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- PDB-7u9e: Pfs230 D1 domain in complex with 230AL-26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u9e
タイトルPfs230 D1 domain in complex with 230AL-26
要素
  • 230AL-26
  • Gametocyte surface protein P230
  • LMIV230-01
キーワードCELL INVASION / antibody (抗体) / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / 細胞膜 / 細胞膜 / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine.
著者: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Tang, W.K. / Tolia, N.H.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
B: LMIV230-01
H: 230AL-26


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2953
ポリマ－75,2953
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.590, 150.940, 103.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 21468.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体 LMIV230-01


分子量: 27470.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 230AL-26


分子量: 26355.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M MES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, 10 % dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→19.81 Å / Num. obs: 31739 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.27 % / Biso Wilson estimate: 56.64 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.76
反射 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / Num. unique obs: 6618 / CC1/2: 0.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JUM

7jum


解像度: 2.39→19.81 Å / SU ML: 0.353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.1282
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 1587 5 %
Rwork0.2246 30150 -
obs0.2267 31737 95.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 0 0 61 4918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55946721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.09521810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.470.35461340.35222544X-RAY DIFFRACTION88.97
2.47-2.550.38521470.30592794X-RAY DIFFRACTION98.3
2.55-2.660.36381470.30622782X-RAY DIFFRACTION97.73
2.66-2.780.33111430.31642723X-RAY DIFFRACTION95.25
2.78-2.920.31691470.29082789X-RAY DIFFRACTION98.03
2.92-3.110.32921470.27912802X-RAY DIFFRACTION97.33
3.11-3.340.37111450.28342755X-RAY DIFFRACTION96.09
3.34-3.680.29741450.23832738X-RAY DIFFRACTION94.93
3.68-4.210.21931390.20762643X-RAY DIFFRACTION91
4.21-5.280.20891450.16212766X-RAY DIFFRACTION94.98
5.28-19.810.22141480.17982814X-RAY DIFFRACTION92.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.701146100364.095519204713.302012267262.741141078411.582812394162.444325433490.5751991087690.420833559771-1.78133384587-1.03107826816-0.39890746056-0.4599544642151.00222557590.393969712327-0.04138059349810.8865645747430.00876494782392-0.03935127627260.854264336337-0.1631845142360.9342111571362.86551610872-5.223357673189.60828309851
21.66492474197-0.52532490905-0.9401865254822.286498353840.8165096611513.27126237592-0.0390205555138-0.158919062360.06374584324640.3210065847530.102631925119-0.1862173148830.07151750746010.101104368376-0.06454678580560.455857325711-0.0611721348465-0.07358767377290.4755706934310.03786356413620.43746843710316.2585630003-3.4171734235825.344513894
32.71923530992.24951771865-1.603440328716.60800580846-2.876233391015.633520867660.108722147602-0.03653711939130.03831083384840.712406365641-0.313416849748-0.71267265252-0.4808492206620.7301666086660.2187357043130.404459191243-0.0296168239889-0.05467572563370.52444235224-0.05447783821960.68570409584631.58844015119.72827528329.97220410845
43.334989981522.02898810009-1.861790354087.00784792334-3.22535866976.816779410870.0596992372068-0.0605460923830.9554037609920.3889121058010.8000681391881.1079191877-1.03975867959-0.371997008922-0.4012517274020.3859066267640.009208102848940.02272538653920.3764404065540.03198061021530.47324997290821.315066162926.15852965767.43139428513
53.224978120951.56375093206-1.446881313777.61627271234-3.565535776257.40957065126-0.03204301127020.2869164614330.0917103667288-0.9758673359550.06348773584620.1475657209410.387503348688-0.212382225123-0.1548652301610.480092307186-0.00242931816270.007219852080770.45428164461-0.005769848541360.46432406561820.759294971814.20210562332.77318382997
62.946130634881.63464538503-3.168099086233.23057104205-0.4519481817124.050996090620.168894492966-0.2081884299050.101314064249-0.06981185150860.0243364482871-0.468809014879-0.2984457794770.32746990011-0.26707446130.464134020792-0.0252257883039-0.02266271802270.4971392495170.03647804646430.59384910048926.354300515219.73942560768.22550787048
74.16605377832-0.804630491627-1.328655010432.323125399270.4520237365522.745123207840.3671026347150.2593486244070.4480129695030.00595707901112-0.0167699554845-0.0467065179565-0.330383503282-0.147268042144-0.2987302220680.586737535724-0.02069135740840.001785023739730.4442749541080.0945568122270.48886301566214.285730593132.18956644577.50239573503
82.89359004831-1.34927984697-0.8373967214892.374656749671.466746656512.687646579250.0976133434771-0.06177840643310.259030174505-0.01055318567210.024951051733-0.118588803247-0.285769913065-0.125599210914-0.1705865497290.52901694746-0.0510450130950.02236898621280.4678362926740.03161197420280.5488106497639.8312618710829.449264547821.2619443621
92.93550320561-1.36396145682-0.9389907461773.956801460191.067948662453.458068105110.3337916212420.1087590750580.649898265281-0.625169754557-0.364105196866-0.08627744843-0.454299516893-0.105858861084-0.1950038260310.555117868122-0.03504120304460.02133941474870.5448734975530.02403150020650.55976719346311.611491456530.667893247813.4566989247
103.50682574941-0.3605909131110.6716154103164.19699103238-0.713430642922.941174232880.0302969981326-0.1609188487630.0987283180491-0.001462230614230.03861103824190.180248275292-0.0126008624674-0.152599852921-0.01191909790880.467585452901-0.0665812976810.02073289855850.4472559042920.02693379962020.341888813913.30004508564-28.046193982339.591156506
114.4446676542-1.717919349441.152867624367.11844585673-0.2623290062932.62197147416-0.01416387089570.538535354725-0.0413509079851-0.2234206113380.08465525452120.03134364520590.02475821911410.0589362418241-0.07272126098810.598398666127-0.0652242957638-0.007272212374790.5593594766990.0358691696160.4919259679270.628736650609-30.965015700733.1572874912
123.55135896525-0.5085246297630.5231695818625.0956975734-0.946715049292.391981733580.08279075383530.359420898067-0.760057574931-0.232433691695-0.1448231482850.2233781904450.328705993629-0.0967155286467-0.1021070736740.626949922258-0.01466754713430.04379914500070.5585320042320.02642511673270.641524011930.649311071951-36.909460654938.7237353826
132.412876234560.280953450121-0.0187628825622.64617632883-0.3956761500662.561743893610.00213119027486-0.0588504708821-0.3062876263720.1365934841510.0791539787928-0.02045552214670.213900207594-0.164464947285-0.05076664845520.599798086782-0.00866943068655-0.03253425205570.577125309066-0.002645052263170.55018952477411.1420979694-29.942856772543.4665543222
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162.7028504467-0.3593076012960.2905838139162.631606029-0.9287698881043.584882944580.171725488928-0.375889370333-0.2059163196450.4069989638480.153762702007-0.654755082357-0.44468071390.696808500448-0.01980280590320.575112059438-0.0386212782544-0.03711857463190.6702967513670.03437724542030.64926755032122.250152031-27.614963010745.0507452283
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 553 through 562 )AA553 - 5621 - 10
22chain 'A' and (resid 563 through 732 )AA563 - 73211 - 180
33chain 'B' and (resid 1 through 32 )BB1 - 321 - 32
44chain 'B' and (resid 33 through 45 )BB33 - 4533 - 45
55chain 'B' and (resid 46 through 67 )BB46 - 6746 - 67
66chain 'B' and (resid 68 through 111 )BB68 - 11168 - 111
77chain 'B' and (resid 112 through 156 )BB112 - 156112 - 132
88chain 'B' and (resid 157 through 233 )BB157 - 233133 - 209
99chain 'B' and (resid 234 through 251 )BB234 - 251210 - 227
1010chain 'H' and (resid 1 through 60 )HC1 - 601 - 60
1111chain 'H' and (resid 61 through 76 )HC61 - 7661 - 76
1212chain 'H' and (resid 77 through 91 )HC77 - 9177 - 91
1313chain 'H' and (resid 92 through 145 )HC92 - 14592 - 124
1414chain 'H' and (resid 146 through 186 )HC146 - 186125 - 165
1515chain 'H' and (resid 187 through 213 )HC187 - 213166 - 192
1616chain 'H' and (resid 214 through 247 )HC214 - 247193 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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