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- PDB-7uc8: Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-73 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uc8
タイトルPfs230 D1 domain in complex with 230AS-73
要素
  • 230AS-73
  • Gametocyte surface protein P230
キーワードCELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2860 / : / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P230
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
B: Gametocyte surface protein P230
C: Gametocyte surface protein P230
H: 230AS-73
I: 230AS-73
J: 230AS-73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,4828
ポリマ－202,4366
非ポリマー462
水41423
1
A: Gametocyte surface protein P230
H: 230AS-73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4792
ポリマ－67,4792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gametocyte surface protein P230
I: 230AS-73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5023
ポリマ－67,4792
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gametocyte surface protein P230
J: 230AS-73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5023
ポリマ－67,4792
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.460, 89.460, 225.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 557 through 740 or resid 761 through 886))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 557 through 740 or resid 761 through 886))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 557 through 740 or resid 761 through 886))
d_1ens_2(chain "H" and (resid 1 through 32 or resid 34 through 254))
d_2ens_2(chain "I" and (resid 1 through 32 or resid 34 through 254))
d_3ens_2(chain "J" and (resid 1 through 32 or resid 34 through 254))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUA2 - 185
d_12ens_1LYSGLUA187 - 297
d_21ens_1LEULEUB1 - 184
d_22ens_1LYSGLUB186 - 296
d_31ens_1LEULEUC1 - 184
d_32ens_1LYSGLUC186 - 296
d_11ens_2GLNTYRD1 - 32
d_12ens_2TRPLYSD34 - 234
d_21ens_2GLNTYRE1 - 32
d_22ens_2TRPLYSE34 - 234
d_31ens_2GLNTYRF1 - 32
d_32ens_2TRPLYSF34 - 234

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.998273859937, 0.0461370671208, -0.0363410457101), (-0.0478216472135, 0.997752495404, -0.0469366378595), (0.0340938502314, 0.0485935073158, 0.998236585396)42.0641630296, -27.4459177644, -13.0429933894
2given(0.823679602029, 0.566869084128, -0.0145380418481), (0.567050196303, -0.823290553589, 0.0254310684531), (0.00244705396115, -0.0291908518265, -0.999570860968)-1.62502756567, -50.482864131, -81.7024467941
3given(0.999473983681, 0.000580267053696, -0.0324255953688), (-0.00203497214515, 0.998991754296, -0.0448478955626), (0.0323668786454, 0.0448902900211, 0.998467449158)42.0518389286, -26.8866123297, -13.1931913167
4given(0.833099088917, 0.552995609664, -0.0119064578282), (0.553000536062, -0.832266110278, 0.0390324070259), (0.0116754083761, -0.0391021402931, -0.999167006793)-1.38126406683, -50.1801510075, -81.7176056053

-
要素

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 39593.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体 230AS-73


分子量: 27884.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.85 Å / Num. obs: 44584 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 3320 / CC1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum


解像度: 2.9→19.85 Å / SU ML: 0.355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.1503
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 2024 4.54 %
Rwork0.2154 42559 -
obs0.217 44583 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12560 0 2 23 12585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003212833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.718717378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05061942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.24784737
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.887350355039
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.883482884539
ens_2d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.578893612372
ens_2d_3HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.607869085166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.3261480.30893068X-RAY DIFFRACTION99.94
2.97-3.050.30981420.2933016X-RAY DIFFRACTION99.91
3.05-3.140.341410.273019X-RAY DIFFRACTION99.56
3.14-3.240.29931460.26083040X-RAY DIFFRACTION99.69
3.24-3.360.26441480.25943045X-RAY DIFFRACTION99.94
3.36-3.490.29121490.24383014X-RAY DIFFRACTION99.68
3.49-3.650.26431470.22923044X-RAY DIFFRACTION99.47
3.65-3.840.25411480.22783040X-RAY DIFFRACTION99.91
3.84-4.080.25951540.20743089X-RAY DIFFRACTION99.97
4.08-4.390.23281400.1852979X-RAY DIFFRACTION99.97
4.39-4.830.19261390.16783071X-RAY DIFFRACTION99.81
4.83-5.510.1981390.17483042X-RAY DIFFRACTION99.56
5.51-6.90.25921450.20943055X-RAY DIFFRACTION100
6.9-19.850.23521380.1963037X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52274016060.134851867688-1.09410354242.225726411060.8027907544434.37340556392-0.164978279730.378004324252-0.4887014096010.280122558810.2411476056620.1893398397050.877028851836-0.666390112821-0.07618871295360.438996646126-0.1684207609150.02411576385110.424135921842-0.04948679221370.566215142333-13.8775515871-18.4906801844-45.3865162961
24.387392646220.2185616996840.6585370185742.413305510280.9520532159136.02726176876-0.005969339222120.177184857379-0.2044144295140.02468790064140.01375269631130.3431734415660.199031765923-0.827444583637-0.03089871005390.26727498783-0.04866254111730.08590581366540.2601584387820.03957920806390.271000215625-17.4366816775-10.1841368295-39.9636108543
31.816190263540.1063085297691.163184549891.622990924542.22252154775.49778510589-0.189298261802-0.394131185892-0.1129980029940.3607127134590.426721925089-0.2276893144870.3048068597780.263886743711-0.1397156911590.4267352965850.0691021122804-0.06056599928140.4222522592490.04356777211070.456736974904-4.01165028167-1.8519250958-16.2965043427
44.727354642280.5371937964020.4561184620313.327458223222.871948800384.86644722931-0.398472660154-0.5147360694330.3455033764530.4033542164370.474520065183-0.0770310592327-0.161968706621-0.1343967234090.06291084647730.3118920735060.17277545259-0.1362444895140.353046658621-0.01783497510870.256193009812-7.021009781581.80576186617-12.9756605247
53.675449405620.5229059559551.870838331453.246019216210.9449692027073.79628790663-0.005130556453120.0390547988386-0.3680804838970.1832907455230.0164742164650.05330031662070.5638817290350.04750354316080.03782644078260.3803224777690.003396104666010.07182250455730.305352944297-0.02789268237070.40195761106227.1878612318-35.7396857692-60.4998715744
64.178018590560.3787026619522.793269698511.935403989781.201487105036.161467164930.206451018629-0.154707374455-0.2829908147140.00139062207562-0.2060893117080.1480904049180.41213590195-0.2258223703220.05347709089610.288702058245-0.01245798146810.07494911345090.191313190243-0.01088700834020.33966383427825.8418413161-36.4369632921-52.71433008
70.309505531389-0.1250282705140.5881385029180.5918155129961.866257328696.45773872809-0.0104042507571-0.2570764594840.003478151320830.1637057774710.0115427471995-0.0552617640560.07739755275560.1308473480970.06336522146250.4132109720250.0104606728346-0.06142364359560.6281513895840.02910438433360.44314872094737.5418425969-27.0975070383-28.422214748
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 556 through 583 )AA556 - 5831 - 28
22chain 'A' and (resid 584 through 719 )AA584 - 71929 - 164
33chain 'A' and (resid 720 through 834 )AA720 - 834165 - 252
44chain 'A' and (resid 835 through 886 )AA835 - 886253 - 297
55chain 'B' and (resid 557 through 607 )BB557 - 6071 - 51
66chain 'B' and (resid 608 through 719 )BB608 - 71952 - 163
77chain 'B' and (resid 720 through 886 )BB720 - 886164 - 296
88chain 'C' and (resid 557 through 607 )CC557 - 6071 - 51
99chain 'C' and (resid 608 through 699 )CC608 - 69952 - 143
1010chain 'C' and (resid 700 through 760 )CC700 - 760144 - 185
1111chain 'C' and (resid 761 through 804 )CC761 - 804186 - 229
1212chain 'C' and (resid 805 through 886 )CC805 - 886230 - 296
1313chain 'H' and (resid 1 through 17 )HD1 - 171 - 17
1414chain 'H' and (resid 18 through 40 )HD18 - 4018 - 40
1515chain 'H' and (resid 41 through 67 )HD41 - 6741 - 67
1616chain 'H' and (resid 68 through 90 )HD68 - 9068 - 90
1717chain 'H' and (resid 91 through 122 )HD91 - 12291 - 122
1818chain 'H' and (resid 123 through 171 )HD123 - 171123 - 151
1919chain 'H' and (resid 172 through 208 )HD172 - 208152 - 188
2020chain 'H' and (resid 209 through 254 )HD209 - 254189 - 234
2121chain 'I' and (resid 1 through 17 )IE1 - 171 - 17
2222chain 'I' and (resid 18 through 108 )IE18 - 10818 - 108
2323chain 'I' and (resid 109 through 171 )IE109 - 171109 - 151
2424chain 'I' and (resid 172 through 222 )IE172 - 222152 - 202
2525chain 'I' and (resid 223 through 254 )IE223 - 254203 - 234
2626chain 'J' and (resid 1 through 19 )JF1 - 191 - 19
2727chain 'J' and (resid 20 through 108 )JF20 - 10820 - 108
2828chain 'J' and (resid 109 through 122 )JF109 - 122109 - 122
2929chain 'J' and (resid 123 through 158 )JF123 - 158123 - 138
3030chain 'J' and (resid 159 through 171 )JF159 - 171139 - 151
3131chain 'J' and (resid 172 through 208 )JF172 - 208152 - 188
3232chain 'J' and (resid 209 through 237 )JF209 - 237189 - 217
3333chain 'J' and (resid 238 through 254 )JF238 - 254218 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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