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- PDB-7uch: AprA Methyltransferase 1 - GNAT in complex with Mn2+ , SAM, and D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uch
タイトルAprA Methyltransferase 1 - GNAT in complex with Mn2+ , SAM, and Di-methyl-malonate
要素AprA Methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / polyketide synthase (ポリケチド合成酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / dimethylpropanedioic acid / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Carrier domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moorena bouillonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Lao, Y. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM008353 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM008270 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM067550 米国
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Control of Methylation Extent in Polyketide Synthase Metal-Dependent C -Methyltransferases.
著者: Lao, Y. / Skiba, M.A. / Chun, S.W. / Narayan, A.R.H. / Smith, J.L.
#1: ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Biosynthesis of t-Butyl in Apratoxin A: Functional Analysis and Architecture of a PKS Loading Module.
著者: Meredith A Skiba / Andrew P Sikkema / Nathan A Moss / Andrew N Lowell / Min Su / Rebecca M Sturgis / Lena Gerwick / William H Gerwick / David H Sherman / Janet L Smith /
要旨: The unusual feature of a t-butyl group is found in several marine-derived natural products including apratoxin A, a Sec61 inhibitor produced by the cyanobacterium Moorea bouillonii PNG 5-198. Here, ...The unusual feature of a t-butyl group is found in several marine-derived natural products including apratoxin A, a Sec61 inhibitor produced by the cyanobacterium Moorea bouillonii PNG 5-198. Here, we determine that the apratoxin A t-butyl group is formed as a pivaloyl acyl carrier protein (ACP) by AprA, the polyketide synthase (PKS) loading module of the apratoxin A biosynthetic pathway. AprA contains an inactive "pseudo" GCN5-related N-acetyltransferase domain (ΨGNAT) flanked by two methyltransferase domains (MT1 and MT2) that differ distinctly in sequence. Structural, biochemical, and precursor incorporation studies reveal that MT2 catalyzes unusually coupled decarboxylation and methylation reactions to transform dimethylmalonyl-ACP, the product of MT1, to pivaloyl-ACP. Further, pivaloyl-ACP synthesis is primed by the fatty acid synthase malonyl acyltransferase (FabD), which compensates for the ΨGNAT and provides the initial acyl-transfer step to form AprA malonyl-ACP. Additionally, images of AprA from negative stain electron microscopy reveal multiple conformations that may facilitate the individual catalytic steps of the multienzyme module.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AprA Methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4895
ポリマ－74,8261
非ポリマー6644
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.572, 88.283, 135.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AprA Methyltransferase 1


分子量: 74825.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moorena bouillonii (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1U7N2Z8

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非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MU6 / dimethylpropanedioic acid / ジメチルマロン酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 11mg/mL protein in 50mM Tris pH7.4, 50mM NaCl, 10%(V/V) glycerol, 1mM S-adenosyl-L-homocysteine (SAH), and 5mM MnCl2. Well solution: 15% PEG 3350, 0.1M di-methyl-malonate Protein to well solution ratio is 2:2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→45.23 Å / Num. obs: 38749 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.37
反射 シェル解像度: 2.181→2.259 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3805 / CC1/2: 0.495 / CC star: 0.814 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B3A

6b3a


解像度: 2.18→45.23 Å / SU ML: 0.3282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 3656 5 %
Rwork0.193 69451 -
obs0.1955 38749 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→45.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5149 0 42 319 5510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00755332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89977229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.80111995
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.21 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3526 135 -
Rwork0.3161 2622 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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