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- PDB-7ucq: Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-18 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ucq

タイトル

Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-18

要素

230AS-18
Gametocyte surface protein P230

キーワード

CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking

機能・相同性

6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tang, W.K. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2022年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ucq.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ucq.ent.gz	788 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ucq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ucq_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ucq_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	7ucq_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	7ucq_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u9eC 7u9wC 7ua2C 7ua8C 7ubsC 7uc8C 7ufwC 7ui1C 7jumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Gametocyte surface protein P230

H: 230AS-18

B: Gametocyte surface protein P230

I: 230AS-18

C: Gametocyte surface protein P230

J: 230AS-18

D: Gametocyte surface protein P230

K: 230AS-18

196 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Gametocyte surface protein P230

H: 230AS-18

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.1 kDa, 2 ポリマー
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B: Gametocyte surface protein P230

I: 230AS-18

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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C: Gametocyte surface protein P230

J: 230AS-18

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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D: Gametocyte surface protein P230

K: 230AS-18

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.220, 145.730, 78.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.916, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	chain "C"
d_4	ens_1	chain "D"
d_1	ens_2	chain "H"
d_2	ens_2	chain "I"
d_3	ens_2	chain "J"
d_4	ens_2	chain "K"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LEU	ASN	A	1 - 176
d_2	1	ens_1	LEU	ASN	C	1 - 176
d_3	1	ens_1	LEU	ASN	E	1 - 176
d_4	1	ens_1	LEU	ASN	G	1 - 176
d_1	1	ens_2	THR	LYS	B	1 - 233
d_2	1	ens_2	THR	LYS	D	1 - 233
d_3	1	ens_2	THR	LYS	F	1 - 233
d_4	1	ens_2	THR	LYS	H	1 - 233

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999647811426, -0.0264804234174, 0.00174364181097), (-0.0264847292775, -0.999646105675, 0.00249449892518), (0.00167696935828, -0.00253980027248, -0.999995368583)	31.9304384248, -103.60471191, -39.1937751459
2	given	(0.432456007441, -0.898809257389, -0.0715801680623), (-0.901349902818, -0.428880053385, -0.0602515767339), (0.0234553686409, 0.0905749338431, -0.995613392357)	-2.14261798608, -1.66713005885, -30.9882343718
3	given	(-0.416643148405, 0.90752256724, 0.0530214752483), (0.908683902013, 0.414057192994, 0.0533873313813), (0.0264962848236, 0.0704232268507, -0.997165240073)	119.626798208, -31.3901636332, 7.24302207807
4	given	(0.999736808192, -0.021205762928, 0.0087538542692), (-0.0212384097357, -0.99976776416, 0.00365345018375), (0.00867434711203, -0.00383840656932, -0.999955010157)	32.2095345434, -103.727091198, -39.4928046064
5	given	(0.490491088771, -0.871307959651, -0.0155219613969), (-0.871421172303, -0.490534199167, -0.00115754481411), (-0.00660547489316, 0.0140939312131, -0.999878857064)	-2.58591485207, -3.99188645425, -32.325462742
6	given	(-0.521713659936, 0.852651522266, 0.0282884890493), (0.853116377941, 0.521529185154, 0.0141334610851), (-0.00270235553402, 0.0315069930254, -0.999499878272)	121.294119241, -26.2657006857, 7.14881447067

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要素

#1: タンパク質	Gametocyte surface protein P230 分子量: 21468.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体	230AS-18 分子量: 27600.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 20% PEG 10000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→41.27 Å / Num. obs: 57254 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 6 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.21
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 3779 / CC_1/2: 0.53

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum

解像度: 2.5→41.27 Å / SU ML: 0.3562 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.9451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	2863	5 %
R_work	0.2036	54382	-
obs	0.2058	57245	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12776	0	0	114	12890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	13048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7585	17672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507	1948
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.2684	4820

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.657860499312
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.815159728138
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.02926894882
ens_2	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.584501986882
ens_2	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.550265943501
ens_2	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.528722690148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.54	0.3603	120	0.3558	2285	X-RAY DIFFRACTION	82.82
2.54-2.58	0.3584	143	0.313	2708	X-RAY DIFFRACTION	97.01
2.58-2.63	0.3357	141	0.2776	2689	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.63-2.69	0.3665	146	0.2664	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.69-2.75	0.306	142	0.2641	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.75-2.81	0.2781	144	0.248	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.81-2.88	0.311	145	0.2529	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.88-2.96	0.2917	143	0.2595	2708	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.96-3.05	0.3091	144	0.2626	2738	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.05-3.14	0.3212	145	0.2425	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.14-3.26	0.281	145	0.232	2749	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.26-3.39	0.2614	143	0.2178	2730	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.39-3.54	0.2444	145	0.2066	2739	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.54-3.73	0.2719	144	0.1901	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.47
3.73-3.96	0.2157	145	0.1863	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.96-4.27	0.1985	144	0.1601	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.8
4.27-4.69	0.2058	145	0.1494	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.41
4.69-5.37	0.1844	145	0.1567	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.78
5.37-6.76	0.227	146	0.1898	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.15
6.76-41.27	0.2203	148	0.1888	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.08613306243	0.773903630455	-0.0608351090491	3.51260476968	-0.51424264465	2.43565339128	0.353585590904	-0.276305070159	-0.778998232632	0.296038124561	-0.132576848675	-0.295501939188	-0.0338474689924	-0.0862986457814	-0.096434140227	0.482022902707	-0.0321018081858	-0.0606982607161	0.281858644439	0.038022923804	0.564509194811	46.7526658929	-41.5662454643	-5.92565728232
2	8.26267643157	-1.46859072434	2.15525000639	3.00055088603	-1.19194973166	2.14583495078	0.0806445054252	0.627260016243	-0.0256839955542	-0.08339211916	-0.162992067436	-0.500122673781	-0.20189536956	0.389117366315	0.0135420589641	0.496661407953	-0.0179845479684	-0.0197519364516	0.375005838188	-0.0120001935336	0.373653303877	49.4994133135	-35.5752222609	-8.97556782155
3	8.086702669	1.27800595933	0.581958915854	4.03246746115	-0.493981315683	4.7068137468	-0.0169059154454	-0.842574474999	1.38147043912	0.664641392434	0.259471886473	0.0814928228278	-0.851617596585	-0.035510404849	0.081430034255	0.705309432737	-0.0204634636811	-0.0394506400171	0.526672848322	-0.0560111287101	0.42910085691	38.1540695945	-25.6304016965	-1.45384908903
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51	2.68839550581	-2.02274217054	1.05911778802	2.18055502047	-0.240296581027	2.77361453103	0.396767696495	-0.453321775488	-0.937165377653	0.920124138987	0.19260893756	0.352146859315	1.49111306322	-0.411774683546	-0.372810721652	0.756208744402	-0.151332303153	-0.000912002397964	0.666504303246	0.274324034364	0.704786246949	72.929593678	-43.4156006356	21.5520971776
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53	5.28394911387	-0.284136199088	1.65078180747	2.42415234173	-0.598775669756	2.0409457422	0.201455903741	-0.28963612882	-0.848456730559	-0.0218167741583	0.27432438134	0.254983653028	0.754944885308	-0.050933764972	-0.441510089443	0.571957172146	-0.0563903748014	-0.0344431757973	0.443679050729	0.0853899748113	0.360421195976	78.1205012423	-39.7639784886	18.3479304302

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 557 through 594 )	A	A	557 - 594	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 595 through 625 )	A	A	595 - 625	39 - 69
3	3	chain 'A' and (resid 626 through 639 )	A	A	626 - 639	70 - 83
4	4	chain 'A' and (resid 640 through 732 )	A	A	640 - 732	84 - 176
5	5	chain 'H' and (resid -1 through 17 )	H	B	-1 - 17	1 - 19
6	6	chain 'H' and (resid 18 through 33 )	H	B	18 - 33	20 - 35
7	7	chain 'H' and (resid 34 through 57 )	H	B	34 - 57	36 - 59
8	8	chain 'H' and (resid 58 through 99 )	H	B	58 - 99	60 - 101
9	9	chain 'H' and (resid 100 through 233 )	H	B	100 - 233	102 - 215
10	10	chain 'H' and (resid 234 through 251 )	H	B	234 - 251	216 - 233
11	11	chain 'B' and (resid 557 through 579 )	B	C	557 - 579	1 - 23
12	12	chain 'B' and (resid 580 through 625 )	B	C	580 - 625	24 - 69
13	13	chain 'B' and (resid 626 through 639 )	B	C	626 - 639	70 - 83
14	14	chain 'B' and (resid 640 through 656 )	B	C	640 - 656	84 - 100
15	15	chain 'B' and (resid 657 through 666 )	B	C	657 - 666	101 - 110
16	16	chain 'B' and (resid 667 through 699 )	B	C	667 - 699	111 - 143
17	17	chain 'B' and (resid 700 through 732 )	B	C	700 - 732	144 - 176
18	18	chain 'I' and (resid -1 through 33 )	I	D	-1 - 33	1 - 35
19	19	chain 'I' and (resid 34 through 51 )	I	D	34 - 51	36 - 53
20	20	chain 'I' and (resid 52 through 64 )	I	D	52 - 64	54 - 66
21	21	chain 'I' and (resid 65 through 83 )	I	D	65 - 83	67 - 85
22	22	chain 'I' and (resid 84 through 150 )	I	D	84 - 150	86 - 132
23	23	chain 'I' and (resid 151 through 168 )	I	D	151 - 168	133 - 150
24	24	chain 'I' and (resid 169 through 218 )	I	D	169 - 218	151 - 200
25	25	chain 'I' and (resid 219 through 233 )	I	D	219 - 233	201 - 215
26	26	chain 'I' and (resid 234 through 251 )	I	D	234 - 251	216 - 233
27	27	chain 'C' and (resid 557 through 579 )	C	E	557 - 579	1 - 23
28	28	chain 'C' and (resid 580 through 594 )	C	E	580 - 594	24 - 38
29	29	chain 'C' and (resid 595 through 625 )	C	E	595 - 625	39 - 69
30	30	chain 'C' and (resid 626 through 639 )	C	E	626 - 639	70 - 83
31	31	chain 'C' and (resid 640 through 656 )	C	E	640 - 656	84 - 100
32	32	chain 'C' and (resid 657 through 676 )	C	E	657 - 676	101 - 120
33	33	chain 'C' and (resid 677 through 699 )	C	E	677 - 699	121 - 143
34	34	chain 'C' and (resid 700 through 719 )	C	E	700 - 719	144 - 163
35	35	chain 'C' and (resid 720 through 732 )	C	E	720 - 732	164 - 176
36	36	chain 'J' and (resid -1 through 17 )	J	F	-1 - 17	1 - 19
37	37	chain 'J' and (resid 18 through 33 )	J	F	18 - 33	20 - 35
38	38	chain 'J' and (resid 34 through 45 )	J	F	34 - 45	36 - 47
39	39	chain 'J' and (resid 46 through 83 )	J	F	46 - 83	48 - 85
40	40	chain 'J' and (resid 84 through 109 )	J	F	84 - 109	86 - 111
41	41	chain 'J' and (resid 110 through 150 )	J	F	110 - 150	112 - 132
42	42	chain 'J' and (resid 151 through 181 )	J	F	151 - 181	133 - 163
43	43	chain 'J' and (resid 182 through 218 )	J	F	182 - 218	164 - 200
44	44	chain 'J' and (resid 219 through 251 )	J	F	219 - 251	201 - 233
45	45	chain 'D' and (resid 557 through 579 )	D	G	557 - 579	1 - 23
46	46	chain 'D' and (resid 580 through 639 )	D	G	580 - 639	24 - 83
47	47	chain 'D' and (resid 640 through 686 )	D	G	640 - 686	84 - 130
48	48	chain 'D' and (resid 687 through 732 )	D	G	687 - 732	131 - 176
49	49	chain 'K' and (resid -1 through 33 )	K	H	-1 - 33	1 - 35
50	50	chain 'K' and (resid 34 through 122 )	K	H	34 - 122	36 - 124
51	51	chain 'K' and (resid 123 through 162 )	K	H	123 - 162	125 - 144
52	52	chain 'K' and (resid 163 through 218 )	K	H	163 - 218	145 - 200
53	53	chain 'K' and (resid 219 through 251 )	K	H	219 - 251	201 - 233

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