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万見
- PDB-7uci: SxtA Methyltransferase and decarboxylase didomain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uci
タイトルSxtA Methyltransferase and decarboxylase didomain in complex with Mn2+ and SAH
要素Polyketide synthase-related protein
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / phosphopantetheine binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Putative 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cylindrospermopsis raciborskii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lao, Y. / Skiba, M.A. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM138396 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Control of Methylation Extent in Polyketide Synthase Metal-Dependent C -Methyltransferases.
著者: Lao, Y. / Skiba, M.A. / Chun, S.W. / Narayan, A.R.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase-related protein
B: Polyketide synthase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3457
ポリマ－162,3742
非ポリマー9715
水1,56787
1
A: Polyketide synthase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6263
ポリマ－81,1871
非ポリマー4392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7184
ポリマ－81,1871
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.802, 69.668, 127.608
Angle α, β, γ (deg.)86.440, 83.260, 83.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase-related protein


分子量: 81187.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cylindrospermopsis raciborskii (バクテリア)
遺伝子: sxtA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3EYF9
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 12-14mg/mL SxtA MT-DC in 50mM Tris pH7.4, 50mM NaCl, 10%(v/v) glycerol, 5mM S-adenosyl-L-methionine (SAM), and 5mM MnCl2. Well solution: 5-8% PEG 20K, and 0.1M MES pH 6.25-6.5
PH範囲: 6.25-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.43 Å / Num. obs: 44788 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 51.19 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1261 / Net I/σ(I): 8.57
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 4306 / CC1/2: 0.696 / CC star: 0.906 / % possible all: 94.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
JBluIce-EPICSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B3A

6b3a


解像度: 2.6→42.43 Å / SU ML: 0.472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.3255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 3931 4.47 %
Rwork0.2375 84068 -
obs0.2402 44788 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10723 0 60 87 10870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002911031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.651414983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04231696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.19164075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.39130.359715039X-RAY DIFFRACTION94.19
5.46-6.250.29631470.22723099X-RAY DIFFRACTION97.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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