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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7uc8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-73 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2023Title: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine. Authors: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7uc8.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7uc8.ent.gz | 773.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7uc8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7uc8_validation.pdf.gz | 473.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7uc8_full_validation.pdf.gz | 489.1 KB | Display | |
| Data in XML | 7uc8_validation.xml.gz | 52.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7uc8_validation.cif.gz | 71.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uc8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7u9eC ![]() 7u9wC ![]() 7ua2C ![]() 7ua8C ![]() 7ubsC ![]() 7ucqC ![]() 7ufwC ![]() 7ui1C ![]() 7jumS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 39593.773 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate 3D7 / Gene: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P68874#2: Antibody | Mass: 27884.902 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.29 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→19.85 Å / Num. obs: 44584 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.98 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 3320 / CC1/2: 0.89 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7JUM Resolution: 2.9→19.85 Å / SU ML: 0.355 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 27.1503 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 54.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→19.85 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
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Controller
About Yorodumi





Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation








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Komagataella pastoris (fungus)
