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万見
- PDB-7u8w: hTRAP1 with inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8w
タイトルhTRAP1 with inhibitors
要素Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
キーワードCHAPERONE / hTRAP1 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KUC / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.706 Å
データ登録者Deng, J. / Matts, R. / Peng, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Elucidation of novel TRAP1-Selective inhibitors that regulate mitochondrial processes.
著者: Merfeld, T. / Peng, S. / Keegan, B.M. / Crowley, V.M. / Brackett, C.M. / Gutierrez, A. / McCann, N.R. / Reynolds, T.S. / Rhodes, M.C. / Byrd, K.M. / Deng, J. / Matts, R.L. / Blagg, B.S.J.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0343
ポリマ－55,2011
非ポリマー8332
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.070, 68.863, 182.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / HSP 75 / TNFR-associated protein 1 / Tumor necrosis factor type 1 receptor-associated protein / TRAP-1


分子量: 55200.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12931
#2: 化合物 ChemComp-KUC / [5-(4-fluoro-2H-isoindole-2-carbonyl)-2-hydroxyphenyl](5-fluoro-2H-isoindol-2-yl)methanone


分子量: 416.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H14F2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium malonate PH6.0, 12%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 58263 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 3.484 / Num. unique obs: 5614 / CC1/2: 0.908

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HPH

5hph


解像度: 1.706→38.207 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 1964 3.44 %
Rwork0.1817 55118 -
obs0.1827 57082 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.23 Å2 / Biso mean: 37.7586 Å2 / Biso min: 17.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.706→38.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 62 327 3945
Biso mean--33.28 44.29 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8454982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8872208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7063-1.7490.3151160.2375316279
1.749-1.79630.22971310.2118370093
1.7963-1.84910.23361350.2079383596
1.8491-1.90880.22361410.1965389997
1.9088-1.9770.23831400.1881389898
1.977-2.05620.21921390.1845394798
2.0562-2.14980.19011410.1884398499
2.1498-2.26310.21691430.19374001100
2.2631-2.40490.23831430.19384029100
2.4049-2.59050.23451440.1981403499
2.5905-2.85110.24031450.19324052100
2.8511-3.26350.23681450.18844109100
3.2635-4.11090.18631470.16324123100
4.1109-38.20.17441540.16824345100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4346-0.2859-0.43441.10720.09524.22640.0060.21960.0854-0.50340.0892-0.1265-0.31460.2603-0.10220.5079-0.04050.03090.32350.01590.3053-1.866673.6998119.4854
21.5642-0.40490.29434.5729-0.31052.2308-0.11370.04450.0035-0.09520.1334-0.1297-0.04690.0590.00840.1721-0.0259-0.00190.18030.0080.1775-1.516463.7106125.8048
31.7606-1.4362-0.94192.93981.12013.37130.08690.02990.0899-0.0032-0.10570.1057-0.1998-0.22090.0520.2371-0.03110.01090.2571-0.02090.23829.220837.6663116.9643
41.1799-1.1298-0.96781.82850.7821.8280.0021-0.0496-0.001-0.0010.0013-0.09580.01350.2268-0.01220.1675-0.0291-0.01210.25320.00510.198524.772520.9732102.4069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 71 through 108 )A71 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 297 )A109 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 298 through 408 )A298 - 408
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 409 through 552 )A409 - 552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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