[日本語] English
万見
- PDB-7ucd: Transcription factor FosB/JunD bZIP domain covalently modified wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ucd
タイトルTranscription factor FosB/JunD bZIP domain covalently modified with the cysteine-targeting alpha-haloketone compound Z2159931480
要素
  • Protein fosB
  • Transcription factor jun-D
キーワードDNA BINDING PROTEIN / FosB / JunD / redox switch / redox sensor / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor AP-1 complex / NGF-stimulated transcription / response to morphine / osteoblast development / response to corticosterone / behavioral response to cocaine / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / cellular response to hormone stimulus / response to cAMP ...transcription factor AP-1 complex / NGF-stimulated transcription / response to morphine / osteoblast development / response to corticosterone / behavioral response to cocaine / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / cellular response to hormone stimulus / response to cAMP / response to amphetamine / cellular response to calcium ion / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / response to progesterone / female pregnancy / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain
類似検索 - ドメイン・相同性
7-acetyl-4-methoxy-1-benzofuran-3(2H)-one / Transcription factor JunD / Protein FosB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Kumar, A. / Machius, M.C. / Rudenko, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA040621 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Chemically targeting the redox switch in AP1 transcription factor Delta FOSB.
著者: Kumar, A. / Aglyamova, G. / Yim, Y.Y. / Bailey, A.O. / Lynch, H.M. / Powell, R.T. / Nguyen, N.D. / Rosenthal, Z. / Zhao, W.N. / Li, Y. / Chen, J. / Fan, S. / Lee, H. / Russell, W.K. / ...著者: Kumar, A. / Aglyamova, G. / Yim, Y.Y. / Bailey, A.O. / Lynch, H.M. / Powell, R.T. / Nguyen, N.D. / Rosenthal, Z. / Zhao, W.N. / Li, Y. / Chen, J. / Fan, S. / Lee, H. / Russell, W.K. / Stephan, C. / Robison, A.J. / Haggarty, S.J. / Nestler, E.J. / Zhou, J. / Machius, M. / Rudenko, G.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
F: Protein fosB
J: Transcription factor jun-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6057
ポリマ－16,2572
非ポリマー3485
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.260, 67.670, 122.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-302-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Protein fosB / G0/G1 switch regulatory protein 3


分子量: 8267.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOSB, G0S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): D3 / 参照: UniProt: P53539
#2: タンパク質 Transcription factor jun-D


分子量: 7989.425 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 266-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUND / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): D3 / 参照: UniProt: P17535
#3: 化合物 ChemComp-MV0 / 7-acetyl-4-methoxy-1-benzofuran-3(2H)-one


分子量: 206.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 % / 解説: Diamond shaped, size 200-300 micrometer
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Tris HCl pH 7.0, 40% (v/v) Ethanol / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.446→44.923 Å / Num. obs: 3060 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.446→2.779 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 2.605 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 191 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 1.019 / Rrim(I) all: 2.804 / % possible all: 72.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VPF, poly-alanine

5vpf


解像度: 3.21→35.05 Å / SU ML: 0.4022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3297 191 7.6 %
Rwork0.2804 2323 -
obs0.2845 2514 71.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→35.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1017 0 19 0 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00871037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09041387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0417164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2757158
LS精密化 シェル解像度: 3.21→35.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3297 191 -
Rwork0.2804 2323 -
obs--71.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.966422683901-0.08925083352990.3119163566942.08905536935-0.6644020282781.53770314862-0.191083509236-0.1089316360310.0536819154592-0.0762546897373-0.0978079845936-0.0557166407393-0.127048261566-0.0580653342312-0.8195315574120.2752896820810.0824787899237-0.04383338139440.008346481128460.03894784436680.435905894909-0.91195843608718.140711486714.5482757905
20.2751430536130.11121210304-0.05953695437490.635098793826-0.4144017835891.1881620486-0.278024220651-0.0206657690076-0.244366793421-0.117312918878-0.13773753020.2222785544260.3452911887180.00782181155017-1.53510549760.4544256346150.0553837839847-0.01062527519250.1832746506240.2550581654310.663395173911-7.3308558163512.475013478814.334045343
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'F' and (resid 154 through 217 )FA154 - 2171 - 64
22chain 'J' and (resid 265 through 332 )JC265 - 3321 - 68

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る