-22.5202652585
10	2.57774697921	0.374620449597	0.496627218121	4.00123410973	-1.01503776276	2.7472012461	0.0679408751605	0.096521295125	-0.17820428775	0.0103876233116	0.000919819972588	-0.426772790528	-0.546248596635	0.412578376268	-0.294188741183	0.278330362232	-0.0469624222693	0.0232104149257	0.522678841868	-0.113434972889	0.1583013758	-18.3481362628	-2.26537982665	-21.9718501834

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	A	1 - 24	1 - 24
2	2	chain 'B' and (resid 1 through 25 )	B	B	1 - 25	1 - 25
3	3	chain 'C' and (resid 1 through 25 )	C	C	1 - 25	1 - 25
4	4	chain 'D' and (resid 1 through 25 )	D	D	1 - 25	1 - 25
5	5	chain 'E' and (resid 2 through 26 )	E	E	2 - 26	1 - 25
6	6	chain 'F' and (resid 1 through 25 )	F	F	1 - 25	1 - 25
7	7	chain 'G' and (resid 2 through 26 )	G	G	2 - 26	1 - 25
8	8	chain 'H' and (resid 1 through 25 )	H	H	1 - 25	1 - 25
9	9	chain 'I' and (resid 1 through 25 )	I	I	1 - 25	1 - 25
10	10	chain 'J' and (resid 1 through 26 )	J	J	1 - 26	1 - 26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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