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- PDB-7uc6: Stat5a Core in complex with Compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uc6
タイトルStat5a Core in complex with Compound 12
要素Signal transducer and activator of transcription 5A
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / STAT5a / ACTIVATOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


eosinophil differentiation / taurine metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / reelin-mediated signaling pathway / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway ...eosinophil differentiation / taurine metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / reelin-mediated signaling pathway / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / STAT5 Activation / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / Signaling by Leptin / Interleukin-2 signaling / Interleukin-20 family signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / Prolactin receptor signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / lactation / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / cytokine-mediated signaling pathway / response to peptide hormone / defense response / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain ...STAT5a/5b / : / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MJ6 / Signal transducer and activator of transcription 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.101 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1-R01-CA244509 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Potent and Selective STAT5 PROTAC Degrader with Strong Antitumor Activity In Vivo in Acute Myeloid Leukemia.
著者: Kaneshige, A. / Bai, L. / Wang, M. / McEachern, D. / Meagher, J.L. / Xu, R. / Kirchhoff, P.D. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, J.A. / Wang, S.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6002
ポリマ－65,8291
非ポリマー7721
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.674, 237.674, 112.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 5A


分子量: 65828.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT5A, STAT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42229
#2: 化合物 ChemComp-MJ6 / N-{5-[difluoro(phosphono)methyl]-1-benzothiophene-2-carbonyl}-3-methyl-L-valyl-L-prolyl-N~3~-(4-bromophenyl)-N,N-dimethyl-beta-alaninamide


分子量: 771.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38BrF2N4O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.1M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1M Hepes pH 7.0, 0.5% Jeffamine ED-2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 22212 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 69.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 253749
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.1511.51.40311100.9120.4331.4680.838100
3.15-3.2111.61.11110980.9570.3421.1630.871100
3.21-3.2711.50.93210920.9620.2870.9750.862100
3.27-3.3411.60.78711100.980.2420.8240.884100
3.34-3.4111.50.64711040.9740.1990.6770.884100
3.41-3.4911.60.56410860.9790.1730.590.924100
3.49-3.5811.50.39711050.9910.1220.4160.912100
3.58-3.6811.50.35611070.990.110.3731.03100
3.68-3.7811.50.29411040.9950.0910.3080.974100
3.78-3.9111.50.25911130.9930.080.2711.037100
3.91-4.0411.50.21510950.9960.0660.2251.031100
4.04-4.2111.50.17411090.9960.0540.1821.055100
4.21-4.411.50.14211190.9970.0440.1491.087100
4.4-4.6311.20.10811030.9980.0340.1141.044100
4.63-4.9211.50.08911080.9990.0270.0931.028100
4.92-5.311.50.08211080.9990.0250.0860.977100
5.3-5.8311.40.08311200.9980.0260.0870.921100
5.83-6.6711.30.07211180.9980.0220.0750.851100
6.67-8.411.30.04511350.9990.0140.0470.73100
8.4-5010.50.03111680.9990.010.0320.62399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.101→46.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 1.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.374 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.385
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 907 4.74 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1972 19118 86.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.63 Å2 / Biso mean: 64.19 Å2 / Biso min: 18.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5449 Å20 Å20 Å2
2---1.5449 Å20 Å2
3---3.0897 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.101→46.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4397 0 48 91 4536
Biso mean--97.53 44.35 -
残基数----555
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1581SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes799HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4556HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion596SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3651SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4556HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6204HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.7
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5433 16 3.76 %
Rwork0.2526 409 -
obs--37.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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