+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u9e | ||||||
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Title | Pfs230 D1 domain in complex with 230AL-26 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL INVASION / antibody / Plasmodium falciparum / Pfs230 / transmission blocking | ||||||
Function / homology | 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230 Function and homology information | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2023 Title: A human antibody epitope map of Pfs230D1 derived from analysis of individuals vaccinated with a malaria transmission-blocking vaccine. Authors: Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Miura, K. / Nguemwo Tentokam, B.C. / Salinas, N.D. / Narum, D.L. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Long, C.A. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H. #1: Journal: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. / Year: 2019 Title: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix Authors: Tang, W.K. / Tolia, N.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u9e.cif.gz | 438 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u9e.ent.gz | 301.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u9e_validation.pdf.gz | 441.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u9e_full_validation.pdf.gz | 447.9 KB | Display | |
Data in XML | 7u9e_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7u9e_validation.cif.gz | 31.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7u9wC 7ua2C 7ua8C 7ubsC 7uc8C 7ucqC 7ufwC 7ui1C 7jumS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21468.346 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P68874 |
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#2: Antibody | Mass: 27470.537 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 26355.865 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.16 M MES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, 10 % dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→19.81 Å / Num. obs: 31739 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.27 % / Biso Wilson estimate: 56.64 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.76 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.47 Å / Num. unique obs: 6618 / CC1/2: 0.67 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7JUM Resolution: 2.39→19.81 Å / SU ML: 0.353 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.1282 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.39→19.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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