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- PDB-7uby: Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin A in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uby
タイトルStructure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin A in complex with VHH AH3
要素
  • Glucosyltransferase TcdA
  • Nanobody VHH AH3
キーワードTOXIN / GTD / neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain ...TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Toxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, B. / Rongsheng, J. / Kay, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Neutralizing epitopes on Clostridioides difficile toxin A revealed by the structures of two camelid VHH antibodies.
著者: Chen, B. / Perry, K. / Jin, R.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glucosyltransferase TcdA
D: Nanobody VHH AH3
A: Glucosyltransferase TcdA
C: Nanobody VHH AH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,20321
ポリマ－158,0664
非ポリマー2,13717
水6,143341
1
B: Glucosyltransferase TcdA
D: Nanobody VHH AH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,11510
ポリマ－79,0332
非ポリマー1,0828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
2
A: Glucosyltransferase TcdA
C: Nanobody VHH AH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,08911
ポリマ－79,0332
非ポリマー1,0569
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.118, 131.641, 83.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.015, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 BADC

#1: タンパク質 Glucosyltransferase TcdA


分子量: 62918.996 Da / 分子数: 2 / 変異: K190A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdA, toxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16154, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 抗体 Nanobody VHH AH3


分子量: 16113.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 358分子

#3: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium phosphate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→78.73 Å / Num. obs: 94481 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 328473
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.133.20.4391423544860.8850.2870.5272.395.6
11.5-78.733.30.02919395960.9990.020.03540.598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OQ5

6oq5


解像度: 2.1→67.57 Å / SU ML: 0.2988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 1987 2.11 %
Rwork0.218 92403 -
obs0.2189 94390 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10231 0 132 341 10704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011410533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.983414245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05861618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.43643797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.35121510.28486321X-RAY DIFFRACTION95.39
2.15-2.210.29241280.25636581X-RAY DIFFRACTION99.23
2.21-2.270.30721420.24726620X-RAY DIFFRACTION99.73
2.27-2.350.25961400.23766623X-RAY DIFFRACTION99.81
2.35-2.430.28491450.23446595X-RAY DIFFRACTION99.88
2.43-2.530.30941420.24286652X-RAY DIFFRACTION99.66
2.53-2.640.29281370.24446624X-RAY DIFFRACTION99.85
2.64-2.780.31541510.2496607X-RAY DIFFRACTION99.72
2.78-2.960.3031350.24436629X-RAY DIFFRACTION99.47
2.96-3.190.31521430.25036526X-RAY DIFFRACTION98.19
3.19-3.510.28031420.23556642X-RAY DIFFRACTION99.69
3.51-4.010.22991490.19566642X-RAY DIFFRACTION99.69
4.01-5.060.20651370.17066638X-RAY DIFFRACTION99.3
5.06-67.570.21741450.19286703X-RAY DIFFRACTION99.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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