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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uaw | ||||||
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タイトル | Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with 1''-2' gcADPR | ||||||
![]() | ABC transporter ATPase | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Anti-Thoeris / Immune Evasion / signal sequestration | ||||||
機能・相同性 | Chem-MF6 / ABC transporter ATPase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, A. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Garb, J. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Viruses inhibit TIR gcADPR signalling to overcome bacterial defence. 著者: Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Lu, A. / Garb, J. / Herbst, E. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Antine, S.P. / Sun, Z.J. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7uavC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: FDB51_07880 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.0, 1% PEG-6000, and 300 uM gcADPR |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→48.45 Å / Num. obs: 35067 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 1759 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.566 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: D_1000263859 解像度: 1.72→48.45 Å / SU ML: 0.2121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5076 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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