PDB-7ubs: Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-26

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ubs

タイトル

Pfs230 D1 domain in complex with 230AS-26

要素

230AS-26
Gametocyte surface protein P230

キーワード

CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking

機能・相同性

6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tang, W.K. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2022年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ubs_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ubs_full_validation.pdf.gz	507.2 KB	表示
XML形式データ	7ubs_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	7ubs_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u9eC 7u9wC 7ua2C 7ua8C 7uc8C 7ucqC 7ufwC 7ui1C 7jumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gametocyte surface protein P230

B: Gametocyte surface protein P230

C: Gametocyte surface protein P230

D: Gametocyte surface protein P230

H: 230AS-26

I: 230AS-26

J: 230AS-26

K: 230AS-26

199 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Gametocyte surface protein P230

C: Gametocyte surface protein P230

H: 230AS-26

J: 230AS-26

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
99.3 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Gametocyte surface protein P230

D: Gametocyte surface protein P230

I: 230AS-26

K: 230AS-26

登録者が定義した集合体
99.3 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.880, 205.510, 93.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.012, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 561 through 732)
d_1	ens_2	chain "C"
d_2	ens_2	(chain "D" and resid 588 through 732)
d_1	ens_3	chain "H"
d_2	ens_3	(chain "I" and resid 1 through 253)
d_3	ens_3	(chain "J" and resid 1 through 253)
d_4	ens_3	(chain "K" and resid 1 through 253)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	ASN	A	1 - 172
d_2	1	ens_1	ASP	ASN	B	2 - 173
d_1	1	ens_2	ASN	ASN	C	1 - 145
d_2	1	ens_2	ASN	ASN	D	3 - 147
d_1	1	ens_3	GLN	ILE	H - E	1 - 232
d_2	1	ens_3	GLN	ILE	I - F	1 - 232
d_3	1	ens_3	GLN	ILE	J - G	1 - 232
d_4	1	ens_3	GLN	ILE	K - H	1 - 232

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.860126254011, -0.065429150231, -0.505867426765), (-0.0672613362633, -0.997627549023, 0.0146692219881), (-0.505627075823, 0.0214079361384, -0.862486498714)	-19.180412536, -84.3044754506, -56.7381673637
2	given	(0.868924611379, -0.0774932434852, -0.488840277549), (-0.072010776919, -0.996951357903, 0.0300406055841), (-0.489677922463, 0.00909874664288, -0.871855919898)	-19.3756525319, -84.2845661396, -56.7260197212
3	given	(0.193904366777, -0.305666513677, -0.932185109815), (-0.304445085762, -0.922054316078, 0.239016794301), (-0.932584734113, 0.237452775556, -0.271849026264)	-29.2165881064, -103.941924308, -4.0687666671
4	given	(0.664810859741, -0.332054228321, -0.669153577458), (0.267137155566, 0.942216519059, -0.202152841505), (0.697613260257, -0.0443623789591, 0.715099796145)	-35.6651112056, 20.9406461741, -40.1438007345

#1: タンパク質	Gametocyte surface protein P230 分子量: 21468.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体	230AS-26 分子量: 28184.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.98 Å / Num. obs: 58689 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.81
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 4381 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum

解像度: 2.5→19.98 Å / SU ML: 0.2883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	2782	5 %
R_work	0.2094	52812	-
obs	0.2115	55594	93.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12314	0	0	69	12383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	12580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7475	17063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	1900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	2163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2423	4661

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.562337837808
ens_2	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.696792331632
ens_3	d_2	I	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.510630383938
ens_3	d_3	J	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.758052040183
ens_3	d_4	K	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.500942520906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.54	0.3062	55	0.2568	1050	X-RAY DIFFRACTION	37.33
2.54-2.59	0.3231	108	0.2483	1920	X-RAY DIFFRACTION	67.87
2.59-2.64	0.3001	130	0.2512	2549	X-RAY DIFFRACTION	90.45
2.64-2.69	0.2711	146	0.2536	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.69-2.75	0.3092	150	0.2584	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.75-2.82	0.2793	145	0.2439	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.82-2.89	0.2926	146	0.248	2781	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.89-2.96	0.3075	147	0.2464	2792	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.96-3.05	0.2967	146	0.2305	2780	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.05-3.15	0.287	146	0.2362	2759	X-RAY DIFFRACTION	97.22
3.15-3.26	0.2448	145	0.2298	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.26-3.39	0.2505	148	0.2095	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.39-3.54	0.2475	146	0.2044	2791	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.54-3.73	0.2473	146	0.2089	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.73-3.96	0.2596	148	0.1916	2824	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.96-4.26	0.2036	146	0.1859	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.02
4.26-4.69	0.203	143	0.1558	2709	X-RAY DIFFRACTION	96.09
4.69-5.36	0.1868	146	0.1557	2774	X-RAY DIFFRACTION	98.85
5.36-6.7	0.2312	149	0.1977	2830	X-RAY DIFFRACTION	98.87
6.71-19.98	0.2246	146	0.2048	2770	X-RAY DIFFRACTION	97.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.55143861525	-3.15396990414	0.324477160474	3.92497841661	-1.33957074889	4.58228312907	0.611457357716	0.580364381963	-0.504061073274	-0.970053752401	-0.50371845331	0.932347534367	0.491068830107	-0.772438645813	-0.138289492845	0.738713468157	0.0970814578098	-0.21246992571	0.620869020659	-0.0775167195214	0.553038586305	-31.2983458235	-50.1640690942	-17.9336624221
2	3.50967984755	1.3063098053	-0.018084297884	2.00264669464	2.07333850104	3.42964821089	0.00233257366776	-0.35303482537	0.396748624065	0.958660114376	0.0990406703337	-0.440214742043	-0.286060666149	0.418809852709	-0.012796083673	0.832007666632	-0.042674139275	-0.242550498029	0.340478226917	0.0744788396817	0.436567093947	-15.5519240143	-45.2851735778	3.56648587549
3	3.52845236562	-0.0989747658992	0.883999553178	2.54162980583	0.995683331458	5.95774224107	0.135637506769	0.192225770602	-0.433772830359	0.791400500911	-0.0789829872015	-0.192956521846	0.702990795806	0.264389557774	-0.0939239117222	0.437927841543	-0.0359588601282	-0.0710120915017	0.165110945249	0.0659522503501	0.226753170434	-16.2027110926	-53.7047152213	-7.75648263544
4	0.79282418559	-0.394623063695	-0.380006292277	2.00691276063	1.42558502531	3.89704067252	0.0867982165775	-0.165687662812	-0.000615972643491	0.478807884172	-0.0925432616617	0.212227472942	0.00290418554214	0.0200569383871	0.000441183079045	0.495521260687	-0.0695163628409	-0.0093714639933	0.170108769636	0.0625005195304	0.147450341103	-21.1945911986	-43.0910524263	-0.155235425924
5	4.95183519847	-0.795828451597	0.0619554921806	2.73990027773	0.878515690367	3.13678370274	0.136168186606	0.882600043557	-0.438471283082	-0.660460362357	-0.129976665978	-0.314357746034	0.411183030136	-0.038503116738	0.0968691162705	0.627222812544	0.00306894007811	0.0877539948906	0.304963115392	-0.00808755653429	0.27496835008	-15.3539787197	-46.8205989939	-18.512148494
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21	21	chain 'C' and (resid 687 through 707 )	C	C	687 - 707	100 - 120
22	22	chain 'C' and (resid 708 through 719 )	C	C	708 - 719	121 - 132
23	23	chain 'C' and (resid 720 through 732 )	C	C	720 - 732	133 - 145
24	24	chain 'D' and (resid 586 through 594 )	D	D	586 - 594	1 - 9
25	25	chain 'D' and (resid 595 through 607 )	D	D	595 - 607	10 - 22
26	26	chain 'D' and (resid 608 through 625 )	D	D	608 - 625	23 - 40
27	27	chain 'D' and (resid 626 through 656 )	D	D	626 - 656	41 - 71
28	28	chain 'D' and (resid 657 through 676 )	D	D	657 - 676	72 - 91
29	29	chain 'D' and (resid 677 through 686 )	D	D	677 - 686	92 - 101
30	30	chain 'D' and (resid 687 through 719 )	D	D	687 - 719	102 - 134
31	31	chain 'D' and (resid 720 through 732 )	D	D	720 - 732	135 - 147
32	32	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	E	1 - 17	1 - 17
33	33	chain 'H' and (resid 18 through 99 )	H	E	18 - 99	18 - 99
34	34	chain 'H' and (resid 100 through 159 )	H	E	100 - 159	100 - 138
35	35	chain 'H' and (resid 160 through 253 )	H	E	160 - 253	139 - 232
36	36	chain 'I' and (resid 1 through 60 )	I	F	1 - 60	1 - 60
37	37	chain 'I' and (resid 61 through 83 )	I	F	61 - 83	61 - 83
38	38	chain 'I' and (resid 84 through 159 )	I	F	84 - 159	84 - 138
39	39	chain 'I' and (resid 160 through 254 )	I	F	160 - 254	139 - 233
40	40	chain 'J' and (resid 1 through 91 )	J	G	1 - 91	1 - 91
41	41	chain 'J' and (resid 92 through 254 )	J	G	92 - 254	92 - 233
42	42	chain 'K' and (resid 1 through 99 )	K	H	1 - 99	1 - 99
43	43	chain 'K' and (resid 100 through 159 )	K	H	100 - 159	100 - 138
44	44	chain 'K' and (resid 160 through 254 )	K	H	160 - 254	139 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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