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- PDB-7u9j: Crystal structure of Mesothelin-207 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u9j
タイトルCrystal structure of Mesothelin-207 fragment
要素Isoform 3 of Mesothelin
キーワードCELL ADHESION / Mesothelin
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Zhan, J. / Esser, L. / Lin, D. / Tang, W.K. / Xia, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cancer Res Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of Cancer Antigen Mesothelin and Its Complexes with Therapeutic Antibodies.
著者: Zhan, J. / Lin, D. / Watson, N. / Esser, L. / Tang, W.K. / Zhang, A. / Liu, X. / Hassan, R. / Gleinich, A. / Shajahan, A. / Azadi, P. / Pastan, I. / Xia, D.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_oper
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 3 of Mesothelin
B: Isoform 3 of Mesothelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5369
ポリマ－48,8762
非ポリマー6617
水8,251458
1
A: Isoform 3 of Mesothelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8145
ポリマ－24,4381
非ポリマー3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 3 of Mesothelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7224
ポリマ－24,4381
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.762, 78.611, 74.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 3 of Mesothelin / CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor


分子量: 24437.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q13421
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 12.5% PEG3350, 100 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 27430 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.571
反射 シェル解像度: 2.091→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Num. unique obs: 2180 / CC1/2: 0.754

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4F3F

4f3f


解像度: 2.09→33.99 Å / SU ML: 0.2307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 19.7645
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 1391 5.12 %
Rwork0.1705 25768 -
obs0.1728 27159 86.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→33.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 38 459 3867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60444731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0403514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.45441298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.170.2902990.23761911X-RAY DIFFRACTION64.42
2.17-2.250.28771250.2132307X-RAY DIFFRACTION77.55
2.25-2.350.25261410.20652427X-RAY DIFFRACTION82.71
2.35-2.480.24671430.19312562X-RAY DIFFRACTION86.59
2.48-2.630.25091340.18842635X-RAY DIFFRACTION88.41
2.63-2.840.23351480.1732722X-RAY DIFFRACTION91.34
2.84-3.120.22151590.16622750X-RAY DIFFRACTION92.79
3.12-3.570.20771530.15282737X-RAY DIFFRACTION92.69
3.57-4.50.15691540.1322824X-RAY DIFFRACTION94.27
4.5-33.990.1961350.16972893X-RAY DIFFRACTION94.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.692989501971.918309378470.9622817110712.840508726671.478473950421.25047236148-0.03928186249580.0872820081328-0.0137323121411-0.0978758212980.116165649906-0.279145794283-0.1052735765390.127326068582-0.04076783769060.1515974062640.01410050542130.05254210174860.143037158530.01090160090690.27569533502842.8061662557-14.740659193418.6993177964
22.661681314-0.665522502417-0.8090855939610.3538843307660.1194758414130.4297024317270.08554097467760.09797903604720.384936076048-0.0940165147669-0.0254351008789-0.212142856956-0.008067140988710.0956291822799-0.02580809183920.116796026144-0.001496349787970.02505116618410.1551616354320.01251026522640.1947232594638.07721741353-23.300118006522.2897917969
38.981343932626.161701463494.63993170179.29951328621.885398033317.14643936264-0.2516151953910.0244062049777-0.265169382101-0.7632155340110.3225867569930.7647569116640.00888583862566-0.277886592129-0.1266298906820.2109381950990.0176603818857-0.02264155159220.242872867980.03086337997760.403687152395-25.358058908-2.6745036317112.3467451111
43.310418930510.420530309196-0.8781614968541.81163147515-0.6898257863431.25793503066-0.0347579985420.0543140577083-0.123800674065-0.00524862206930.0162755556285-0.0645544283175-0.01481944790270.009438633322220.002751349080650.1156130901180.01726001620230.01043261461240.0986805559532-0.006578282031430.14089366-6.57782344218-1.6623356078314.5774364339
52.165617131020.5365855537590.4762670035340.7120179529760.3095996473320.2970022448080.006962116867750.07943910822610.0359032723759-0.1170185966760.02540951481070.07654643547890.029188005918-0.0400046730354-0.03545269643090.133545177478-0.0109212766444-0.009628503086710.139794404351-0.003048876533310.13279519616224.9348335328.3911102679920.7095121588
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 299 through 391 )BB299 - 3911 - 93
22chain 'B' and (resid 392 through 507 )BB392 - 50794 - 209
33chain 'A' and (resid 299 through 312 )AA299 - 3121 - 14
44chain 'A' and (resid 313 through 408 )AA313 - 40815 - 110
55chain 'A' and (resid 409 through 507 )AA409 - 507111 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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